extraire colonne python3

**judkil** · 25/05/2020, 01h28

Bonjour !

mon_fichier.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000          
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000             
SCALE1      0.015962  0.000000  0.002703           
SCALE2      0.000000  0.012132  0.000000               
SCALE3      0.000000  0.000000  0.018947            
PICK       1  N   VAL A   1      10.720  19.523   6.163 
PICK       2  CA  VAL A   1      10.228  20.761   6.807 
PICK       3  C   VAL A   1       8.705  20.714   6.878 
PICK       4  O   VAL A   1       8.164  20.005   6.015 
PICK       5  CB  VAL A   1      10.602  22.000   5.966 
PICK       6  CG1 VAL A   1      10.307  23.296   6.700     
PICK       7  CG2 VAL A   1      12.065  21.951   5.544

Je travaille sur plusieur de type mon_fichier.txt
J'aimerai créer une fonction où j'extraire uniquement les lignes avec PICK et les colonnes 3, 4, 6, 7, 8 et 9 de mon_fichier.txt. Puis convertir la colonne 6 en entier, et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal car tout est par défaut en chaîne de caractères.
J'aimerai enfin stocké ce que je viens d'extraire dans une liste nommé liste_atomes qui écrit la sortie telle quelle:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 [['N', 'VAL', 1, 10.720  19.523   6.163],
 ['CA',  'VAL', 1, 10.228, 20.761, 6.807] 
...

Si quelqu'un a une idée ??

**Beginner.** · 25/05/2020, 04h46

Salut,

J'ai essayé de comprendre mais ce fut en vain... Il y a des points que je n'ai pas compris :

Envoyé par judkil

de mon_fichier.txt mais uniquement pour les lignes commençant par atom

Mais dans l'exemple aucune ligne ne commence par "atom"... Ce mot n'est même pas du tout présent...

Envoyé par judkil

convertir la colonne 3 en entier,

C'est laquelle la colonne 3 ? Je ne vois pas de nombre à la colonne 3...

Envoyé par judkil

..., et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal.

Ce sont lesquelles les trois dernières colonnes ? Si on regarde votre exemple : ['N', 'VAL', 1, 10.720 19.523 6.163] eh bien on voit que bien trois nombres décimaux (10.720 19.523 6.163) mais ils ne sont pas dans les trois dernières colonnes où on a plutôt ça : 6.163 1.00 21.36 ???

**judkil** · 25/05/2020, 04h59

Envoyé par judkil

Bonjour !

mon_fichier.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000          
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000             
SCALE1      0.015962  0.000000  0.002703           
SCALE2      0.000000  0.012132  0.000000               
SCALE3      0.000000  0.000000  0.018947            
PICK       1  N   VAL A   1      10.720  19.523   6.163  
PICK       2  CA  VAL A   1      10.228  20.761   6.807 
PICK       3  C   VAL A   1       8.705  20.714   6.878 
PICK       4  O   VAL A   1       8.164  20.005   6.015 
PICK       5  CB  VAL A   1      10.602  22.000   5.966 
PICK       6  CG1 VAL A   1      10.307  23.296   6.700    
PICK       7  CG2 VAL A   1      12.065  21.951   5.544

Je travaille sur plusieur de type mon_fichier.txt
J'aimerai créer une fonction où j'extraire les lignes uniquement avec PICK et les colonnes 3, 4 , 6, 7, 8 et 9 de mon_fichier.txt. Puis convertir la colonne 6 en entier, et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal.
J'aimerai enfin stocké ce que je viens d'extraire dans une liste nommé liste_atomes qui écrit la sortie telle quelle:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 [['N', 'VAL', 1, 10.720  19.523   6.163],
 ['CA',  'VAL', 1, 10.228, 20.761, 6.807] 
...

Si quelqu'un a une idée ??

**judkil** · 25/05/2020, 05h00

Je viens de réaliser quelques petites corrections pour que ce soit plus claire

**marco056** · 25/05/2020, 06h06

Cela ne paraît pas bien compliqué.
Ce qui serait bien, c'est que vous mettiez là où vous êtes arrivé et ce que vous avez fait pour tenter de résoudre votre problème.

**judkil** · 25/05/2020, 16h31

Et bien je ne sais pas par où commencer

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def function(mon_fichier.txt)
 
     return

Je ne vois pas comment extraire uniquement les lignes ayant POINT. avec un if et une inégalité ?

**marco056** · 25/05/2020, 19h40

Il ne faut peut-être pas exagérer non plus...

**judkil** · 25/05/2020, 19h44

Bon okk j'abuse. Je sais qu'il faut que j'utilise un open pour ouvrir un fichier. Un if va me permettre de définir des conditions pour les colonnes. Je vais devoir créer une liste vide, puis utiliser apprend.
Ce sont des morceaux d'idées que j'ai mais pour tout mettre en bloc je ne vois pas.

**marco056** · 25/05/2020, 20h02

Dans ce cas, il faut envisager de prendre un tuto et d'apprendre tout cela.
Il ne faut pas hésiter à utiliser les "print" pour voir si ce qui sort correspond à ce que tu attends.

**judkil** · 25/05/2020, 20h16

Je suis sur un boulot de plusieurs étapes. Je cherche à résoudre ce problème par une solution possible.

Quand qql a un problème de téléphone, on ne lui dit pas tu vas sur le site d'Androïd essayes d'apprendre le perl. On lui dit l'étape 1 pour résoudre ta panne c'est ça, cliques là. L'étape 2 c'est ça, cliques ici et tous le monde est content et les personnes qui ont le même problème utilisent la même solution et sont contents...

Si quelqu'un a une idée de solution je suis preneur ......

**judkil** · 25/05/2020, 20h38

Mais c'est très gentil de ta part de m'avoir apporté un début de réponse.

**marco056** · 25/05/2020, 21h18

En fait, ce n'est pas un forum où on demande aux autres de faire son travail, c'est un forum où tu demandes de l'aide quand tu bloques, lorsque tu te trouves en face d'une erreur que tu ne comprends pas. Là, il n'y a aucune recherche de ta part, dirait-on.

**lg_53** · 25/05/2020, 21h41

Voici un bout de code, que je n'ai pas pris la peine de tester. C'est déjà bien trop vous donner vu le si peu d'éléments que vous avez présenté, et ce n'est pas vous faire un cadeau car rien ne vaut la recherche par soi même pour comprendre.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_data(fichier):
     d=[]
     with open(fichier,'r') as f :
          for line in f :
               if line.startwith('PICK'):
                    l = line.split(' ')
                    d.append( [ l[3] , l[5], float(l[6]), float(l[7]), float(l[8]) ]  )
     return d
 
print(get_data('mon_fichier.txt'))

**Beginner.** · 25/05/2020, 23h08

Salut,

Il y a une petite erreur de frappe à la ligne 5 if line.startwith('PICK'): mais je laisse judkil trouver...

Sinon il y aura peut-être aussi un problème par rapport à la ligne 6 l = line.split(' ') car il se peut que les données ne soit pas séparées par un seul espace... D'ailleurs il y a plusieurs espaces entre les données dans le texte posté par judkil... Dans le fichier il se peut que ce soit une tabulation...

**judkil** · 26/05/2020, 18h19

Ok je vais réfléchir

**judkil** · 01/06/2020, 23h21

Il manque un s après le t à

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

startwith

**judkil** · 01/06/2020, 23h24

Si j'ai bien compris, quand python ouvre un fichier il le voit comme un tableau de colonnes et de lignes ?

**marco056** · 02/06/2020, 07h53

Un fichier txt ou csv, oui.

**wiztricks** · 02/06/2020, 11h28

Salut,

Envoyé par judkil

On lui dit l'étape 1 pour résoudre ta panne c'est ça, cliques là. L'étape 2 c'est ça, cliques ici et tous le monde est content et les personnes qui ont le même problème utilisent la même solution et sont contents...

Si quelqu'un a une idée de solution je suis preneur ......

Dans une logique de dépannage, on a un objet "construit" supposé fonctionner dans des conditions normales de température et de pression.
Beaucoup d'utilisateurs rencontrent les mêmes soucis, partager leur expérience fait du sens.

La programmation est une activité de construction. L'objet qu'on veut construire est à définir et ses caractéristiques pourront évoluer dans le temps.

On ne connait que la première étape: ouvrir des tutos et passer du temps à apprendre.

Ignorer cette étape, c'est ignorer l'étendue de son ignorance sur ce que peut être "apprendre à programmer"...

Envoyé par judkil

Si j'ai bien compris, quand python ouvre un fichier il le voit comme un tableau de colonnes et de lignes ?

On ne va pas vous expliquer ce qu'est un fichier, vous avez un tuto. dans lequel il y a une table des matières et certainement un ou plusieurs chapitres sur les fichiers.

Si vous les aviez déjà potassé, fait quelques exercices, vous sauriez déjà répondre à cette question par vous même ou aller revoir ce que racontent ces chapitres pour vous rafraichir la mémoire.

Vous auriez même des exercices corrigés qui auraient pu servir de point de départ de votre code.

Allez demander de l'aide dans un forum de professionnels suppose qu'on est suffisamment motivé pour apprendre à programmer et le montrer en postant le code qu'on a essayé de faire...
Sinon, c'est juste considérer que c'est une sorte de hotline de gens qui savent et qui ont du temps pour faire votre boulot (et essuyer des remarques désagréables).

- W

**judkil** · 07/06/2020, 22h09

Re-bonjour

Voici un debut de code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d = []
with open(donnees.txt, 'r') as f:
	for line in f:
		if line.startswith('PICK'):
			l = line.split(' ')
			d.append(line[3])
			d.append(line[5]) # le l'essaie avec les deux premières colonne
	print(d) # avec return j'obtiens un message d'erreur

Pour extraire les lignes contenant PICK et uniquement les colonnes 3 et 4

données

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000          
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000             
SCALE1      0.015962  0.000000  0.002703           
SCALE2      0.000000  0.012132  0.000000               
SCALE3      0.000000  0.000000  0.018947            
PICK       1  N   VAL A   1      10.720  19.523   6.163  
PICK       2  CA  VAL A   1      10.228  20.761   6.807 
PICK       3  C   VAL A   1       8.705  20.714   6.878 
PICK       4  O   VAL A   1       8.164  20.005   6.015 
PICK       5  CB  VAL A   1      10.602  22.000   5.966 
PICK       6  CG1 VAL A   1      10.307  23.296   6.700    
PICK       7  CG2 VAL A   1      12.065  21.951   5.544