Discussion :

[TrafalgarD]

Bonjour,

je suis débutant en R,

Voila mon problème je souhaiterais récupérer un subset d'une matrice à partir d'un fichier qui se présente ainsi:

nt -500 -400 -300 ... 200 300
A x x x...
AC
AG
AT
C
...

voici le code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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tRNA_abu_top<-read.delim(file=mon_fichier, sep='\t', header=TRUE)
row.names(tRNA_abu_top) <- tRNA_abu_top$nt
tRNA_abu_top<-tRNA_abu_top[,2:10]
tRNA_abu_top.matrix<-data.matrix(tRNA_abu_top)

je souhaiterais récupérer un subset de ma matrice ou la 1ere colonne qui correspond aux "names" ait une longueur de 2 (soit nchar(tRNA_abu_top$nt) ==2) mais je n'arrives pas à trouver la syntaxe correcte...

Je n'ai pas réussi à trouver de solution à mon problème sur internet...

Merci à vous pour votre aide !!

Bonne journée

[DeepLearning]

Bonjour,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

tRNA_abu_top[nchar(tRNA_abu_top$nt) ==2,]

Est-ce ça que tu souhaites faire ?

[TrafalgarD]

oui c'est exactement ce que je souhaite faire mais cela ne fonctionne pas:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(gplots)
tRNA_abu_top<-read.delim(file='./mouse/mmu-miR-153-3p_selected_bedfiles/mmu-miR-153-3p_utr3_nt.tab', sep='\t', header=TRUE)
 
tRNA_abu_top<-tRNA_abu_top[,2:11]
row.names(tRNA_abu_top) <- tRNA_abu_top$nt
tRNA_abu_top.matrix<-data.matrix(tRNA_abu_top)
sous_matrice<-tRNA_abu_top[nchar(tRNA_abu_top$nt) ==2,]
print(sous_matrice)

la console me renvoie le message suivant

[1] X.500 X.400 X.300 X.200 X.100 X100 X200 X300 X400 X500
<0 rows> (or 0-length row.names)

[DeepLearning]

Essaye de lancer cette commande après avoir importé ta table. La fonction nchar() ne marche que sur les chaines de caractères. Ta variable nt est sûrement en factor

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

tRNA_abu_top$nt<-as.character(tRNA_abu_top$nt)

[TrafalgarD]

ok super merci pour l'aide !!

j'ai réussi comme ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(gplots)
tRNA_abu_top<-read.delim(file='./mouse/mmu-miR-153-3p_selected_bedfiles/mmu-miR-153-3p_utr3_nt.tab', sep='\t', header=TRUE)
 
row.names(tRNA_abu_top) <- tRNA_abu_top$nt
tRNA_abu_top$nt<-as.character(tRNA_abu_top$nt)
sous_matrice<-tRNA_abu_top[nchar(tRNA_abu_top$nt) ==2,]
sous_matrice
 
sous_matrice<-sous_matrice[,2:11]
 
tRNA_abu_top.matrix<-data.matrix(sous_matrice)
 
tRNA_abu_top.matrix

j'obtiens la matrice telle que je veux.

Maintenant désolé je voudrais quelque chose qui diffère de ma question de départ:

je souhaiterais créer une 2ème matrice qui va contenir toujours contenir les 10 colonnes de ma matrice de départ mais dont je vais sélection seulement 4 ligne puis je veux additionner toutes les lignes de chaque colonne de façon à obtenir un vecteur de 10 valeurs,

le problème étant que je ne sais pas comment obtenir la somme des lignes de ma matrice

ex:

nt -500 -400 -300 ... 200 300
A x x x...
AC
AG
AT
C

=> nt -500 -400 -300 ... 200 300
total x x x x x x

et enfin dernière étape je voudrais appliquer ce vecteur à la 1ere sous matrice que j'ai crée mais pas par multiplication mais par division (sois le produit matrice 1/vecteur... )

J'espère m'être suffisemment bien expliqué...

Encore merci pour votre aide !

[DeepLearning]

Tu peux obtenir facilement la somme des colonnes de ta matrice avec la fonction colSums() . Pour faire la somme des lignes, c'est rowSums(). Ce sont des fonctions de bases de R, une simple recherche de ta part aurait pu te permettre de trouver la solution.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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li=6
co=7
 
Matrice=matrix(sample(1:5,li*co,replace=TRUE),nrow=li,ncol=co)
 
> Matrice
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
[1,]    4    5    4    3    5    1    5
[2,]    1    5    2    2    2    3    1
[3,]    1    3    3    3    3    4    3
[4,]    4    1    4    5    4    4    1
[5,]    1    1    2    1    5    5    1
[6,]    5    5    4    1    1    5    4
 
#Tu isoles les lignes 2, 4, 5 et 6
ligne=c(2,4,5,6)
 
#Tu obtiens la somme des colonnes de ces 4 lignes
> colSums(Matrice[ligne,])
[1] 11 12 12  9 12 17  7