Discussion :

[GDeLyon]

Bonjour à tous,

Je cherche à faire une opération qui semble simple au premier abord mais sur laquelle je peine depuis quelques jours.

Je cherche en effet à fusionner (joindre) un tableau sur une matrice, avec fusion en ligne et en colonne d'un champ.
Il s'agit d'une matrice dont les noms de lignes et de colonnes sont identiques (origine / destination). Il y a donc le même nb de lignes que de colonnes.

Les lignes et les colonnes de cette matrice sont les identifiants :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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     001   002   003
001   x     x     x
002   x     x     x
003   x     x     x

Je voudrais créer une colonne et une ligne supplémentaires à partir d'un tableau du type suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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001 oui
002 oui
003 non

afin d'obtenir

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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     001   002   003   c4
001   x     x     x    oui
002   x     x     x    oui
003   x     x     x    non
l4    oui  oui  non

Mais je n'y parviens pas.
Je suis habitué à utiliser merge (ce qui pourrait résoudre le pb pour les lignes) mais je ne parviens pas à le faire pour les lignes et les colonnes.

Est-ce que certains d'entre vous sauraient faire ça ?

Merci par avance,
G.

[hoccha]

Bonjour,
Voici une première proposition.

La matrice:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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M <- matrix(sample(LETTERS,9),ncol=3,
            dimnames = list(c("001","002","003"),c("001","002","003")))
 
    001 002 003
001 "V" "M" "I"
002 "J" "D" "S"
003 "L" "C" "O"

Le tableau (ici c'est un vecteur colonne):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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V <- matrix(c("oui", "non", "oui"), 
            dimnames = list(c("001","003","002"),NULL))
 
    [,1] 
001 "oui"
003 "non"
002 "oui"

Il est noter qu'ici je suppose que l'ordre des lignes dans M et V peut être différent.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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fct <- function(M, V){
    ## Build an empty matrix with NaN values
    ## The number of rows and column is increased by one
    res <- matrix(NaN, ncol=ncol(M)+1, nrow=nrow(M)+1,
                  dimnames = list(c(rownames(M),paste0("r",nrow(M)+1)),
                                  c(colnames(M),paste0("c",ncol(M)+1))))
 
    ## Copy the matrix M in the first columns and rows of the new matrix res
    res[1:nrow(M), 1:ncol(M)] <- M
 
    ## We assume that the order of names can be different between V and M
    newPos <- sapply(rownames(V), function(v) which (v==rownames(M)))
 
    ## add the values in the last row and last col
    res[1:nrow(M),nrow(M)+1] <- V[newPos,1]
    res[nrow(M)+1, 1:nrow(M)] <- V[newPos,1]
 
    return(res)
}

Si j'applique cette fonction, voici le résultat:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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newM <- fct(M, V)
 
    001   002   003   c4   
001 "V"   "M"   "I"   "oui"
002 "J"   "D"   "S"   "oui"
003 "L"   "C"   "O"   "non"
r4  "oui" "oui" "non" "NaN"

J'espère avoir pu vous aider.

Bon week-end
Olivier

[GDeLyon]

Merci beaucoup pour cette réponse.

Il m'est difficile de savoir si cette méthode convient, car je maîtrise pas la lecture de la fonction.

J'ai testé sur ma matrice (1055 colonnes x 1055 lignes) et de mon tableau à fusionner (1055 observations et 2 variables) mais cela ne semble pas fonctionner, mais il m'est difficile de développer davantage mon explication...

Ce qui en ressort est cette erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Error in xj[i] : invalid subscript type 'list'

Si jamais quelqu'un qui maîtrise la fonction a une idée...?

[mgdondon]

Bonjour,

Une autre approche :

• Si toutes les lignes sont communes et dans le même ordre, il est possible d'utiliser les fonctions bind_cols() et bind_rows() du package dplyr :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> M <- matrix(c("A","B","C", "D","E","F", "G","H","I"),ncol=3,
+             dimnames = list(c("001","002","003"),c("001","002","003")))
> M.df <- as.data.frame(M)
> M.df
    001 002 003
001   A   D   G
002   B   E   H
003   C   F   I

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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V <- matrix(c("oui", "oui", "non"), 
            dimnames = list(c("001","002","003"),names="V4"))
> V.df <- as.data.frame(V)
> V.df
     V4
001 oui
002 oui
003 non

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> library(dplyr)
> T.df <- bind_cols(M.df,V.df)
> T.df <- bind_rows(T.df,as.data.frame(t(V.df)))
Warning messages:
1: In bind_rows_(x, .id) : Unequal factor levels: coercing to character
2: In bind_rows_(x, .id) :
  binding character and factor vector, coercing into character vector
...
> row.names(T.df) <- names(T.df)
> T.df
    001 002 003   V4
001   A   D   G  oui
002   B   E   H  oui
003   C   F   I  non
V4  oui oui non <NA>

• S'il manque des lignes ou qu'elles ne sont pas dans le même ordre, il est possible d'utiliser la fonction merge() et la fonction bind_rows() :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> M <- matrix(c("A","B","C", "D","E","F", "G","H","I"),ncol=3,
+             dimnames = list(c("001","002","003"),c("001","002","003")))
> M.df <- as.data.frame(M)
> M.df$id <- row.names(M.df)
> M.df
    001 002 003  id
001   A   D   G 001
002   B   E   H 002
003   C   F   I 003

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> V <- matrix(c("non","oui"), 
+             dimnames = list(c("003","001"),"V4"))
> V.df <- as.data.frame(V)
> V.df$id <- row.names(V.df)
> V.df
     V4  id
003 non 003
001 oui 001

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> T.df <- merge(M.df,V.df,by="id",all=TRUE)[,-1]
> library(dplyr)
> T.df <- bind_rows(T.df,as.data.frame(t(V.df)))[-length(T.df),]
Warning messages:
1: In bind_rows_(x, .id) : Unequal factor levels: coercing to character
2: In bind_rows_(x, .id) :
  binding character and factor vector, coercing into character vector
> row.names(T.df) <- names(T.df)
> T.df
    001  002 003   V4
001   A    D   G  oui
002   B    E   H <NA>
003   C    F   I  non
V4  oui <NA> non <NA>

Cordialement,

[GDeLyon]

Merci mgdondon pour cette réponse complète, il semblerait que ta seconde solution soit adaptée à mon exemple. Merci beaucoup.
Je dois utiliser ton deuxième exemple car je ne suis pas convaincu à 100% que les ordres soient respectés dans ma matrice.

• Cependant, je peine à comprendre deux éléments des lignes de code (et j'ai besoin de comprendre pour appliquer cela à mon tableau qui est bien plus grand que celui donné en exemple).
  
  À quoi correspond le [,-1] dans :
  

  Code :

  Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

  T.df <- merge(M.df,V.df,by="id",all=TRUE)[,-1]

  ?
  
  À quoi correspond le [-5,] dans :
  

  Code :

  Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

  T.df <- bind_rows(T.df,as.data.frame(t(V.df)))[-5,]

  ?

• De plus, j'ai un petit soucis avec mes noms de colonnes. Mes tableaux sont importés via read.csv2 et si les noms de lignes sont respectés (001 par ex.), les colonnes quant à elles sont "rebaptisées" (X001 par ex.) ce qui semble poser problème.
  
  J'ai donc tenté de convertir les noms afin qu'ils soient identiques. Mais si je convertis les noms des lignes (en X001 par ex.) et des colonnes (en X001 par ex), cela ne semble pas fonctionner :
  

  Code :

  Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  Error in bind_rows_(x, .id) : 
    Column `X001` can't be converted from integer to factor

J'ai l'impression que je ne suis pas loin du résultat attendu... mais qu'il manque un petit détail.