Discussion :

[Tuan LE]

Bonjour a tous,

Je suis LE Tuan, etudiant en 3e anne de these a LISBP, INSA Toulouse, France (http://www.lisbp.fr/en/index.html).

Actuellement j'utilise ImageJ pour analyser les particules observees par le microscope. Sur les image des bacteries observees sur microscope fluorescence, le Fit elipse marche bien, Minor, Major representent les longueur et largeur des mes cellules.
Pourtant, l'option Fit Elipse me parait pas du tout efficace sur les suspensions des fibres cellulosiques (photo ci-dessous). Les Major et Minor calcules par le logiciels me presentent aucune sens.
https://drive.google.com/file/d/0B7p...ew?usp=sharing
Comme le logiciel est capable de calculer l'angle de l'axe majeur (option Fit elipse), j'ai également essaye a faire une rotation de particules, angle de rotation = 90°-angle calculee par ImageJ puis appliquer un Bounding rectangle pour obtenir les longueurs des axes majeur + mineur de la particules. Les chiffres (Height et Width) sont correct mais je ne peux pas faire manuellement la rotation puis le calcul sur 10000+ particules. Je ne sais pas s'il existe d'autre option dans ImageJ pour calculer les vraies longueurs de l'axe majeur et mineur de mes particules.


Merci par avance

Tuan LE

[ToTo13]

Dans ce cas là, ce que tu souhaites serait plutôt le diamètre géodésique ainsi que la tortuosité.
Malheureusement, je ne pense pas que cela existe dans ImageJ.

[Kangourou]

salut,

tu peux chercher du côté des diamètres de Feret. Par défaut, ImageJ permet d'avoir le diamètre de Feret maximum, à voir si des plugins existent pour le diamètre minimum, voire la boite orientée englobante orientée.

Sinon c'est vrai que le diamètre géodésique peut être une bonne idée. J'avais écrit un plugin pour ça, il est dispo à cette adresse : http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?...istances:start, ou alors en téléchargeant la bibliothèque MorphoLibJ auquel il est maintenant intégré.

A+

[Tuan LE]

Bonjour a tous,

D'abord, merci bien pour vos réponses.

Ce que je veux: les longueur et largeur suite a cette définition (image dans le lien) https://drive.google.com/file/d/0B7p...ew?usp=sharing ,qui (je suppose) sont équivalent aux longueur du trajet de géodésique le plus long au sein d'une particule

J'ai essaye le plugin MorphoLibJ ce matin et voila ce que j'ai obtenu sur 1 particule https://drive.google.com/file/d/0B7p...ew?usp=sharing
Les coordonnes (X,Y) des 2 extrémités donnes par ce plugin me permet de calculer la Longueur géodésique. Le chiffre obtenu sont tout a fait cohérence avec la Longueur dans la définition en haut

Mes questions sont
1. Est ce qu'il est possible de lancer l'analyse de Geodesic Diameter sur seulement les particules dans mon ROI manager et comment je peux le faire?
2. Il me reste a calculer la largeur selon la définition, avez vous quelques idées ?

Bonne journée

[Tuan LE]

Et j'ai oublie de vous demander ou est ce que je peux trouver les explications sur les options Chessboard (1,1), City-Block (1,2), .... apparu dans Distances de Geodesic Diameter

Merci

[ToTo13]

Le trait rouge dans le deuxième image représente le diamètre euclidien, pas géodésique.
Ca c'est un chemin géodésique.
Et ça c'est un diamètre géodésique. La particularité c'est qu'il doit rester dans la forme.

Pour ta deuxième question, c'est en fait les différent types de distances:
- chessboard
- City block

[Tuan LE]

Bonsoir ToTo,

Ta reponse m'eclaire beaucoup sur les définitions de distance
Dans mon image (https://drive.google.com/file/d/0B7p...RvTG43Wkk/view), j'ai laisse par défaut l'option Chessknight (5,7,11). Je ne comprends pas cela signifie quoi ce type de distance.
Et peux-tu me donner également les explications pour Weight(2,3) et Weight(5,7) stp?

J'ai également tester tous les types de distances parait dans le list de MorphoLibJ mais aucune entre eux me donne un truc qui reste dans la forme comme illustre dans ton image. Peux tu me montrer a sur maparticule stp, scale 1pixel = 0.4452µm

Merci et bonne soirée
Tuan

[ToTo13]

Malheureusement je ne connais pas cette libraire.
ChessNight(5,7,11) ressemble au vecteur générateur d'une distance de chamfrein, les numéros étant les poids.
Si la distance ne reste pas dans ta forme, il y a plusieurs possibilités :
- Il faut un masque pour calculer la distance et ainsi l'empêcher de sortir de la forme.
- Il y a une valeur interdite (background) à utiliser pour aussi forcer la distance à ne pas sortir de la forme
- La méthode que tu utilises est une simple carte de distance et n'a rien de géodésique.

[Kangourou]

Bonjour,

pour préciser un peu les choses, le plugin "geodesic diameter" de la bibliothèque MorphoLibJ calcule un diamètre géodésique en utilisant la propagation d'une distance de chanfrein dans une particule binaire (ou étiquetée). Il s'agit bien d'une distance géodésique (enfin, approchée, et en faisant quelques hypothèses pour réduire la complexité de l'algorithme...).
Par contre, pour l'affichage, le plugin n'affiche pas le chemin géodésique, mais un simple segment entre les deux extrémités géodésiques qui ont été détectées (ça fait partie des choses qui sont dans la todo-list depuis un peu trop longtemps...). Donc pas de panique à avoir, même si ce n'est pas très intuitif Attention, la distance entre les points (x1,y1) et (x2,y2) ne correspond pas au diamètre géodésique obtenu ! Elle est en général plus petite (parfois égale pour des objets convexes).

Toto13: je suis retombé sur les codes que tu avais postés dans la rubrique "contribuez". Ca a l'air très similaire... Mais ca m'a l'air plus proche de la "vraie" distance géodésique. Tu n'avais pas les versions pour ImageJ par hasard ?


Tuan Le: Pour les distances, l'idée est de considérer un poids pour les pixels orthogonaux, un poid plus important pour les pixels diagonaux, et éventuellement un poids encore plus important pour les pixels situés à un "saut de cavalier" du point de départ. Il y a plus d'explications en regardant les publication de Borgefors (ou sur cette page). Les poids (5,7,11) donnent en général de bonnes approximations.

Pour l'épaisseur, ça dépend un peu de ce qui est recherché :

• on peut utiliser le diamètre minimum de Feret (la largeur de la boite orientée sur la particule)
• ou alors l'épaisseur moyenne de la particule (idée : extraire le squelette, extraire la carte des distances, et combiner squelette et carte des distances pour mesurer la distance moyenne le long du squelette.
• ou sinon le diamètre du plus grand cercle inscriptible dans la particule (c'est la colonne "radius" dans le tableau que tu as montré).

Et enfin non, pas possible pour le moment de ne calculer diamètre géodésique que pour les particules dans le ROI Manager... peut etre dans une version future...


A++

[ToTo13]

Donc j'avais juste pour le ChessNight(5,7,11), cela fait bien parti d'une distance de chamfrein.

@Kangourou : effectivement c'est un TRES vieux code PAS optimisé. J'ai tout refait depuis, mais rien pour ImageJ, car je ne me sers d'ImageJ QUE pour l'affichage. Et comme désormais je travaille pour une université américaine, je ne peux pas partager de code.