Discussion :

[judkil]

Bonjour,

Je dois nettoyer plusieurs fichiers de molécules, mais j'ai un problème de répétitions d'un caractère "ENDMLD". Ce motif augmente la taille de mes fichiers.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
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ENDMLD
ATOM
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ATOM
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ATOM
ATOM
ATOM
ENDMLD
HETE
HETE
HETE
HETE
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD
ENDMLD

Je souhaiterais supprimer la ligne contenant ENDMLD quand elle se suit deux fois de suite ou plus fois de suite pour obtenir :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ENDMLD
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ATOM
ENDMLD
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ATOM
ATOM
ENDMLD
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ATOM
ATOM
ENDMLD
HETE
HETE
HETE
HETE
ENDMLD

J'ai pensé à faire un sort ou un unique ou une suppression de doublons, mais ce n'est pas tout à fait cela.

Merci de votre lecture,

Codiralement,

[Flodelarab]

Bonjour

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk '{n++;} !/ENDMLD/{n=0;} (n<2)'

[disedorgue]

Bonjour,

Une version sed:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -ne '/ENDMLD/!{p;b;};p;:x;n;/ENDMLD/bx;p' fichier

[Flodelarab]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -z ':z; s@ENDMLD\nENDMLD@ENDMLD@; tz'

ou

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -z ':z; s@\(ENDMLD\)\n\1@\1@; tz'

[N_BaH]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -z 's/\(ENDMLD\n\)\+/ENDMLD\n/g'

[Flodelarab]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -z 's/\(ENDMLD\n\)\+/\1/g'

[disedorgue]

Pour ma part, j'ai volontairement évité l'option -z du gnu sed car le PO parle de fichier de molécules et je me suis laissé dire que ceux-ci pouvaient être d'une taille très généreuse (après je me trompe peut-être...)

Et je savais que Flodelarab allait aussi nous le faire en awk.

[N_BaH]

ça pourrait gêner sed*? comment ?

[disedorgue]

Le -z est pour dire à sed de considérer le \0 comme fin de ligne, donc il charge tout le fichier en mémoire pour le traiter ...
Après je ne dis pas qu'il ne sait pas faire.

[judkil]

Merci beaucoup, tout marche !!