Discussion :

[NB000]

Bonjour
J'ai suivi les instructions de la documentation de cython, mais j'ai du la mal comprendre. Aprés la création de mon code python pur(j'ai commencé avec l'exemple de helloworld), du fichier pyx et du fichier setup.py, j'ai executé et il y a eu création d'un fichier c ,selon la documentation il faut faire la commande python setup.py build_ext --inplace, mais j'ai toujours un syntax error, que je la fasse dans l'invite de commande sous python ou le python shell (peut être toute deux le mauvais endroit pour ce faire), j'ai essayé la commande avec g++ pour compiler, mais là aussi j'ai une erreur: fatal error: no input files. Je ne m'y connait pas du tout en language C, mais j'en ai besoin pour executer un algorithme genetique mettant une éternité si executé par python, voilà pourquoi je me suis orientée vers cython, mais voilà des jours que je galére dessus,
Toute aide serai la bienvenue
Je vous remerci d'avance

[tyrtamos]

Bonjour,

Voilà un petit exemple basé sur le calcul du PGCD.

Code en Python pur (fichier pgcd1.py):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-
# Python 3
 
def pgcd1(a,b):
    """Plus Grand Commun Diviseur entre les 2 nombres entiers a et b
    """
    while b!=0:
        a,b = b,a%b
    return a

Code pour Cython (fichier pgcd2.pyx):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-
# Python 3
 
def pgcd2(int a, int b):
    """Plus Grand Commun Diviseur entre les 2 nombres entiers a et b
    """
    while b!=0:
        a,b = b,a%b
    return a

On voit que la grosse différence est qu'il faut impérativement déclarer les types des variables utilisées pour que le compilateur C puisse savoir quoi faire.

Voilà le setup.py utilisé:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
 
ext_modules = [Extension("pgcd2",
                         sources=["pgcd2.pyx"],
                         include_dirs=["."],
                         language="c++"
                        )
              ]
 
setup(
  name = 'PGCD2',
  ext_modules = ext_modules,
  cmdclass = {'build_ext': build_ext}
)

Ici, j'ai utilisé le C++ et non le C.

Comme j'ai fait ça sous Windows, on peut en plus choisir le compilateur. Si on a "Visual Studio", c'est ce compilateur par défaut qui sera utilisé. Mais si on veut utiliser plutôt mingw32, il faut le demander en créant un fichier texte "setup.cfg" situé dans le même répertoire que setup.py, et contenant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[build]
compiler = mingw32

Voilà le code à utiliser en console pour compiler (il faut se placer dans le répertoire du setup):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

python setup.py build_ext --inplace

L'exécution donne:
- un fichier pgcd2.cpp qui est le code source en C++
- un répertoire build qui contient les données de travail
- et un fichier pgcd2.pyd qui est le module C++ compilé en code natif, et qui peut être importé par le code Python pour être utilisé.

En exécutant les 2 codes importés, celui en Python pur et celui en Python compilé en C++, on trouve un gain de temps de l'ordre de 80% (=> temps d'exécution divisé par 5).

Attention cependant: il n'est pas impossible d'utiliser au sein du code Python à compiler, des objets Python qui n'existent pas en C (list, dict, ...). Mais dans ce cas, on voit une nette dégradation des résultats, parce que le code compilé en C est obligé de faire de nombreux appels à la bibliothèque Python. Dans certains cas (ça m'est déjà arrivé), le code compilé est moins bon en temps d'exécution que le code en pur Python!

Pour traiter des cas plus complexes: voir la doc: http://docs.cython.org/en/latest/

A noter qu'il y a une autre syntaxe, qui a le gros avantage de ne pratiquement pas modifier le code en Python pur, qui consiste à placer les déclarations de types de variables dans des décorateurs: http://docs.cython.org/en/latest/src/tutorial/pure.html

Un dernier conseil: quand on a une fonction avec un temps d'exécution trop long, il faut en premier travailler l'algorithme en Python pur, et c'est seulement quand on est sûr qu'on ne peut pas faire mieux qu'on peut envisager une solution Cython!

Je n'aurai pas le temps de t'aider plus: bonne chance pour la suite!

[fred1599]

Bonjour
J'ai suivi les instructions de la documentation de cython, mais j'ai du la mal comprendre. Aprés la création de mon code python pur(j'ai commencé avec l'exemple de helloworld), du fichier pyx et du fichier setup.py, j'ai executé et il y a eu création d'un fichier c ,selon la documentation il faut faire la commande python setup.py build_ext --inplace, mais j'ai toujours un syntax error, que je la fasse dans l'invite de commande sous python ou le python shell (peut être toute deux le mauvais endroit pour ce faire), j'ai essayé la commande avec g++ pour compiler, mais là aussi j'ai une erreur: fatal error: no input files. Je ne m'y connait pas du tout en language C, mais j'en ai besoin pour executer un algorithme genetique mettant une éternité si executé par python, voilà pourquoi je me suis orientée vers cython, mais voilà des jours que je galére dessus,
Toute aide serai la bienvenue
Je vous remerci d'avance

Mais avant l'utilisation de cython, as-tu déjà fais le maximum en python en utilisant l'algorithme le plus performant ?

[NB000]

Bonjour,
Mon code comporte beaucoup de listes alors je vois que cython est une mauvaise solution,
J'ai optimisé mon code python mais je ne sais pas si c'est le code le plus performant, je vais voir ce que je peux encore faire.
Merci pour votre aide, tyrtamos et fred1599