Discussion :

[SerialPeper56]

Bonjour,

Je travaille actuellement sur la spectroscopie infrarouge. J'ai des données d'absorbance en fonction du nombre d'onde allant de 3800 cm-1 à 900 cm-1. Une partie de ce spectre comprise entre 2800 et 1800 cm-1 ne m'intéresse pas dans l'étude de mes résultats je souhaiterais donc tronquer mes données entre ces 2 valeurs afin que cette partie du spectre ne vienne pas interférer dans mes résultats. J'ai essayé de séparer l'ensemble de mes données en 2 parties, Y1 comprenant les données supérieure à 2800 cm-1 et Y2 comprenant les données inférieure à 1800, puis de les joindre en un ensemble, Y3, grâce à la fonction "cbind". Cela ne fonctionne pas parce que Y1 et Y2 ne sont pas de la même longueur.

"Error in data.frame(..., check.names = FALSE) : les arguments impliquent des nombres de lignes différents : 423, 484"

Je souhaiterais, si vous en avez la solution, que cela me génère directement ou avec peu d'étape le résultat escompté parce que je dois brasser une soixantaine de spectre infrarouge dans un même projet R.

Sincèrement,

Nicolas

[xavier-Pierre]

je pense que la fonction rbind est plus appropriée, autrement pour filtrer vos valeur par exemple avec le tidyverse

Code :

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library(tidyverse)
TEST_IR_pour_R <- TEST_IR_pour_R %>% filter(`Nombre d'onde`>1800  & `Nombre d'onde`>2800)

de plus il vaut mieux éviter d'avoir des noms de colonnes avec des espaces et des caractères spéciaux comme l'apostrophe, il faut mieux renommer les colonnes

[SerialPeper56]

je pense que la fonction rbind est plus appropriée, autrement pour filtrer vos valeur par exemple avec le tidyverse

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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3
 
library(tidyverse)
TEST_IR_pour_R <- TEST_IR_pour_R %>% filter(`Nombre d'onde`>1800  & `Nombre d'onde`>2800)

de plus il vaut mieux éviter d'avoir des noms de colonnes avec des espaces et des caractères spéciaux comme l'apostrophe, il faut mieux renommer les colonnes

C'est exactement ce que je recherchais (le package tidyverse). Je vous remercie. A bientôt sur les forums

[SerialPeper56]

La fonction filter me donne du soucis. A ce que je comprend (je débute sur R) la fonction fonctionne de la manière suivante :
filter(Données d'intérêt , Condition de conservation des données)
J'ai donc réaliser ce code :

Code :

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Test_IR_pour_R <- filter(Test_IR_pour_R, Test_IR_pour_R$`Nombre onde`<=1800, Test_IR_pour_R$`Nombre onde`>=2800)

Ou de la manière proposée précédemment :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Test_IR_pour_R <- Test_IR_pour_R %>% filter(,Test_IR_pour_R$`Nombre onde`<1800 & Test_IR_pour_R$`Nombre onde`>2800)

Malheureusement j'obtiens la réponse suivante : Error in match.arg(method) : 'arg' must be NULL or a character vector
Je ne comprend pas d'où proviens cette erreur
PS : J'ai modifié le nom d'une colonne (Nombre d'onde -> Nombre onde) comme conseillé

[xavier-Pierre]

bonjour cest juste une erreur de logique, tout d'abord la 2 ligne a une erreur de syntaxe il faut enlever la virgule: filter(,

l'erreur est de séparer les 2 conditions par une virgule cela équivaut à un ET logique donc on a pas de valeur <1800 ET en même temps >2800 (je viens de voir que j'ai fait la même erreur car le & est le ET logique pour R) il faut utiliser le OU symbole "|"

de plus il n'est pas utile de mettre Test_IR_pour_R$`Nombre onde` , `Nombre onde` suffit
il aurait été plus simple de renommer la colonne nombre_onde car cela évite d'utiliser les backtips (obligatoire car un espace dans le nom de la colonne
il existe le package janitor, qui avec la fonction clean_names avec le paramètre "snake" par exemple permet de simplifier les noms de colonnes , `Nombre onde` en nombre_onde

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(tidyverse)
library(janitor)
Test_IR_pour_R <-clean_names("snake") %>% filter(Test_IR_pour_R, nombre_onde<=1800 | nombre_onde>=2800)
##vérifie juste après le clean_names le nom de tes colonnes j'ai supposé que la colonne de ton dataframe initial se nommait "Nombre onde" et donc est transformé en nombre_onde