Bonjour,
Envoyé par
Matthieu76
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| # ...
* checking package dependencies ... ERROR
Package required but not available: 'Rcpp'
See section 'The DESCRIPTION file' in the 'Writing R Extensions'
manual.
* DONE
Status: 1 ERROR |
[...] Et j'ai bien mit Imports: Rcpp (>= 0.12.3) dans le fichier DESCRIPTION et import(Rcpp) dans le fichier NAMESPACE [...]
RShowDoc("R-exts"), pp. 104-5 :
5.4.2 Linking to native routines in other packages
A package that wishes to make use of header files in other packages needs to declare them as a comma-separated list in the field ‘LinkingTo’ in the DESCRIPTION file. This then arranges that the include directories in the installed linked-to packages are added to the include paths for C and C++ code. It must specify
4 ‘Imports’ or ‘Depends’ of those packages, for they have to be loaded
5 prior to this one (so the path to their compiled code has been registered).
_
4 whether or not ‘LinkingTo’ is used.
5 so there needs to be a corresponding import or importFrom entry in the NAMESPACE file.
Selon cet extrait, il vous manque
- dans DESCRIPTION, le champ LinkingTo: Rcpp ;
- dans NAMESPACE, une bonne spécification de ce dont vous avez besoin de Rcpp, en l’occurrence importFrom(Rcpp,sourceCpp).
Ces remarques seront valides seulement si les autres facettes de l'utilisation du C+++ dans un paquet sont bien gérées, notamment :
- la création sans erreur des fichiers RcppExports.cpp et RcppExports.R ;
- le cas échéant, une bonne gestion de l'export des membres définis en C++ ;
- .onUnload, etc.
Si vous ne l'utilisez déjà, devtools est un outil impeccable pour automatiser ce genre de tâches. Le paquet va bien avec le bouquin de son mainteneur.
Ici-bas, un exemple d'un paquet écrit à l'arrache à l'aide de devtools.
Je signale d'emblée que je n'ai pas testé s'il n'y a pas de souci avec Windows : sessionInfo()R version 3.2.4 Revised (2016-03-16 r70336)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: Fedora 23 (Workstation Edition)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
ls ./ && printf "\n*****\n\n" && cat DESCRIPTION && printf "\n*****\n\n" && cat NAMESPACE
DESCRIPTION LICENSE man NAMESPACE R src
*****
Package: ExempleCpp
Title: Call C++ Code From Within R Code
Version: 1.0-0
Authors@R: person(
given = "Foo", family = "Bar", email = "foo.bar@woe.com",
role = c("aut", "cre"))
Description: How to easily use C++ Inside R.
Depends:
R (>= 2.14)
License: BSD_3_clause + file LICENSE
LazyData: true
Encoding: UTF-8
Type: Package
Date: Monday 28 March 2016
LinkingTo: Rcpp
Imports:
Rcpp
Collate:
'RcppExports.R'
'zzz.R'
'foo.R'
'packDoc.R'
RoxygenNote: 5.0.1
*****
# Generated by roxygen2: do not edit by hand
export(makeUsageOfIt)
export(timesTwo)
importFrom(Rcpp,sourceCpp)
useDynLib(ExempleCpp)
Parmi les fichiers se trouvant dans le répertoire src, le seul que j'ai manuellement édité est times_two.cpp ; il contient ceci :
ls src/ && printf "\n*****\n\n" && cat src/times_two.cpp
ExempleCpp.so RcppExports.cpp RcppExports.o times_two.cpp times_two.o
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| //' Multiply a number by two
//'
//' This is a simple example of ...
//'
//' @param x a single integer
//'
//' @export
//'
// [[Rcpp::export]]
NumericVector timesTwo(NumericVector x) {
return x * 2;
} |
J'ai mis en attachement le contenu du répertoire R dont le fichier RcppExports.R est généré automatiquement.
foo.R packDoc.R RcppExports.R zzz.R
Lorsque cette hiérarchie de fichiers/dossiers est mise en place, check dira quelque chose du genre :
[...]
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking line endings in C/C++/Fortran sources/headers ... OK
* checking compiled code ... OK
* checking examples ... NONE
* checking PDF version of manual ... OK
* DONE
Status: OK
Package required but not available: 'Rcpp'
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