Discussion :

[Piotree]

Bonjour à tous,

Je me permets de vous contacter ne trouvant pas la solution à mon problème.
j'ai un gros fichier concaténant plusieurs fichiers. Chacun des fichiers semble commencer par LOCUS et se terminer par //.
Pour chacun de ces fichiers je veux extraire 4 chaînes de caractères, voici mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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motif=("/trait", "trait", "/pays", "pays")
for i in ${motif[@]};do while read line;do grep -w $i;done < fichier; done

j'affiche ce que je veux mais pas dans la bonne configuration, je m'explique. En gros pour chacun de mes sous-fichiers délimités par LOCUS.......// je veux afficher ces 4 motifs (ou moins car ils ne sont pas tous forcément présent à chaque fois)
Mais dans mon code je ne sais pas comment introduire cette délimitation.

Merci beaucoup

[N_BaH]

Bonjour,

ton code n'est pas fonctionnel, je ne vois pas comment tu peux obtenir quoi que ce soit avec:
un tableau n'est pas assigné de cette manière (le virgules sont en trop)
grep ne traite rien (aucun fichier n'est indiqué); c'est bloquant.

tu ne peux pas recréer les fichiers ?

[Piotree]

Bonjour,

Sincèrement désolé pour la confusion. Voici un autre exemple avec un code qui fonctionne et un fichier test

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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motif=("/breed=" "breed:" "/haplotype=" "/country=")
for i in ${motif[@]};do while read line;do grep -w $i;done < test.txt; done

Il y a que trois sous fichiers mais l'idée serait d'afficher chacun des motifs sur une même ligne pour tous les sous fichiers.

Merci et encore désolé pour le manque de clareté

[Piotree]

Désolé dernière rectification, ici l'exemple serait mieux avec haplogroupe au lieux d'haplotype dans les motifs.
Encore merci pour votre aide

[N_BaH]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ sed -n '/LOCUS/,\@//@{\@/breed=\|breed:\|/haplogroup=\|/country=@H;\@//@{x;s@//@@;s/\n//gp}}' Piotree.dvp.test.txt 
                     /note="breed: White Park"
                     /note="breed: White Park"
                     /haplogroup="T3"                     /country="Italy"                     /note="breed: Italian Red Pied"

[Piotree]

canon merci beaucoup mais il va falloir que je décortique tout ça je suis pas hyper à l'aise avec sed.

Encore merci

[BufferBob]

salut,

une autre solution, à base de awk :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ awk '/^LOCUS/ {s=""} /breed:|\/(breed|haplogroup|country)=/ {s=s $0} /\/\// {print s}' test.txt
                     /note="breed: White Park"
                     /note="breed: White Park"
                     /haplogroup="T3"                     /country="Italy"                     /note="breed: Italian Red Pied"

[Piotree]

Salut,

Merci beaucoup pour cette autre façon de procéder.

A bientôt