Discussion :

[pontarose]

Bonjour,

J'ai 2 fichiers.
Je voudrais stocker mes valeurs dans un tableau multidimensionnel

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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fichier 1
item1 2 8
item2 3 6

tab[ligne1][colonne1]= 2
tab[ligne1][colonne2]= 8
tab[ligne2][colonne1]= 3
tab[ligne2][colonne2]= 6

fichier 2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
>reference
catgtgcgtctatgcatgcagt

Je voudrais stocker également ces deux valeurs dans un tableau.
tab2[refernce]=catgtgcgtctatgcatgcagt


Pour enfin parcourir mes 2 tableaux et extraire l'information qui m'interesse.
parcourir tab
parcourir tab2

Merci par avance

[N_BaH]

Bonjour,

awk fait ça très bien, "nativement".
cf. GNU Awk Manual User's Guide

[pontarose]

Merci de votre réponse.


J'ai lu lelien mais je n'arrive toujours pas à comprendre!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while read nom deb fin
do
echo "$nomseq" "$start" "$stop"
 
declare -A tableau
 
   tableau[lin_1,col_1]=$nomseq
   tableau[lin_2,col_2]=$start
   tableau[lin_3,col_3]=$stop
 
done < fichier1

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while read nom sequence
do
echo $nom
echo $sequence
tabl[$nom]=[$sequence]
done <fihcier2

#parcours des 2 fichiers

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i in "tableau[@]"
do
echo "ligne: $l ; colonne:$tableau["$l","$c"]"";
done
for (name in tabl) {
       print "Nom : " name " | Home : " tabl[name]
}
#calcul

Je n'arrive pas à afficher tous les éléments de mon tableau

[N_BaH]

Attention, tu mélanges les syntaxes bash et awk; ça va pas le faire !

à ta place, je ferais tout en awk, ça risque de vite tourner à l'usine à gaz en bash !
les tableaux associatifs sont hashés, ils ne seront pas affichés dans l'ordre.
il existe en gawk des fonctions de tri des tableaux, qui permettront de les restituer dans un ordre donné, pas en bash.

[pontarose]

Je ne comprends pas ce qui ne va pas dans mon script!
je ne comprends pas comment construire un tableau multidimensionnel avec cette histoire SUBSEP is "@"

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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BEGIN{FS="\t"}
 {
for (i=1;i<NF;i++)
tab[$1,$2]=$3
}
END {
#affichage
for (x = 1; x <= NF; x++) 
{for (y = NR; y <= 1; y++)
               print (tab[x, y])
          print("\n")
     }
}

#fichier 2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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BEGIN{FS="\t"}
{
for (i=1;i<NF;i++) 
tab2[$1]=$2
}
END {
    for (mot in tab2)
            print  mot, tab2[mot]
}

je ne demande pas la réponse mais si vous pouviez m'expliquer car j'ai beau lire mais je ne pense pas avoir compris

[N_BaH]

t'étais pas loin.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat fichier1 
item1 2 8
item2 3 6

en gros :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ awk '{for (i=1;i<=NF;i++){ar[NR][++c]=$i}};END{for(i in ar){for(y in ar[i])printf("%s\t",ar[i][y]); print ""}}' fichier1 
item1   2       8
item2   3       6

le deuxième fichier peut être traité en bash (sauf l'ordre).
mais les deux tableaux n'existant pas dans le même contexte ne pourront interagir l'un avec l'autre.

ça vaudrait le coup que, en situation, tu nous montres ce que tu veux faire.

[Flodelarab]

Bonjour

Je surligne:
Quel est le vrai but final ?

[pontarose]

Merci et c'est plus clair pour moi aussi


Je veux à partir des positions contenu dans mon fichier 1,
extraire l'information contenu dans mon fichier 2

Au final je veux avoir pour final.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#item1
lelionestmortcesoir
#item2
ouijenesiasquefaire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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BEGIN{FS="\t";}
{
{ print $2,$3,$1} # juste pour vérification
{ if($0 ~/^>/) print $0; else{print substr($0,$2,$3) "fichier2.txt" }} > "final.txt"
}

Ce que je ne sais pas faire c'est comment indiquer mon fichier2.txt dans mon script pour qu'il soit pris en compte!!

[pontarose]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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BEGIN{FS="\t";}
{
{ print $2,$3,$1} # juste pour vérification
getline < "fichier2.txt"
{ if($0 ~/^>/) print $0; else{print substr($0,$2,$3) }} 
}

getline me permet de traiter le fichier2.txt mais ne prend pas en compte ce qui est dans le else!
Je bloque

[N_BaH]

mais il sort d'où ce lion ?

on a le fichier de sortie...
on veut aussi les fichiers en entrée !
ET une explication des transformations effectuées.

[pontarose]

Désolé

fichier1.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
item1 14 19
item2 33 20

fichier2.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ytyzgvhzcvghdlelionestmortcesoirjuhnciauhckjndvjskcnouijenesiasquefairegtygavczhsx

final.txt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#item1
lelionestmortcesoir
#item2
ouijenesiasquefaire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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BEGIN{FS="\t"; OFS="\n"}  
{
	for (i=1;i<=NF;i++)
	{
		ar[NR][++c]=$i
	}
};
END{
for(i in ar)
	{
		for(y in ar[i])
		printf("%s\t",ar[i][y]); print ""
 
		getline < "fichier2.txt"
		info=substr($0,ar[i][2],ar[i][3])  #il faut qu'il prenne le $0 du fichier2.txt!
                print ">"ar[i][1],$info
	}
}

[N_BaH]

ton raisonnement est erroné.

je te propose une solution, qui ne fonctionne pas complètement parce que les références fournies sont fausses :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat fichier1
item1 14 19
item2 33 20
$ cat fichier2
ytyzgvhzcvghdlelionestmortcesoirjuhnciauhckjndvjskcnouijenesiasquefairegtygavczhsx

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ awk 'FNR==NR{bornes[$1]=$2","$3;next}{for(i in bornes){split(bornes[i],a,","); print i"\n"substr($0,a[1],a[2])}}' fichier1 fichier2
item1
lelionestmortcesoir
item2
juhnciauhckjndvjskcn

[disedorgue]

Bonjour,

Voici le script corrigé (par contre ton fichier1.txt pour le deuxieme item n'est pas bon) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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FNR == NR {
        for (i=1;i<=NF;i++)
        {
                ar[NR][i]=$i
        }
        next
};
{for(i in ar)
        {
                for(y in ar[i])
                printf("%s\t",ar[i][y]); print ""
 
                info=substr($0,ar[i][2],ar[i][3])  #il faut qu'il prenne le $0 du fichier2.txt!
                print ">"ar[i][1],info
        }
}

et celui-ci s'execute:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ awk -f script.awk fichier1.txt fichier2.txt
item1   14      19
>item1 lelionestmortcesoir
item2   33      20
>item2 juhnciauhckjndvjskcn

[Flodelarab]

Autre façon de faire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ awk 'FNR==NR{debut[$1]=$2;long[$1]=$3;next;} {for (i in debut) {print "#"i; print substr($0,debut[i],long[i]);} }' fichier1 fichier2
#item1
lelionestmortcesoir
#item2
juhnciauhckjndvjskcn

[pontarose]

Merci @N_BaH, @disedorgue et @Flodelarab

Oui mes références sont fausses N_BaH (item2 53 19)

J'ai une question
Pourquoi mettre FNR==NR ; je ne vois pas bien à quoi cela correspond. Mes 2 fichiers ont un nombre de lignes différentes

[Flodelarab]

Tu as 2 fichiers en entrée. Mais tu pourrais en avoir 36.
Le premier fichier ne subit pas le même traitement que les suivants.
Donc pour le premier FNR==NR; alors que pour les autres non.

Et le mot clé "next" empêche le deuxième bloc de s'exécuter pour le premier fichier.

En conclusion, le premier fichier subit le premier bloc d'instruction et les autres fichiers, le second bloc d'instructions. C'est une "astuce" classique pour awk.

[disedorgue]

Juste pour le fun, via bash avec tableau associatif:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ unset items ordres
$ declare -A items ; declare -a ordres
$ while read x y z; do items["$x"]="$y $z" ; ordres+=( "$x" ); done <fichier1.txt
$ while read; do for i in "${!ordres[@]}"; do read A B <<<"${items[${ordres[$i]}]}" ; echo -e "${ordres[$i]}\n${REPLY:A-1:B}"; done; done <fichier2.txt
item1
lelionestmortcesoir
item2
juhnciauhckjndvjskcn

[N_BaH]

Pourquoi mettre FNR==NR ; je ne vois pas bien à quoi cela correspond. Mes 2 fichiers ont un nombre de lignes différentes

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ awk 'BEGIN{print "FNR NR FILENAME"}{print FNR,NR,FILENAME}' ./fichier1 ./fichier2
FNR NR FILENAME
1 1 ./fichier1
2 2 ./fichier1
1 3 ./fichier2