Discussion :

[neemoo]

Bonjour,
j'essaye d'installer des packages afin de pouvoir traiter des données pour un stage de bio-informatique.
j'ai un problème pour installer le package ‘GenomicRanges’ avec bioconducteur.
voici le message d'erreur que j'ai:

Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.3 (2020-02-29)
Installation path not writeable, unable to update packages: boot, class, KernSmooth, lattice, MASS, nlme, nnet, spatial, survival
Old packages: 'backports', 'devtools', 'ellipsis', 'fs', 'glue', 'pkgload', 'ps', 'Rcpp', 'rlang', 'usethis'
Update all/some/none? [a/s/n]:
n
Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.3 (2020-02-29)
Installing package(s) 'GenomicRanges'
essai de l'URL 'https://bioconductor.org/packages/3.9/bioc/bin/windows/contrib/3.6/GenomicRanges_1.36.1.zip'
Content type 'application/zip' length 2133928 bytes (2.0 MB)
downloaded 2.0 MB

package ‘GenomicRanges’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in

C:\Users\Delouche Alexis\AppData\Local\Temp\RtmpeaI6A6\downloaded_packages

Installation path not writeable, unable to update packages: boot, class, KernSmooth, lattice, MASS, nlme, nnet, spatial, survival
Old packages: 'backports', 'devtools', 'ellipsis', 'fs', 'glue', 'pkgload', 'ps', 'Rcpp', 'rlang', 'usethis'
Update all/some/none? [a/s/n]:
n
Downloading bitbucket repo eraineri/chaser@master
Skipping 1 packages not available: GenomicRanges
√ checking for file 'C:\Users\Delouche Alexis\AppData\Local\Temp\RtmpeaI6A6\remotes289c78f1783e\eraineri-chaser-1e26988d99ef/DESCRIPTION' (348ms)
- preparing 'chaser':
√ checking DESCRIPTION meta-information ...
- checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
- checking for empty or unneeded directories
- building 'chaser_0.0.0.9.tar.gz'

Installing package into ‘C:/Users/Delouche Alexis/Documents/R/win-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)
* installing *source* package 'chaser' ...
ERROR: cannot remove earlier installation, is it in use?
* restoring previous 'C:/Users/Delouche Alexis/Documents/R/win-library/3.6/chaser'
Erreur : Failed to install 'chaser' from Bitbucket:
(converti depuis l'avis) installation of package ‘C:/Users/DELOUC~1/AppData/Local/Temp/RtmpeaI6A6/file289c20763437/chaser_0.0.0.9.tar.gz’ had non-zero exit status

voici mon code:

Code :

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if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.9")
BiocManager::install(c("GenomicRanges"))
 
library(devtools)
devtools::install_bitbucket("eraineri/chaser",build_opts=c(),force=T)
library(chaser)
system.file("extdata","mESC_wt_and_KO-barebone-format.txt.gz",package = "chaser", mustWork=TRUE)
featfn <- system.file("extdata", "ftable-agchic.txt.gz", package = "chaser", mustWork=TRUE)
net <- chaser::load_features(net, featfn, type="features_on_nodes", missingv=0)
print(net)

il y a surement d'autres erreurs que je n'ai pas vu, je commence la programmation en R.
J'espère que vous pourrez m'aider!

[mgdondon]

Bonjour,

Installation path not writeable, unable to update packages

Vérifiez que votre antivirus ne bloque pas l'écriture dans le dossier d'installation des packages.

Cordialement,

PS : Vous pouvez encadrer votre code par les balises [CODE] pour en faciliter la lecture (vous pouvez sélectionner le code et cliquer sur l'icône #). Vous pouvez éditer votre message pour faire la modification.