Discussion :

[hadjira10]

Salut à tus
je veux travailler avec le python mais toujours j'ai des lacunes et des erreurs qui me perturbe.
j'ai travailler déjà avec les images png sous python et j'ai effectuer des petit traitement, maintenant je veux passer au images DICOM alors que je me suis bloque en premier pas.
voila une partie de mon code, là ou il y a l'erreur,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def load_scan(path):
    slices = [dicom.read_file(path + '/' + s) for s in os.listdir(path)]

et aussi les erreurs que j'ai:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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File "dcmsay.py", line 35, in load_scan
    slices = [dicom.read_file(path + '/' + s) for s in os.listdir(path)]
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/dicom/filereader.py", line 614, in read_file
    force=force)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/dicom/filereader.py", line 515, in read_partial
    preamble = read_preamble(fileobj, force)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/dicom/filereader.py", line 489, in read_preamble
    raise InvalidDicomError("File is missing 'DICM' marker. "
dicom.errors.InvalidDicomError: File is missing 'DICM' marker. Use force=True to force reading

aidez moi svp.

[wiztricks]

Salut,

Le message d'erreur est clair et donne une solution a essayer (pour autant que vous soyez sur que le fichier est "dicom"):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

dicom.errors.InvalidDicomError: File is missing 'DICM' marker. Use force=True to force reading

- W

[hadjira10]

désolé mais j’ai pas compris votre réponse, j'ai bien défini le répertoire ou se trouve les images dcm

[hadjira10]

j'ai un peu modifie e code voila se que j'ai comme erreurs

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

OSError: [Errno 2] No such file or directory:'/home/images/dcm/'

[wiztricks]

j'ai un peu modifie e code voila se que j'ai comme erreurs

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

OSError: [Errno 2] No such file or directory:'/home/images/dcm/'

Ce qui vous permet de constater que lorsqu'il le fichier n'est pas trouvé, le message d'erreur est différent...

- W

[hadjira10]

bonjour
je veux appliquer le code
mais je suis bloquer en premier pas la déclaration de path, je ne sais pas pourquoi, j'utlise des fichiers "*.dcm" d'un examen IRM

MR-001.dcm
MR-002.dcm

[VinsS]

Salut,

Commence d'abord par ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import glob
 
def load_scan(path):
    paths = glob.glob(os.path.join(path, "*.dcm"))
    print(paths)

et regarde ce qui sort.

[wiztricks]

mais je suis bloquer en premier pas la déclaration de path

Côté Python, c'est juste un chaîne de caractères... et il n'y a que vous qui sachiez dans quel répertoire vous avez posé ces fichiers et s'il est plus astucieux de choisir un chemin absolu ou relatif pour les atteindre.

- W

[hadjira10]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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input_data = "home/images/dcm/"
patients = os.listdir(input_data)
patients.sort()
def load_scan(path):
    slices = [dicom.read_file(path + '/' + s) for s in os.listdir(path)]

et tjr la meme erreurs

patients = os.listdir(input_data)
OSError: [Errno 2] No such file or directory:'home/images/dcm/'

[VinsS]

Il ne devrait pas y avoir ton nom entre /home et /Images ?

[hadjira10]

oui biensur
le repertoire personnel
/home/hajer/images/dcm/
je me suis trompé

[hadjira10]

j'ai tjr le même problème

[VinsS]

Je t'ai proposé de tester ce code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import glob
 
def load_scan(path):
    paths = glob.glob(os.path.join(path, "*.dcm"))
    print(paths)

Autre chose, dans le dossier dcm clique droit sur une image, fais CTRL+C et ensuite dans ton éditeur de code tu fais CTRL+V ça devrait résoudre ton problème de chemin.

D'ailleurs, es-tu sûre que le dossier images ne prend pas une majuscule ?

[hadjira10]

Slt voila mon code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import numpy as np # linear algebra
import pandas as pd # data processing, CSV file I/O (e.g. pd.read_csv)
import dicom
import os
import scipy.ndimage
import matplotlib.pyplot as plt
from glob import glob
from skimage import measure, morphology
from mpl_toolkits.mplot3d.art3d import Poly3DCollection
 
import glob
 
def load_scan(path):
    paths = glob.glob(os.path.join(path, "/home/hajr/data/*.dcm"))
 
    slices = [dicom.read_file(path + '/' + s) for s in os.listdir(path)]
    slices.sort(key = lambda x: float(x.ImagePositionPatient[2]))
    try:
        slice_thickness = np.abs(slices[0].ImagePositionPatient[2] - slices[1].ImagePositionPatient[2])
    except:
        slice_thickness = np.abs(slices[0].SliceLocation - slices[1].SliceLocation)
 
    for s in slices:
        s.SliceThickness = slice_thickness
 
    return slices
def get_pixels_hu(scans):
    image = np.stack([s.pixel_array for s in scans])
    # Convert to int16 (from sometimes int16), 
    # should be possible as values should always be low enough (<32k)
    image = image.astype(np.int16)
 
    # Set outside-of-scan pixels to 1
    # The intercept is usually -1024, so air is approximately 0
    image[image == -2000] = 0
 
    # Convert to Hounsfield units (HU)
    intercept = scans[0].RescaleIntercept
    slope = scans[0].RescaleSlope
 
    if slope != 1:
        image = slope * image.astype(np.float64)
        image = image.astype(np.int16)
 
    image += np.int16(intercept)
 
    return np.array(image, dtype=np.int16)
id=0
patient = load_scan(path)
imgs = get_pixels_hu(patient)
 
np.save(output_path + "fullimages_%d.npy" % (id), imgs)

et l'erreur que j'ai:

Traceback (most recent call last):
File "example.py", line 59, in <module>
patient = load_scan(path)
NameError: name 'path' is not defined

[VinsS]

Ben tu le vois bien que le nom du dossier n'est pas encore définit à ce stade.
Tu auras la même erreur avec output_path.

Définis ces chemins en début de code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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...
import glob
path = "/home/hajr/data"
output_path = "/home/hajr/?"

Et change ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def load_scan(path):
    paths = glob.glob(os.path.join(path, "*.dcm"))
    slices = [dicom.read_file(s) for s in paths]
    slices.sort(key = lambda x: float(x.ImagePositionPatient[2]))
    ...

[hadjira10]

merci pour votre réponse
j'ai suivi tes conseils j'ai déclaré

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import glob
 
path="/home/hajr/data/"
output_path="home/hajr/data_output/"

et viola ce que j'ai comme des erreurs

Traceback (most recent call last):
File "example.py", line 62, in <module>
np.save(output_path + "fullimages_%d.npy" % (id), imgs)
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/npyio.py", line 490, in save
fid = open(file, "wb")
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'home/hajr/data_output/fullimages_0.npy'

[VinsS]

Si le dossier "home/hajr/data_output/" n'existe pas il ne sera pas créé, le fichier oui mais pas le dossier.

Et il n'existe pas manifestement, donc crée-le d'abord.