Discussion :

[adrientdl13]

Bonjour à tous,
Novice en programmation linux, je voudrais réaliser une suppression multiples de lignes lorsqu'un motif est trouvé dans le fichier.
Lorsqu'un motif défini est rencontré dans le fichier, la ligne le contenant mais également les 3 précécentes soient supprimées.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
@HS13_78:1:2
GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
+
CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
@HS13_78:1:1
ATCTTTTGCACTGTAGTGACCAAAAACTGACACTGTAACT
+
motifCCCFFFFFHHHHHIIJHIJHIJJJJJJJIJIFIJJHIJIJJHIJI
......
 
et apres suppression obtenir:
@HS13_78:1:2
GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
+
CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
.....

j'ai tenté la commande sed sans réelle efficacité sur la suppression multiple.
pour le moment j'en suis là:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -i 'N;/motif/d' nomdufichier

Avez vous des idées svp ? merci

[balkany]

Une possibilité avec sed :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -nE ':loop; /motif/{s/([^\n]*\n){0,3}[^\n]*motif.*//; /^$/d; s/\n$//; p; b}; ${p; b}; N; b loop' fichier

[disedorgue]

Une autre solution avec tac et sed:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

tac fichier | sed -n '/motif/{n;n;n;n;};p' | tac

Ici, on lit le fichier de la dernière ligne à la première (commande tac), et donc, si on rencontre le motif avec sed, on passe au 4 prochaines lignes. et l'option -n sert juste au cas où le motif est rencontré avant la 4ème ligne du fichier.

[adrientdl13]

Les 2 solutions marchent à la perfection. Un grand merci !

[zipe31]

Salut,

Une solution avec grep : grep -e "$(grep -B3 'motif' fich)" -v fich

[balkany]

Non, ça je crois que ça ne fonctionne pas : chaque ligne de "$(grep -B3 'motif' fich)" sera considérée comme un motif à éliminer par grep -v, si bien que ça ne donnera le même résultat que les formulations précédentes que par chance.
En particulier, dans l'exemple donné en #1, il manquera la ligne 3, car elle matche la ligne 7, comptée parmi les motifs à éliminer.
Par ailleurs, il faudrait penser à protéger certains caractères dans "$(grep -B3 'motif' fich)", car il s'agit d'une expression régulière.

[zipe31]

T'en es sûr ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
$ cat -n bar
     1	@HS13_78:1:2
     2	GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
     3	+
     4	CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
     5	@HS13_78:1:1
     6	ATCTTTTGCACTGTAGTGACCAAAAACTGACACTGTAACT
     7	+
     8	motifCCCFFFFFHHHHHIIJHIJHIJJJJJJJIJIFIJJHIJIJJHIJI
     9	......

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
$ grep -e "$(grep -B3  'motif' bar)" -v bar
     1	@HS13_78:1:2
     2	GAAATCGAGCGGCTAAAAAATCGTTGAGAGAATCGTTTT
     3	+
     4	CCCFFFFFHHHGHJJJJJJJJJJHIJJIIJJJIJJFHJJIJJJI@GHEI
     9	......

$