Discussion :

[adrientdl13]

Bonjour à tous,
Je sollicite la communauté Linux car je suis devant un problème dont voici un court extrait de fichier:
J'ai un tableau avec 1 million de lignes et 300 colonnes. Les colonnes de référence sont CHROM (Lu01), POS(n°), REF(A,G, C ou T) ALT(A, G, C ou T et les combinaisons sont possible) puis celles de mes échantillons à modifier sont les suivantes (ech1, ech2...)
Mon objectif: Si dans mes colonnes ech1, ech2...
- je trouve le motif ./.:...., alors je remplace cette case par celle la case de la colonne REF
- Dans le cas ou j'ai sur un mème ligne 1/1 et 2/2, alors j'ai dans ma colonne ALT, 2 lettres séparées par une virgule. les cases 1/1 devront prendre la valeur de la lettre avant la virgule, et les case 2/2 la valeur après la virgule
- je trouve uniquement le motif 1/1 sur une même ligne...., alors je remplace cette case par celle la case de la colonne ALT.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CHROM	POS	REF	ALT	ech1	ech2	ech3
Lu01	10	G	A	1/1:99:30:30:2:27:90%:1,5465E-14:37:36:2:0:27:0	1/1:99:37:37:5:31:83,78%:1,6935E-15:37:37:5:0:31:0	1/1:18:4:4:0:4:100%:1,4286E-2:0:37:0:0:4:0
Lu03	15	G	A	1/1:99:42:42:3:39:92,86%:8,4519E-21:37:37:3:0:39:0	./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	1/1:18:4:4:0:4:100%:1,4286E-2:0:37:0:0:4:0
Lu10	32	C	T	./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
Lu01	33	G	T,C	./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	2/2:24:5:5:0:5:100%:3,9683E-3:0:37:0:0:5:0
Lu02	34	G	T	./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	1/1:99:47:47:5:41:87,23%:5,7183E-21:37:36:5:0:41:0

Avez vous des idées ?
Vous trouverez en PJ l'extrait du fichier pour une meilleure visualisation
Merci bcp :-)