Discussion :

[pitchu]

Bonjour,

Je voudrais savoir comment obtenir ce plot ci-dessous avec ggplot2,
J'ai essayé de faire cela, mais le plot ne se génère pas.

Code :

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library(caret)
library(ggplot2)
 
data(iris)
 
model <- train(Petal.Width ~ ., data = iris, method = "pls")
 
ggplot(model$results, aes(model$results$ncomp, model$results$Rsquared)) +
  geom_point() +
  geom_line() +
  scale_y_continuous(sec.axis = sec_axis(model$results$RMSE~.)) 
  #labs(x = "ncomp", y="r²")

[olivier.decourt]

Bonsoir.
Sur ma session (R 3.5.3, {ggplot2} version 3.1.0) ton code fonctionne très bien, y compris les labels en commentaire. On peut ajouter une option name dans la fonction sec_axis pour titrer l'axe secondaire.

[pitchu]

Bonjour,

J'ai mis à jour le package ggplot2,

Pour la partie RMSE se sont les valeurs de Rsquared qui sont inscrit sur la droite et il n'y a pas de points aussi.

Code :

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library(caret)
library(ggplot2)
data(iris)
model <- train(Petal.Width ~ ., data = iris, method = "pls")
 
ggplot(model$results, aes(x = ncomp, y = Rsquared)) +
  geom_path() +
  geom_point() +
  scale_y_continuous(name = "Rsquared", sec.axis = sec_axis(~., name = "RMSE"))

Pièce jointe 469743

[olivier.decourt]

Bonjour.
Tu auras un axe secondaire gradué comme tu veux en changeant ta fonction sec_axis. Par contre dans {ggplot2} l'axe secondaire permet juste de présenter les mêmes données que l'axe Y, éventuellement dans des unités différentes (exemple classique : des températures en ° celsius et farenheit) ou juste en miroir, à l'identique. Ce n'est pas un vrai axe secondaire sur lequel on peut diriger certaines géométries, à ce que j'ai compris.

Code :

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ggplot(model$results, aes(x = ncomp, y = Rsquared)) +
  geom_path() +
  geom_point() +
  scale_y_continuous(name = "Rsquared", 
                     sec.axis = sec_axis(~ model$results$RMSE, name = "RMSE"))

Alternative : à partir de model$results, construire un data.frame avec pour chaque ncomp, une ligne mesure="R2" et une ligne mesure="RMSE" (avec {reshape2} ou {tidyr}), et faire le geom_point/geom_line avec un facet_wrap(~mesure) pour avoir les deux graphiques côte à côte.

[pitchu]

J'ai essayé cela, ça donne un bon résultat mais il me faudrait une moyen de normaliser les valeurs du RMSE pour le ramener à la même échelle que le Rsquared puis de le dé-normaliser (car si le RMSE est égal à ces valeurs c(20, 24, 25) comment puis-je faire ?)

Code :

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Rsquared <- model$results$Rsquared
RMSE     <- model$results$RMSE + 0.7
 
r2 <- data.frame("ncomp" = model$results$ncomp, 
                 "val" = Rsquared, 
                 "lab" = c("r²"))
rmse <- data.frame("ncomp" = model$results$ncomp,
                   "val" = RMSE, 
                   "lab" = c("rmse"))
 
d <- rbind(rmse, r2)
 
ggplot(d, aes(x=ncomp, y=val, group=lab)) +
  geom_path() +
  geom_point() +
  scale_y_continuous(name="Rsquared", sec.axis = sec_axis(~ . -0.7, name="RMSE"))