1) R est sensible à la casse donc "non" et "Non" sont différents.
2) Que donne donne table( data2$EPDSseuil12_4) avant la tentative de transformation ? Cette variable est un facteur à deux niveaux mais un seul niveau est peut-être peuplé. str n'est pas suffisant pour le déterminer car si la fonction décrit la variable, elle ne donne que les premières valeurs du vecteur. De plus, une solution est d'utiliser le codage interne du facteur puisqu'en absence de réordonnancement, "Non" est le premier niveau et "Oui", le second. Donc, la solution devient :
data2$EPDSseuil12_4 <- as.numeric( data2$EPDSseuil12_4) - 1
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