Discussion :

[Nirrwyn]

Bonjour,

Je suis étudiant en 2ème année de licence de biologie. Nous avons un exercice consistant à écrire un programme retournant, à partir de n'importe quelle séquence d'ADN donnée, son ARNm, puis la séquence protéique traduite. J'ai dû mal à voir comment démarrer.

Pour ceux qui n'y connaissent rien en biologie, on donne une séquence de type "ATCCAGTGG", il faut donc retourner la séquence complémentaire (A complément de T et inversement, et C complément de G, et inversement), avec la subtilité que les T sont remplacés par des U. On obtient donc "UAGGUCACC". Ce qui me bloque plus précisément, c'est que je vois pas comment lire et manipuler chaque lettres indépendant de la chaîne de caractère. Quelqu'un pourrait m'éclairer sur un début de piste ?

Merci à vous,

[marou1991]

Bonjour,

Je te laisse regarder au tour du package stringr.

Il y a plusieurs fonctions pour manipuler les chaines de caractères.

Bon courage

[Canvas]

Bonsoir,

Une autre solution possible en utilisant chatr :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
seq <- "ATCCAGTGG"
res <- chartr("T","U",chartr("ATGC","TACG",seq))

[Nirrwyn]

Malheureusement comme on ait noté par un juge automatique, il n'est pas possible d'utiliser de package. Par contre merci beaucoup pour la fonction "chatr", c'est exactement ce qu'il me fallait pour démarrer.