Discussion :

[Shyma]

Bonjour,

Je voudrais faire un graphe de distribution avec plusieurs données que je récupère de plusieurs fichiers, j'ai essayé pour les données d'utiliser "read.table" pour créer un tableau avec le premier fichier qui correspond à la première courbe, mais là je m'aperçois que je ne peux pas ouvrir en même temps plusieurs fichiers avec read.table(), en même temps je voudrais donner un nom et une couleur spécifique pour chaque courbes.

Avec Data.frame() c'est la création de matrice avec des données en entrée, moi je voudrais à partir de mes fichiers.

Je suis assez perdue, je n'utilise pas du tout R

Merci pour votre aide ou orientation vers une solution

[faubry]

read.table permet d'ouvrir plusieurs fichiers. Il y a donc une autre erreur dans ton script. Si tu veux qu'on t'aide à la trouver, envoie-nous ton code de lecture et le message d'erreur.

[Shyma]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(ggplot2)
 
t<-read.table("fichier.txt", sep=" " )
 
ggplot(t, aes(x=t)) + 
  geom_density()

Pour un seul fichier, mais je ne sais pas comment faire pour plusieurs fichiers, et puis pour donner le nom, et couleur pour chaque graphe.
PS : Je veux afficher le tout dans un seul graphe, pour pouvoir comparer

Le fichier txt contient des pourcentage, donc une seule colonne de pourcentage.

[faubry]

Tu ne donnes pas assez de détail. Par exemple, il faut savoir si :
1) les noms des fichiers son connus par avance ou non ;
2) les tables ont des noms de colonnes en commun.

Pour ce qui est de lire plusieurs fichiers, il suffit de faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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tab1 <- read.table( "fic1.txt", ...
tab2 <- read.table( "fic2.txt", ...
...

[Shyma]

Bonjour,

Oui, les fichiers (6 en tout) sont connus d'avance, et ils ont la même forme, une colonne de pourcentages. Par contre, ce que je voudrais c'est d'afficher pour chaque fichier un graphe de distribution, mais que cela soit dans une seule figure, donc les 6 graphes en même temps, mais les distinguer avec leurs noms et couleurs, ça par contre je ne sais pas comment le faire ?

Un peu comme ça, ici c'est 2 graphes, moi je voudrais les 6 en même temps : http://www.sthda.com/french/wiki/ggp...ion-de-donnees

Mais là encore, ils ont utilisé data.frame, donc spécifier les données en entrée, et non par un fichier ?

[Supernul]

Bonjour,

en gros tu souhaites quelque chose dans ce style :

Si c'est bien le cas, voici ce que j'ai fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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p2 <- geom_density(data = data.frame(v2), aes(x=v2), colour = "red")
p3 <- geom_density(data = data.frame(v3), aes(x=v3), colour = "blue")
ggplot() + p2 +p3

Dans mon exemple v2 et v3 sont des vecteurs de valeur suivant une distribution normale.

Pour ton cas, il faut :

1. charger dans une variable chacun de tes fichiers avec read.table()
2. définir un geom_density pour chaque. Pas besoin de convertir tes variables qui sont déjà des data.frames
3. tracer le graphique et faire les ajustements de mise en page (légende, titre, ...)

Bonne journée

[faubry]

Une solution simple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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data1 <- cbind( read.table( "fic1.txt", ...autres parametres de read.table), FIC="fic1")
data2 <- cbind( read.table( "fic2.txt", ...autres parametres de read.table), FIC="fic2")
# et cela pour les six fichiers
tableau <- rbind( data1, data2, data3, data4, data5, data6)

On peut alors distinguer chacun des graphes par le nom du fichier qui lui est associé dans la colonne FIC.

Mais là encore, ils ont utilisé data.frame, donc spécifier les données en entrée, et non par un fichier ?

Le fichier est un stockage externe à R et à tout autre logiciel, permanent et sur disque dur. Quelque soit le logiciel, il faut le lire et le stocker en interne dans un espace mémoire interne au logiciel pour le manipuler. Si les données sont modifiées dans le programme, ces modifications sont perdues à la sortie du programme sauf si on les a précédemment sauvées sur disque, dans un fichier, soit le fichier d'origine - alors on écrase les anciennes données - soit dans un nouveau fichier. Dans R, le data.frame est la manière de structurer en interne la zone mémoire où sont stockées les données lues dans un fichier. Le data.frame correspond à la notion de tableau pour n'importe quel tableur comme Excel ou Calc de LibreOffice.

[Shyma]

Bonjour,

Merci pour vos réponses, j'ai utilisé la méthode de @Supernul, et cela m'a donné ce graphe :



Je voudrais ajouter un titre pour chaque graphe pour les distinguer en plus de la couleur, mais aussi un titrer principal. Comment dois-je faire ?

Merci pour votre aide encore une fois.

[Shyma]

J'ai ce type d’erreurs en essayant d’afficher, le graphe de 5 fichiers, quelqu'un a une idée de ce que cela veut dire ??


Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (5377): x

Merci

[Supernul]

Bonjour,

comprends-tu ce que tu écris dans R et comment R fonctionne dans les grandes lignes (fichier, variable, vecteur, dataframe, ggplot ...) ? Il ne s'agit pas d'une critique, seulement une question.

Ma première solution répondait à ta précédente question (dessiner les courbes de densité) bien que je savais pertinemment qu'elle ne répondrait pas à LA question qui est de produire un graphique complet. Dans ce cas la solution de faubry est plus proche de tes besoins.

En fait la démarche est la suivante :
1. pour chacun de tes fichiers, affecter leur contenu à une variable
2. formater ces variables de telle sorte qu'elles puissent être agrégées dans un unique dataframe
3. produire le graphique

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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v1 <- 1:100
v2 <- dnorm(v1, mean = 50, sd = 10, log = FALSE)
v3 <- dnorm(v1, mean = 60, sd = 30, log = FALSE)
df3 <- data.frame(value = v3)
df3$orig <- "v3"
View(df3)
df2 <- data.frame(value = v2)
df2$orig <- "v2"
df4 <- rbind(df2, df3)
View(df4)
ggplot(data = df4) + geom_density(aes(value, colour = orig)) + ggtitle("Mon titre")

Je te laisse analyser ces quelques lignes.
Je t'invite aussi a regarder les exemples de ggplot, natamment comment sont structurées les données utilisées.

Bonne journée

[Shyma]

Bonjour,

Voilà comment j'ai procédé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(ggplot2)
 
 
F1<-read.table("fichier1" , sep=" ")
F2<-read.table("fichier2" , sep=" ")
F3<-read.table("fichier3" ,  sep=" ")
F4<-read.table("fichier4" , sep=" ")
F5<-read.table("fichier5" , sep=" ")
 
 
head(F1)
head(F2)
head(F3)
head(F4)
head(F5)
 
 
p1 <- geom_density(data = data.frame(F1), aes(x=F1), colour = "green")
p2 <- geom_density(data = data.frame(F2), aes(x=F2), colour = "red")
p3 <- geom_density(data = data.frame(F3), aes(x=F3), colour = "blue")
p4 <- geom_density(data = data.frame(F4), aes(x=F4), colour = "cyan")
p5 <- geom_density(data = data.frame(F5), aes(x=F5), colour = "magenta")
 
 
ggplot() + p1 +p2+p3+p4+p5 + ggtitle("Titre principal")xlab("titre des x") + ylab("titre des Y")

Après, je comprends les lignes générales, mais très peu les subtilités de R. Là, je ne sais pas comment distinguer chaque courbe avec un titre à coté, genre (pour chaque couleur, son titre qu'il lui correspond)

[Supernul]

Pour tes données, essaie cela :

Code :

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F1<-read.table("fichier1" , sep=" ", col.names = "data")  # je suppose qu'il n'y a qu'une colonne de données dans tes fichiers
df1 <- data.frame(value = F1)
df1$orig <- "F1"
 
F2<-read.table("fichier2" , sep=" ", col.names = "data")  # je suppose qu'il n'y a qu'une colonne de données dans tes fichiers
df2 <- data.frame(value = F2)
df2$orig <- "F2"
 
F3<-read.table("fichier3" , sep=" ", col.names = "data")  # je suppose qu'il n'y a qu'une colonne de données dans tes fichiers
df3 <- data.frame(value = F3)
df3$orig <- "F3"
 
F4<-read.table("fichier4" , sep=" ", col.names = "data")  # je suppose qu'il n'y a qu'une colonne de données dans tes fichiers
df4 <- data.frame(value = F4)
df4$orig <- "F4"
F5<-read.table("fichier5" , sep=" ", col.names = "data")  # je suppose qu'il n'y a qu'une colonne de données dans tes fichiers
df5 <- data.frame(value = F5)
df5$orig <- "F5"
 
df6 <- rbind(df1, df2, df3, df4, df5)
ggplot(data = df6) + geom_density(aes(value, colour = orig)) + ggtitle("Mon titre")

[Shyma]

Merci, mais là il me met cette erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'value' not found

Pour la ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ggplot(data = df6) + geom_density(aes(value, colour = orig)) + ggtitle("Mon titre")

Value ici, correspond (si j'ai bien compris) à l'ensemble des valeurs?

[Supernul]

Erreur de ma part dans une ligne, essaie cette modification :

Code :

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F1<-read.table("fichier1" , sep=" ", col.names = "value")  # je suppose qu'il n'y a qu'une colonne de données dans tes fichiers
F1$orig <- "F1"
 
F2<-read.table("fichier2" , sep=" ", col.names = "value")  # je suppose qu'il n'y a qu'une colonne de données dans tes fichiers
F2$orig <- "F2"
 
F3<-read.table("fichier3" , sep=" ", col.names = "value")  # je suppose qu'il n'y a qu'une colonne de données dans tes fichiers
F3$orig <- "F3"
 
F4<-read.table("fichier4" , sep=" ", col.names = "value")  # je suppose qu'il n'y a qu'une colonne de données dans tes fichiers
F4$orig <- "F4"
 
F5<-read.table("fichier5" , sep=" ", col.names = "value")  # je suppose qu'il n'y a qu'une colonne de données dans tes fichiers
F5$orig <- "F5"
 
df6 <- rbind(F1, F2, F3, F4, F5)
ggplot(data = df6) + geom_density(aes(value, colour = orig)) + ggtitle("Mon titre")

[Shyma]

Merci @Supernul , cela fonctionne et ça me donne ce graphe.



Merci beaucoup