Discussion :

[Abdel_2019]

Bonjour tout le monde, j'ai une base de données dont les résidus ne suivent pas une loi normale, du coup pour faire une comparaison de moyennes j'ai effectué une ANOVA non paramétriques à travers un test de Kruskal-waliss, qui était significatif, et après j'ai réalisé un test de Wilcox pour la comparaison des moyennes mais je n'arrive pas à faire une représentation graphique des groupes d'individus (regroupement des individus selon la signification du test) si vous pouvez m'aider la-dessus et merci.
J'ai essayé ce code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
    pp <- pairwise.wilcox.test(myeloma$DEPDC1, myeloma$group,p.adjust.method ="holm" )
 
    mymat <-tri.to.squ(pp$p.value)
 
    library(multcompView)
    # création des lettres correspondant à chaque moyenne
    myletters <- multcompLetters(mymat,compare="<=",threshold=0.05,Letters=letters)
    myletters
 
    myletters_df <- data.frame(group=names(myletters$Letters),letter = myletters$Letters )
 
    # plot
    ggplot(myeloma, aes(x=group, y=DEPDC1, colour=group, fill=group))+
      geom_boxplot(outlier.alpha = 0, alpha=0.25)+
      geom_jitter(width=0.25)+  
      stat_summary(fun.y=mean, colour="black", geom="point", 
                   shape=18, size=3) +
        theme_classic()+
        theme(legend.position="none")+
        theme(axis.text.x = element_text(angle=30, hjust=1, vjust=1))+
          geom_text(data = myletters_df, aes(label = letter, y = 1500 ), colour="black", size=5)

pour arriver à faire un graphe comme celui en bas mais la fonction "tri.to.squ" ne fonctionne pas chez moi s'il y un autre moyen