Discussion :

[Cracramon]

Bonjour à tous !
Je suis débutant de chez débutant et j'ai une liste avec des données sous cette forme là :

J'aimerais découper les infos de la première colonne de sorte à ne plus avoir que A10Q dans la première colonne ? au lieu de "TCGA.BC.A10Q.11A.11D.A132.05".
Comment puis-je faire ?
Merci

[enicnath]

La fonction substring peut suffire.
Exemple :

Code :

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A <- c('TCGA.BC.A10Q.01A.11D.A132.05','TCGA.BC.A10R.11A.11D.A132.05')
B <- substring(A,9,12)
B

Bon courage

[Cracramon]

Bonjour enicnath et merci pour ta réponse. Hier en postant le message je m'étais déjà penché sur substring et j'étais arrivé à scinder de simples strings.
Cependant, comme je l'ai indiqué, j'ai mes données sous cette forme :
Je suppose que le type de cet objet contenant de données est une liste étant donnée que typeof(clinic4) (le nom des données) retourne "list".
Cependant, lorsque je tape View(substring(clinic4,9,12)) ou View(substring(clinic4[1],9,12)) vu que je m'intéresse à la première colonne, j'obtiens des résultats que je ne comprends pas à savoir quelque chose du genre :

Peux-tu encore m'aider s'il te plaît ?
Merci d'avance.

[Cracramon]

Bonjour, juste un petit message pour te dire que j'y suis arrivé.

[Cracramon]

Petite question néanmoins, voici mon code :

Code :

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write.table(dm.age.subset,file="biologicalage.txt")
clinic4 <- read_table("biologicalage.txt",col_names = c("DNA","AGE"),skip = 1)
clinic4 <- data.frame(substring(clinic4$DNA,10,13),clinic4$AGE)
colnames(clinic4) <- c("DNA","AGE")

Je recrée un clinic4 via les éléments obtenus par substring et ceux de la deuxième colonne (colonne AGE). N'est-il pas possible de modifier le premier clinic 4 de sorte à ne pas devoir rechanger le nom 2 fois ?

[enicnath]

N'est-il pas possible de modifier le premier clinic 4 de sorte à ne pas devoir rechanger le nom 2 fois ?

Bonjour Cracramon,
Je ne suis pas sur d'avoir bien compris la question mais bon, je me lance.
Personnellement, j'utilise souvent des variables temporaires avant de créer ma table de travail.
Exemple :

Code :

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VarTmp <- read_table("biologicalage.txt",col_names = c("DNA","AGE"),skip = 1)
clinic4 <- data.frame(substring(VarTmp$DNA,10,13),VarTmp$AGE)
colnames(clinic4) <- c("DNA","AGE")
rm(VarTmp)

Maintenant, s'il s'agit que le read.table lise le fichier et fasse l'équivalent du substring en même temps, je ne pense pas que ce soit possible (à confirmer toutefois).

[Cracramon]

D'accord, merci beaucoup