Discussion :

[irishupk]

Bonjour,

je souhaites réliser une suite de commande sur un ensemble de fichier qui se trouvent dans un répertoire.
Mes commandes marchent bien car on lui précise un fichier mais impossible de lui faire comprendre que je
souhaite réaliser ces étapes sur un ensemble de fichier présents dans un répertoire.

Voilà ce que je propose :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
 
 
#!/usr/bin/python
# -*- coding: <utf-8> -*-
 
import os
import requests
 
 
 
for element in os.listdir('/dossier/ou/se/trouve/fichiers'):
  if element.endswith('.txt'):
    #file = open("rsID.txt", "r")
    file = os.open("%element.txt", "r")
    for rs in file:
      r = requests.post(
                      url='https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/api/snpense/snpense/',
                      json={
                      'organism':'hsapiens',
                      'query': rs
                      }
                      )
      if not r.json()['result'] :
        print (rs,"NA")
      else :
        print (rs,r.json()['result'])
    file.close()

Merci

[VinsS]

Salut,

Tu réalises que tu ouvres toujours le même fichier ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
    file = os.open("%element.txt", "r")

et tu as vraiment un fichier nommé %element.txt ?

[irishupk]

Salut,

Tu réalises que tu ouvres toujours le même fichier ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
    file = os.open("%element.txt", "r")

et tu as vraiment un fichier nommé %element.txt ?

Bonjour,

non, je n'ai aucun fichier nommé %element.txt mais je pensais qu'en faisant cela, il comprendrais que je souhaitai traiter tous les fichiers (que j'ai surnommé element) préset dans un même dossier (faire comme une boucle

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

for i in *.txt print $i

en bash).

je pensais que

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

%i

en python correspondait à

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$i

en bash.

[VinsS]

Je me disais aussi.

Utilise la solution de Tyrtamos et ça ira tout seul.

[irishupk]

Je me disais aussi.

Utilise la solution de Tyrtamos et ça ira tout seul.

Mais je ne comprend pas comment ouvrir chaque fichier en lecture (open) ? avec un file = open(fichier, "r") ?

[irishupk]

Je vous remercie énormément de votre aide VinsS et surtout tyrtamos pour votre aide et vos réponses.

Le script à l'air de marché grâce à ce que vous avez proposé !

Merci !

[tyrtamos]

Bonjour,

Pour trouver et traiter tous les fichiers type "*.txt" d'un répertoire, je te suggère d'utiliser plutôt la fonction iglob du module glob.

Essaie ça:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
from glob import iglob
repertoire = r"/dossier/ou/se/trouvent/les/fichiers"
motif = "*.txt"
for fichier in iglob(os.path.join(repertoire, motif)):
    if os.path.isfile(fichier):    
        print(fichier)

L'un des problèmes de ton code est que os.listdir renvoie les noms trouvés sans leur chemin.

[irishupk]

Bonjour,

Pour trouver et traiter tous les fichiers type "*.txt" d'un répertoire, je te suggère d'utiliser plutôt la fonction iglob du module glob.

Essaie ça:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
from glob import iglob
repertoire = r"/dossier/ou/se/trouvent/les/fichiers"
motif = "*.txt"
for fichier in iglob(os.path.join(repertoire, motif)):
    if os.path.isfile(fichier):    
        print(fichier)

L'un des problèmes de ton code est que os.listdir renvoie les noms trouvés sans leur chemin.

Mais à ce moment là, comment lui dire d'ouvrir le fichier en lecture ?