Problème pour créer Hash sortant une moyenne pour chaque ligne pour une variable de n fichiers

**PLR74** · 23/03/2017, 12h16

Bonjour,
je vous avoue que je suis totalement néophyte en Perl, beaucoup plus habitué à travailler sous Rstudio en tant qu'écologue... (mais là devant travailler avec un ensemble de fichier lourd, j'ai peur que R ne suive pas).

Je viens à vous car, j'ai cherché, sûrement pas assez me direz vous, mais je n'ai pas encore trouvé la solution, et je n'avais pas prévus de perdre autant de temps sur ce bout de script...

Voilà mon problème:
je possède 5085 fichiers texte dans un répertoire (où 1fichiers texte représente 1pixel géographique avec des données de végétations), tous sont composés des mêmes variables (17 (16 si on part de 0)) pour 6999 lignes (1ligne équivaut à un an).
Tout d'abord je m'intéresse à mon jeu de données à partir de la ligne 1000 et je fais démarré un compteur $an à partir de là, ça c'est ok!
Ensuite, là où je bloque, c'est pour réussir à faire le moyenne de la variable 13 d'un ensemble de pixels pour chaque ligne... je ne sais pas si c'est très claire....

Voici mon script:

Dans 1 premier temps je voulais travailler qu'avec mes 2 premiers fichiers avant de lancer l'ensemble
Ensuite, une fois que cela tournera, il faudrait que je l'enregistre dans un fichier externe style outpath que j'ai mis en #
[CODE=perl][/#!/usr/bin/perl
#Faire un hash pour faire ressortir la moyenne d'une année sur l'ensemble des pixels pour la variable 13
#
#
#
#
#

for($pixel=1;$pixel<3;$pixel++)
{

$folder_in="/media/CBAE_HELY/PierreLouis/Donnees_brutes/LAI";
$filein=$folder_in.'/AFW_lai_'.$pixel.'.txt';
#$outpath="/media/CBAE_HELY/PierreLouis/Analyses";
#$fmoy = $outpath.'/Moy_par_an_LAItot_'.$an.'.txt';
print "$filein\n";

open (FLAI, $filein) || die "$filein: $!\n";
$an=1;
while (<FLAI>)
{
chomp;
@rowLAI = split(/\s+/,$_);
if (length($rowLAI[0])==0) { shift(@rowLAI); }
#print "@rowsoil\n";
$YearLAI=$rowLAI[2];
$totLAI=$rowLAI[13];

if($YearLAI>999 && $YearLAI<7000){;
$valtotLAI{$lonLAI[$pixel]}{$latLAI[$pixel]}{$an[$pixel]}=$totLAI;
if ($pixel=1&& $pixel<3) {;
for ($YearLAI=1000; $YearLAI<7000; $Year++) {;
$sumx{$totLAI}{$YearLAI}+= $line[YearLAI];
$moyx{$totLAI}{$YearLAI}=$sumx{$totLAI}{$YearLAI}/2;
}
}
print "$YearLAI $an $sumx{$totLAI}{$YearLAI} $moyx{$totLAI}{$YearLAI}\n";
$an++;
};

}
close(FLAI);
}
die;]

Je vous remercie d'avance, en espèrant que l'on trouve vite une solution à ce problème, j'en suis sûr, grossier!

Exemple de mes variables pour la ligne 1 de mon fichier 1

Lon Lat Year TrTBE TrIBE TrBR TeTBS TeMBS TeIBS TeNE TeBE C3G C4G Total percwood vegcode vegtype
-0.25 10.25 0 0.0043 0.0043 0.0043 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0005 0.0005 0.0138 93.48 6 DESE

(ps: j'ai essayé d'ajouter la balise code, mais je ne crois pas avoir compris comment l'utiliser pour que cela change les couleurs...)

**Gardyen** · 23/03/2017, 15h21

Bonjour, tout d'abord la balise code crée 2 tags, tout ce qui est entre va être considéré comme du code. Par exemple [ CODE]print "Comme ceci";[/CODE] donne (sans l'espace dans la première balise)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print "Comme ceci";

Appliqué à ton code on a

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
 
my $pixel;
for($pixel=1;$pixel<3;$pixel++){
 
	my $folder_in="/media/CBAE_HELY/PierreLouis/Donnees_brutes/LAI";
	my $filein=$folder_in.'/AFW_lai_'.$pixel.'.txt';
	#$outpath="/media/CBAE_HELY/PierreLouis/Analyses";
	#$fmoy = $outpath.'/Moy_par_an_LAItot_'.$an.'.txt';
	print "$filein\n";
 
	open (FLAI, $filein) || die "$filein: $!\n";
	my $an=1;
	while (<FLAI>){
		chomp;
		my @rowLAI = split(/\s+/,$_);
		if (length($rowLAI[0])==0) { shift(@rowLAI); }
	#print "@rowsoil\n";
		my $YearLAI=$rowLAI[2];
		my $totLAI=$rowLAI[13];
 
		my %valtotLAI;
		if($YearLAI>999 && $YearLAI<7000){
			$valtotLAI{$lonLAI[$pixel]}{$latLAI[$pixel]}{$an[$pixel]}=$totLAI;
			if ($pixel=1&& $pixel<3) {
				for ($YearLAI=1000; $YearLAI<7000; $Year++) {
					$sumx{$totLAI}{$YearLAI}+= $line[YearLAI];
					$moyx{$totLAI}{$YearLAI}=$sumx{$totLAI}{$YearLAI}/2;
				}
			}
			print "$YearLAI $an $sumx{$totLAI}{$YearLAI} $moyx{$totLAI}{$YearLAI}\n";
			$an++;
		}
 
	}
	close(FLAI);
}
die;

Les 2 premières lignes sont ici pour imposer les bonnes pratiques de codage.
Elles vont t'imposer entre autres de déclarer tes variables, ce qui te permettra de ne pas te perdre sur qui fait quoi et où.

Ensuite si j'ai bien compris, tu cherches à rassembler la valeur 13 de tes lignes 1000 à la fin pour chaque fichier qui t'intéresse, afin d'en faire une moyenne par année sur plusieurs fichiers ?
Tout d'abord, tu dois stocker ces valeurs pour chaque ligne et fichier, et après avoir lu tous les fichiers que tu veux, tu peux faire ta moyenne.
Donc la partie stockage dans le hash est distincte du calcul, qui ne se fait qu'après avoir tout lu.
Pour la partie stockage, pourquoi cherches-tu à stocker via la longitude/latitude (je crois, ces variables ne sont pas définies avant) au lieu de stocker par année ?
Après avoir tout lu, tu as tout ce qu'il faut pour calculer une moyenne

En pseudocode, ça donnerait

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Pour chaque fichier
   Sauter 999 lignes
   Stocker la valeur 13 dans une liste contenue dans un hash en utilisant la ligne $an pour clé
   Passer à la ligne suivante jusqu'à la fin du fichier

Une fois tous les fichiers lu, tu reprends ton hash, en ordonnant par année

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Trier par année
Pour chaque année
   Récupérer la liste
   Calculer la moyenne
   Afficher/Écrire/Faire ce que tu veux de cette moyenne

Ai-je compris ce que tu essayes de faire ?

Dans tous les cas, n'hésite pas à consulter la

**PLR74** · 23/03/2017, 16h28

Bonjour, tout d'abord merci de t'intéresser à mon souci!

hum quand je parle de variable 13, je parle en fait de la colonne 13, je sais pas si tu avais compris pareil....

Mais sinon oui tu as bien compris ce que je veux faire mais je ne sais juste pas le faire..................

j'ai essayé un autre script tjr pour essayer d'en sortir la moyenne et SD de ma colonne 13 nommé ici 'Total' qu'en pensez-vous??

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
## 
 
#################################################
 
#################################################
 
##Variables a Modifier si necessaire
 
$inpath = "/media/CBAE_HELY/PierreLouis/Donnees_brutes/LAI";#selon periode
$outpath="/media/CBAE_HELY/PierreLouis/Analyses";
##
 
$fmoy = "$outpath/essai_moy_LAI.txt";#fichier de sortie des moyennes    #selon periode
$fsd = "$outpath/essai_sd_LAI.txt" ;#fichier de sortie des ecarts types  #selon periode
 
 
open(FMOY,">$fmoy");
print FMOY "Year Total\n";
 
open(FSD,">$fsd");
print FSD"Year Total\n";
 
 
##Creation du fichier de liste
$filelist = $inpath.'/filelist.txt';
$folderlist = $inpath;
 
open (FL, ">$filelist");
for (<$folderlist/*>) 
{
       	print FL "$_\n";
};
close (FL);
 
 
##
$n =0;
@count=();
%seen = ();
%sumx = ();
%sumx2 = ();
 
open(FL,$filelist) ||die "Can't open $filelist: $!\n";
while(<FL>) 
{
	chomp;
	$filin = $_;
	print "filin : $filin\n";
 
	open(FDAT,$filin) ||die "Can't open $filin: $!\n";
	chomp($entete=<FDAT>);
 
	## Extraction des valeurs de LAI par coordonnee
	while(<FDAT>) 
	{
		chomp;
		@line=split(/\s+/,$_);
		#print " la line est @line\n";
		$Year=$line[2];
		#print "lannée est $Year\n";
		$Total=$line[13]
		#print "la LAI Total est $Total\n"
 
		if ($pixel=1 && $pixel<3) 
		{
	#	print " $yr\n";
 
			for ($Year=1000;$Year<7000;$Year++) 
			{
			$l = $Year;
			$sumx{$pixel}{$Total}{$Year} += $line[$l];
			$sumx2{$pixel}{$Total}{$Year}  += $line[$l]**2;
			$count{$pixel}{$Total}{$Year}++;
			#print " la i est $i\n";
			#print "la somme est $sumx{$lon}{$lat}{$i}\n";
			#print "le count est $count{$lon}{$lat}{$i}\n";
			}
			#print "@line\n";
		}	
 
	} #end FDAT
	close (FDAT);
 
print FMOY "$pixel $Year ";
print FSD "$pixel $Year ";	
	## Calculs des moyennes et ecart type , puis impression
	for ($Year=1000;$Year<7000;$Year++) 
	{
		$moyx{$pixel}{$Total}{$Year}=$sumx{$pixel}{$Total}{$Year}/2;
		$var{$pixel}{$Total}{$Year}=($sumx2{$pixel}{$Total}{$Year} - (($sumx{$pixel}{$Total}{$Year}**2)/2))/1;
			if ($var{$pixel}{$Total}{$Year} < 0)
			{
			$sd{$pixel}{$Total}{$Year}= 0;
			}
			else 
			{
			$sd{$pixel}{$Total}{$Year}=sqrt($var{$pixel}{$Total}{$Year});
			}		
		printf FMOY "%2.3f", "$moyx{$pixel}{$Total}{$Year}";
		printf FSD "%2.3f", "$sd{$pixel}{$Total}{$Year}";
		print FMOY " ";
		print FSD " ";
	}	
 
print FMOY "\n";
print FSD "\n";
 
}#endfilelist
 
 
close (FMOY);
close (FSD);
print "TERMINE  \n";

les messages d'erreurs sont les suivants:

syntax error at ./essai_HASH_moy.pl line 67, near ")
{"
syntax error at ./essai_HASH_moy.pl line 71, near "++)
"
syntax error at ./essai_HASH_moy.pl line 83, near "}"
syntax error at ./essai_HASH_moy.pl line 110, near "}"
Execution of ./essai_HASH_moy.pl aborted due to compilation errors.

**Lolo78** · 23/03/2017, 18h49

Bonjour,

à vue de nez et sans tester, je vois au moins deux erreurs de code pouvant expliquer tes erreurs de compilation.

Il manque un point virgule à la fin de la ligne 62:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
$Total=$line[13]

(Note: il manque également un point-virgule à la fin de la ligne suivante, ce qui ne cause pas de problème tant qu'elle est en commentaire, mais en posera si tu décommentes.)

C'est certainement la cause de l'erreur de compilation indiquée en ligne 67 (et peut-être des erreurs suivantes, il faut déjà corriger cette erreur pour voir si les autres erreurs de syntaxe subsistent).

Autre chose, ta ligne 65:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
if ($pixel=1 && $pixel<3)

est certainement erronée car tu affectes la valeur 0 à $pixel au lieu de comparer $pixel à 0. L'opérateur de comparaison numérique est ==.

Cela dit, même en corrigeant cette erreur de syntaxe:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
if ($pixel == 1 && $pixel < 3)

je ne saisis pas la sémantique de ta comparaison: si $pixel est égal à 0, alors cette variable est sans aucun doute inférieure à 3. Autrement dit, le second test est inutile si $pixel est égal à 1, et ne sera même pas exécuté si $pixel est différent de 1.

**PLR74** · 24/03/2017, 09h11

Bonjour excusez-moi, l'ordinateur étant fixe sur mon lieu de travail je n'ai pu y retoucher hier soir,
en effet j'ai corrigé la faute, les messages d'erreurs ne s'affichent plus mais par contrer je crois que je fais buguer le système à cause de ce problème de 'pixel' justement...
Quand je fais tourner, il me dis en gros:
filin:lechemindufichier/nomdemonfichier1.txt
Processus Arrêté
.... et c'est tout...

En fait le but de

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if ($pixel=1 && $pixel<3)

(c'est sûrement mal fais car je dois l'utiliser à tort) c'est de dire:

"Je veux que tu ailles dans le fichier 1 à 2 (dans un premiers temps, dans un second temps je le ferai tourner sur mes 5085 fichiers), dans ces fichiers tu fais la moyenne des lignes commune à la variable 13 et tu me sors ça dansmon fichier externe "

Fichier1#######################Fichier2#####---- Jusqu'à 5085 ----->#####FichierExterne
(AFW_lai_1.txt)################(AFW_lai_2.txt)#####################(Essai_Moy_LAI_PLR.txt)

Year/////var13###########Year /////var13######################Year ///// var13 (moy)
1000/////75.6################1000/////67.3 #######################1000 /////(75.6+67.3+...)/5085
1001/////80.3################1001/////64.8 #######################1001 ///// .........................
1002/////79.4################1002/////65.1 #######################1002 ///// .........................
1003/////85.3################1003/////62.4 ####################### 1003///// .........................
1004/////74.6################1004/////58.3 ####################### 1004///// (74.6+58.3+...)/5085

Est-ce plus clair avec ce petit tableau?
Avez vous une solution simple à me proposer pour parvenir à cela? (en sachant que je ne fais du perl que depuis 3jours, un exemple concret serait plus efficace que des paroles malheureusement...

)

**PLR74** · 24/03/2017, 11h32

Bonjour, j'ai réussi à résoudre mon pb, voici le script correspondant

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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86
#!/usr/bin/perl
####################################################
#	Mise en memoire des sols		   #
####################################################
# NB We now retain the coordinates for future searches
$inpath = "/media/CBAE_HELY/PierreLouis/Donnees_brutes/LAI";#selon periode
$outpath="/media/CBAE_HELY/PierreLouis/Analyses";
##
 
$fileout = "$outpath/LAItot_par_an_global.txt";#fichier de sortie des moyennes    #selon periode
 
 
open(FOUT,">$fileout");
print FOUT "Year LAItotmoy LAItotsd\n";
 
 
for($pixel=1;$pixel<5086;$pixel++)
{
  $filein=$inpath.'/AFW_lai_'.$pixel.'.txt';
  open (FLAI, $filein) || die "$filein: $!\n";
$an=1;
  while (<FLAI>)
  {
	chomp;
	@rowLAI = split(/\s+/,$_);
	if (length($rowLAI[0])==0) { shift(@rowLAI); }
	#print "@rowsoil\n";
	$lonLAI[$pixel]=$rowLAI[0];
	$latLAI[$pixel]=$rowLAI[1];
	$YearLAI=$rowLAI[2];
	$totLAI=$rowLAI[13];
 
	if($YearLAI>999 && $YearLAI<7000){
	  $valtotLAI{$lonLAI[$pixel]}{$latLAI[$pixel]}{$an[$pixel]}=$totLAI;
	  $valtotLAI2{$an}{$pixel}=$totLAI;
	  #print "$pixel $lonLAI[$pixel] $latLAI[$pixel] $YearLAI $an $totLAI $valtotLAI{$lonLAI[$pixel]}{$latLAI[$pixel]}{$an[$pixel]} et $valtotLAI2{$an}{$pixel}\n";
	  $an++;
	  }
 
  }
  close(FLAI);
}
#print "$valtotLAI2{1}{1} $valtotLAI2{1}{2}\n";
 
$n =0;
@count=();
%seen = ();
 
%sumx = ();
%sumx2 = ();
 
for($an=1;$an<6001; $an++)
{
  for($pixel=1;$pixel<5086;$pixel++)
  {
  	$sumx{$an} += $valtotLAI2{$an}{$pixel};
	$sumx2{$an}  += $valtotLAI2{$an}{$pixel}**2;
	$count{$an}++;
	#print " l'annee i est $an, la valeur est $valtotLAI2{$an}{$pixel} et ";
	#print "la somme est $sumx{$an}\n";
	#print "le count est $count{$an}\n";
  }
  #print " l'annee $an, la somme est $sumx{$an} et le count est $count{$an}\n";
			#print "@line\n";
}
 
for($an=1;$an<6001; $an++)
{
  print FOUT "$an ";
	$moyx{$an}=$sumx{$an}/5085;
	$var{$an}=($sumx2{$an} - (($sumx{$an}**2)/5085))/5084;
	if ($var{$an} < 0){
		$sd{$an}= 0;
	}
	else {
		$sd{$an}=sqrt($var{$an});
	}		
	#print FOUT "$moyx{$an} $sd{$an}\n";
	printf FOUT "%2.2f %2.2f","$moyx{$an}" ,"$sd{$an}";
	print FOUT "\n";
 
 
}
 
close(FOUT);
print "terminé \n";

Merci pour votre aide malgré tout et à bientôt!

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