Supprimer les lignes précédentes d'un motif

**adrientdl13** · 07/01/2020, 12h14

Bonjour à tous,
Novice en programmation linux, je voudrais réaliser une suppression multiples de lignes lorsqu'un motif est trouvé dans le fichier.
Lorsqu'un motif défini est rencontré dans le fichier, la ligne le contenant mais également les 3 précécentes soient supprimées.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@HS13_78:1:2
GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
+
CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
@HS13_78:1:1
ATCTTTTGCACTGTAGTGACCAAAAACTGACACTGTAACT
+
motifCCCFFFFFHHHHHIIJHIJHIJJJJJJJIJIFIJJHIJIJJHIJI
......
 
et apres suppression obtenir:
@HS13_78:1:2
GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
+
CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
.....

j'ai tenté la commande sed sans réelle efficacité sur la suppression multiple.
pour le moment j'en suis là:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -i 'N;/motif/d' nomdufichier

Avez vous des idées svp ? merci

**balkany** · 08/01/2020, 02h29

Une possibilité avec sed :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -nE ':loop; /motif/{s/([^\n]*\n){0,3}[^\n]*motif.*//; /^$/d; s/\n$//; p; b}; ${p; b}; N; b loop' fichier

**disedorgue** · 08/01/2020, 12h07

Une autre solution avec tac et sed:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

tac fichier | sed -n '/motif/{n;n;n;n;};p' | tac

Ici, on lit le fichier de la dernière ligne à la première (commande tac), et donc, si on rencontre le motif avec sed, on passe au 4 prochaines lignes. et l'option -n sert juste au cas où le motif est rencontré avant la 4ème ligne du fichier.

**adrientdl13** · 08/01/2020, 12h36

Les 2 solutions marchent à la perfection. Un grand merci !

**zipe31** · 08/01/2020, 15h30

Salut,

Une solution avec grep : grep -e "$(grep -B3 'motif' fich)" -v fich

**balkany** · 08/01/2020, 16h04

Non, ça je crois que ça ne fonctionne pas : chaque ligne de "$(grep -B3 'motif' fich)" sera considérée comme un motif à éliminer par grep -v, si bien que ça ne donnera le même résultat que les formulations précédentes que par chance.
En particulier, dans l'exemple donné en #1, il manquera la ligne 3, car elle matche la ligne 7, comptée parmi les motifs à éliminer.
Par ailleurs, il faudrait penser à protéger certains caractères dans "$(grep -B3 'motif' fich)", car il s'agit d'une expression régulière.

**zipe31** · 08/01/2020, 16h15

T'en es sûr ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat -n bar
     1	@HS13_78:1:2
     2	GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
     3	+
     4	CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
     5	@HS13_78:1:1
     6	ATCTTTTGCACTGTAGTGACCAAAAACTGACACTGTAACT
     7	+
     8	motifCCCFFFFFHHHHHIIJHIJHIJJJJJJJIJIFIJJHIJIJJHIJI
     9	......

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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$ grep -e "$(grep -B3  'motif' bar)" -v bar
     1	@HS13_78:1:2
     2	GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
     3	+
     4	CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
     9	......

$

**balkany** · 08/01/2020, 17h14

Eh bien oui :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat -n fich
     1	@HS13_78:1:2
     2	GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
     3	+
     4	CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
     5	@HS13_78:1:1
     6	ATCTTTTGCACTGTAGTGACCAAAAACTGACACTGTAACT
     7	+
     8	motifCCCFFFFFHHHHHIIJHIJHIJJJJJJJIJIFIJJHIJIJJHIJI
     9	......
$ grep -e "$(grep -B3 'motif' fich)" -v fich
@HS13_78:1:2
GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
......

Par ailleurs, si tu as par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat -n fich1
     1	a
     2	b
     3	c
     4	d
     5	.*
     6	motif
     7	e
     8	f
     9	g

alors tu auras :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
$ grep -e "$(grep -B3 'motif' fich1)" -v fich1
$

car la ligne 5 sera prise par grep -v au sens d'une expression régulière.
Donc j'avoue que je ne sais pas trop comment on peut avoir des résultats différents.
Peut-être une question de version de grep ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
$ grep -V
grep (GNU grep) 3.4

**Flodelarab** · 08/01/2020, 17h15

Bonjour

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ awk '{cur++;stock[cur]=$0;} /motif/{cur=cur-(1+3);} END{for (i=1;i<=cur;i++) print stock[i];}' fichier.txt

(1+3) signifiant 1 ligne de motif et 3 lignes précédentes.

**balkany** · 08/01/2020, 17h22

À condition que motif ne soit pas rencontré dans les trois première lignes du fichier.

**zipe31** · 08/01/2020, 18h27

Envoyé par balkany

Par ailleurs, si tu as par exemple :
[...]
car la ligne 5 sera prise par grep -v au sens d'une expression régulière.
Donc j'avoue que je ne sais pas trop comment on peut avoir des résultats différents.
Peut-être une question de version de grep ?

J'ai pris par habitude de répondre aux questions avec les exemples fournis. Si le fichier original diffère et comprend des sources potentielles de perturbations sur la solution donnée, ce n'est pas mon problème.
Y'a longtemps que j'ai arrêté de me prendre la tête avec toutes les options possibles, sauf si je bosse pour moi… et encore

Sinon :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
$ grep -V
grep (GNU grep) 3.1

**disedorgue** · 08/01/2020, 18h57

Pour la méthode via grep de zipe31, on peut la modifier en remplaçant l'option -e du premier grep par -F et là, cela fonctionne avec les autres exemple donnés.

**balkany** · 08/01/2020, 21h02

Pas chez moi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat -n fich
     1	@HS13_78:1:2
     2	GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
     3	+
     4	CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
     5	@HS13_78:1:1
     6	ATCTTTTGCACTGTAGTGACCAAAAACTGACACTGTAACT
     7	+
     8	motifCCCFFFFFHHHHHIIJHIJHIJJJJJJJIJIFIJJHIJIJJHIJI
     9	......
$
$ grep -V
grep (GNU grep) 3.1
Copyright © 2017 Free Software Foundation, Inc.
…
$ 
$ grep -F "$(grep -B3 'motif' fich)" -v fich
@HS13_78:1:2
GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
......
$ 
$ grep -V
grep (GNU grep) 2.25
Copyright © 2016 Free Software Foundation, Inc.
…
$ 
$ grep -F "$(grep -B3 'motif' fich)" -v fich
@HS13_78:1:2
GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
......
$

**disedorgue** · 08/01/2020, 21h12

Tu as raison, ça ne fonctionne pas non plus chez zipe31, car en fait son exemple est fait avec des lignes numérotées.
Sa solution supprime les lignes en doublons qui appartiennent au motif -B3

**balkany** · 08/01/2020, 21h32

Eh oui, au prix d'une incohérence entre cat -n et grep en #7

Supprimer les lignes précédentes d'un motif

Shell et commandes GNU

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