Discussion :

[judkil]

Bonjour !

mon_fichier.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000          
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000             
SCALE1      0.015962  0.000000  0.002703           
SCALE2      0.000000  0.012132  0.000000               
SCALE3      0.000000  0.000000  0.018947            
PICK       1  N   VAL A   1      10.720  19.523   6.163 
PICK       2  CA  VAL A   1      10.228  20.761   6.807 
PICK       3  C   VAL A   1       8.705  20.714   6.878 
PICK       4  O   VAL A   1       8.164  20.005   6.015 
PICK       5  CB  VAL A   1      10.602  22.000   5.966 
PICK       6  CG1 VAL A   1      10.307  23.296   6.700     
PICK       7  CG2 VAL A   1      12.065  21.951   5.544

Je travaille sur plusieur de type mon_fichier.txt
J'aimerai créer une fonction où j'extraire uniquement les lignes avec PICK et les colonnes 3, 4, 6, 7, 8 et 9 de mon_fichier.txt. Puis convertir la colonne 6 en entier, et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal car tout est par défaut en chaîne de caractères.
J'aimerai enfin stocké ce que je viens d'extraire dans une liste nommé liste_atomes qui écrit la sortie telle quelle:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 [['N', 'VAL', 1, 10.720  19.523   6.163],
 ['CA',  'VAL', 1, 10.228, 20.761, 6.807] 
...

Si quelqu'un a une idée ??

[Beginner.]

Salut,

J'ai essayé de comprendre mais ce fut en vain... Il y a des points que je n'ai pas compris :

de mon_fichier.txt mais uniquement pour les lignes commençant par atom

Mais dans l'exemple aucune ligne ne commence par "atom"... Ce mot n'est même pas du tout présent...

convertir la colonne 3 en entier,

C'est laquelle la colonne 3 ? Je ne vois pas de nombre à la colonne 3...

..., et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal.

Ce sont lesquelles les trois dernières colonnes ? Si on regarde votre exemple : ['N', 'VAL', 1, 10.720 19.523 6.163] eh bien on voit que bien trois nombres décimaux (10.720 19.523 6.163) mais ils ne sont pas dans les trois dernières colonnes où on a plutôt ça : 6.163 1.00 21.36 ???

[judkil]

Bonjour !

mon_fichier.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000          
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000             
SCALE1      0.015962  0.000000  0.002703           
SCALE2      0.000000  0.012132  0.000000               
SCALE3      0.000000  0.000000  0.018947            
PICK       1  N   VAL A   1      10.720  19.523   6.163  
PICK       2  CA  VAL A   1      10.228  20.761   6.807 
PICK       3  C   VAL A   1       8.705  20.714   6.878 
PICK       4  O   VAL A   1       8.164  20.005   6.015 
PICK       5  CB  VAL A   1      10.602  22.000   5.966 
PICK       6  CG1 VAL A   1      10.307  23.296   6.700    
PICK       7  CG2 VAL A   1      12.065  21.951   5.544

Je travaille sur plusieur de type mon_fichier.txt
J'aimerai créer une fonction où j'extraire les lignes uniquement avec PICK et les colonnes 3, 4 , 6, 7, 8 et 9 de mon_fichier.txt. Puis convertir la colonne 6 en entier, et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal.
J'aimerai enfin stocké ce que je viens d'extraire dans une liste nommé liste_atomes qui écrit la sortie telle quelle:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 [['N', 'VAL', 1, 10.720  19.523   6.163],
 ['CA',  'VAL', 1, 10.228, 20.761, 6.807] 
...

Si quelqu'un a une idée ??

[judkil]

Je viens de réaliser quelques petites corrections pour que ce soit plus claire

[marco056]

Cela ne paraît pas bien compliqué.
Ce qui serait bien, c'est que vous mettiez là où vous êtes arrivé et ce que vous avez fait pour tenter de résoudre votre problème.

[judkil]

Et bien je ne sais pas par où commencer

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def function(mon_fichier.txt)
 
     return

Je ne vois pas comment extraire uniquement les lignes ayant POINT. avec un if et une inégalité ?

[marco056]

Il ne faut peut-être pas exagérer non plus...

[BufferBob]

salut,

extraire uniquement les lignes avec PICK et les colonnes 3, 4, 6, 7, 8 et 9 (...) Puis convertir la colonne 6 en entier, et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal car tout est par défaut en chaîne de caractères. (...) stocké (...) dans une liste nommé liste_atomes

je choisis de te répondre.

un truc comme ça devrait fonctionner :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import re
 
liste_atomes = []
with open('donnees.txt', 'r') as f:
    for line in f:
        if line.startswith('PICK'):
            l = re.split(r'[\s]+', line.rstrip())[2:10]
            l = l[:2] + l[3:]
            l[2] = int(l[2])
            l[3:] = map(float, l[3:])
            liste_atomes.append(l)

et le résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[['N', 'VAL', 1, 10.72, 19.523, 6.163],
 ['CA', 'VAL', 1, 10.228, 20.761, 6.807],
 ['C', 'VAL', 1, 8.705, 20.714, 6.878],
 ['O', 'VAL', 1, 8.164, 20.005, 6.015],
 ['CB', 'VAL', 1, 10.602, 22.0, 5.966],
 ['CG1', 'VAL', 1, 10.307, 23.296, 6.7],
 ['CG2', 'VAL', 1, 12.065, 21.951, 5.544]]

la compréhension du code est laissée en exercice, si ça t'intéresse.

[judkil]

Oui merci je suis en train de le lire lignes par lignes.....

[judkil]

Je pense que je n'ai pas toute à fait bien présenter le problème

Voici le input

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Voici la position des string pour extraire les chaine de caractere
[0:6]  [6:11] [12:16] [17:20] [21:22] [22:26] [30:38] [38:46] [46:54]
PICK   1291    C       ASP     B       275     36.749  95.634  34.461

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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PICK   1288  ND2 ASN B 274      36.786  93.769  29.079
PICK   1289  N   ASP B 275      36.697  93.705  32.859
PICK   1290  CA  ASP B 275      37.362  94.316  34.010
PICK   1291  C   ASP B 275      36.749  95.634  34.461
PICK   1292  O   ASP B 275      36.698  95.930  35.652
PICK   1293  CB  ASP B 275      38.837  94.563  33.695
PICK   1294  CG  ASP B 275      39.609  93.283  33.449
PICK   1295  OD1 ASP B 275      39.558  92.378  34.313
PICK   1296  OD2 ASP B 275      40.277  93.192  32.395
PICK   1297  N   ASN B 276      36.311  96.431  33.496
HETPCK 1587 ZN    ZN A 501      45.429  65.126  31.470
HETPCK 1588 ZN    ZN B 502      17.304  93.631  37.510