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Shell et commandes GNU Discussion :

Utilisation de grep non orthodoxe ?


Sujet :

Shell et commandes GNU

Vue hybride

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  1. #1
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    Par défaut Utilisation de grep non orthodoxe ?
    Bonjour, Actuellement je fais un petit script pour ne pas m'embeter a faire l'analyse a la main sur 13000 fichiers ( ca se comprend )

    Le principe est assez simple, pour l'instant je regarde le temps de calcul de chaque simulation que je veux optimiser pour obtenir un temps de calcul plus ou moins equivalant.

    Le script que j'ai cree est le suivant :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    OTP=/scratch/theoric2/werner/public/outp
    REP1=/users/theoric/sophys/EPOS/Check/gg2mw24a
    REP2=/users/theoric/sophys/EPOS/Check/gg2mw24b
     
    NMF=12782
     
    ###################################################################
     
                           #files in gg2mw24a
     
    ###################################################################
     
    if [ ! -d $CHK/gg2mw24a ]; then cd $CHK ; mkdir gg2mw24a; fi
     
    cd $OTP/gg2mw24a/1
     
    echo "##########################################################################" > $REP1/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP1/users_time.txt
    echo "                               file gg2mw24a/1                            " >> $REP1/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP1/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP1/users_time.txt
    echo "" >> $REP1/users_time.txt
     
    for i in `seq 1 10000`; do
      if [ -f $OTP/gg2mw24a/1/z-gg2mw24a-$i.oxx ]; then
        echo "$i,`grep user z-gg2mw24a-$i.oxx` " >> $REP1/users_time.txt
        if [ `${MTH}mod $i 20` -eq 0 ]; then
          echo " " >> $REP1/users_time.txt
        fi
      else
        if [ `${MTH}mod $i 20` -eq 0 ]; then
          echo " " >> $REP1/users_time.txt
        fi
      fi
    done
     
     
    cd $OTP/gg2mw24a/2
     
    echo "" >> $REP1/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP1/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP1/users_time.txt
    echo "                               file gg2mw24a/2                            " >> $REP1/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP1/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP1/users_time.txt
    echo "" >> $REP1/users_time.txt
     
    for i in `seq 10000 $NMF`; do
      if [ -f $OTP/gg2mw24a/2/z-gg2mw24a-$i.oxx ]; then
        echo "$i,`grep user z-gg2mw24a-$i.oxx` " >> $REP1/users_time.txt
        if [ `${MTH}mod $i 20` -eq 0 ]; then
          echo " " >> $REP1/users_time.txt
        fi
      else
        if [ `${MTH}mod $i 20` -eq 0 ]; then
          echo " " >> $REP1/users_time.txt
        fi
      fi
    done
     
    ###############################################################
     
                        #files in gg2mw24b
     
    ###############################################################
     
    if [ ! -d $CHK/gg2mw24b ]; then cd $CHK ; mkdir gg2mw24b; fi
     
    cd $OTP/gg2mw24b/1
     
    echo "##########################################################################" > $REP2/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP2/users_time.txt
    echo "                               file gg2mw24b/1                            " >> $REP2/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP2/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP2/users_time.txt
    echo "" >> $REP2/users_time.txt
     
    for i in `seq 1 10000`; do
      if [ -f $OTP/gg2mw24b/1/z-gg2mw24b-$i.oxx ]; then
        echo "$i,`grep user z-gg2mw24b-$i.oxx` " >> $REP2/users_time.txt
        if [ `${MTH}mod $i 20` -eq 0 ]; then
          echo " " >> $REP2/users_time.txt
        fi
      else
        if [ `${MTH}mod $i 20` -eq 0 ]; then
          echo " " >> $REP2/users_time.txt
        fi
      fi
    done
     
    cd $OTP/gg2mw24b/2
     
    echo "" >> $REP2/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP2/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP2/users_time.txt
    echo "                               file gg2mw24b/2                            " >> $REP2/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP2/users_time.txt
    echo "##########################################################################" >> $REP2/users_time.txt
    echo "" >> $REP2/users_time.txt
     
    for i in `seq 10000 $NMF`; do
      if [ -f $OTP/gg2mw24b/2/z-gg2mw24b-$i.oxx ]; then
        echo "$i,`grep user z-gg2mw24b-$i.oxx` " >> $REP2/users_time.txt
        if [ `${MTH}mod $i 20` -eq 0 ]; then
          echo " " >> $REP2/users_time.txt
        fi
      else
        if [ `${MTH}mod $i 20` -eq 0 ]; then
          echo " " >> $REP2/users_time.txt
        fi
      fi
    done
     
    echo " Job Finished "
    Donc la j'ai la chose que je recherche a la base, donc mes temps de calculs qui sont sur la meme ligne que user (grep user blabla)

    Mais maintenant tout se complique, j'aimerais prendre les nombres juste apres le user (dans chaque fichier) et les divise par un autre nombre qui est le premier des temps de user.

    En gros ce que j'aimerais faire est de faire un grep qui pourrait me permettre de prendre ce qu'il y a sur la ligne APRES ce que j'ai mis dans grep.

    J'ai recherche pendant une petite heure sur la toile et rien ne m'est apparu ...

    Help ????

  2. #2
    Modérateur
    Avatar de N_BaH
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    Bonjour,


    ¿ un petit exemple, pour qu'on se fasse une image du truc, stp ?

    les données que tu veux sont déjà extraites dans le fichier users_time.txt, non ?

    pourquoi faire une boucle jusquà 10000 ? tu ne veux traîter que les 10000 premiers fichiers de chaque répertoire ?
    s'il y en a plus ? s'il y en a moins ???

    c'est quoi $CHK ? et $MTH ?


    ps:
    les noms de variables tout en majuscules sont, par convention, réservés aux variables d'environnement.
    N'oubliez pas de consulter les cours shell, la FAQ, et les pages man.

  3. #3
    Expert confirmé Avatar de Flodelarab
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    Bonjour

    J'ai recherche pendant une petite heure sur la toile et rien ne m'est apparu ...
    Rien ne t'est apparu car quand on cherche à transformer un fichier texte en un autre fichier texte, on ne fait pas un script long et douloureux.
    On écrit un script awk.

    Donc, pour ton grep sur la ligne suivante, la réponse est probablement awk.

    Mais comme ta question n'est pas compréhensible, on ne peut pas dire plus.

    Peux-tu donner un exemple d'entrée et de sortie attendue ?

  4. #4
    Membre confirmé
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    Par défaut
    J'ai des variables MTH et CHK qui sont des répertoires de mon .cshrc
    Le code que j'ai actuellement fonctionne parfaitement et fait ce que je demande, c'est pour faire une chose en plus que je pose la question

    Donc ce que je fais :

    Je vais dans un répertoire où il y a 10 000 fichiers, je veux prendre que le temps qui est une seule ligne pour chaque fichier et les comparer les uns avec les autres sachant qu'il y a une histoire que certaines simus ne se font pas etc et j'ai besoin de paquet de mod 20, je m'explique, je fais 13 000 simus du fichier gg2mw24a(b ou c) et on me ressort les fichiers de sortie.

    Je répète, il n'y a que 10 000 fichiers, je suis sur que j'aurais pu faire un truc du style 'grep user *' mqis si je faisais ça je perdais mes opérations de modulo et mes echo en paquet que je recherche (voir plus tard).

    Dans ceux de sortie on cherche à optimiser le temps et pour cela on utilise quelques facteurs qui n'ont rien à voir avec cela. Pour ne pas regarder tous les fichiers indépendamment et noter le temps, je fais ce script.

    Alors j'ai quatre grands répertoires :

    /scratch/.../gg2mw24a/1 où il y a les fichiers de sorties pour les simus 1 à 10 000 pour le fichier gg2mw24a
    /scratch/.../gg2mw24a/2 où il y a les fichiers de sorties pour les simus 1 à 10 000 pour le fichier gg2mw24a

    /scratch/.../gg2mw24b/1 où il y a les fichiers de sorties pour les simus 1 à 10 000 pour le fichier gg2mw24b
    /scratch/.../gg2mw24b/2 où il y a les fichiers de sorties pour les simus 10 000 à NMF pour le fichier gg2mw24b

    Donc j'ai fais mon modulo, patati, j'ai fais la condition d'avoir le dossier qui existe bien, blablabla et là j'ai les résultats que je veux sur mon fichier de sortie : par exemple :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    3,user    795m33.434s
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    6,user    648m15.075s
    7,user    1336m8.336s
    8,user    1153m3.206s
    9,user    1120m38.669s
    10,user    874m49.472s
    11,user    672m2.152s
    12,user    533m46.806s
    13,user    402m31.044s
    14,user    355m49.103s
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    16,user    278m43.607s
    17,user    229m14.729s
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    83,user    746m24.226s
    84,user    693m6.313s
    85,user    572m25.106s
    86,user    652m27.151s
    87,user    1241m59.123s
    88,user    942m26.689s
    89,user    813m28.660s
    90,user    930m28.494s
    91,user    612m53.922s
    92,user    441m47.159s
    93,user    399m26.484s
    94,user    281m15.800s
     
    101,user    436m53.850s
    102,user    417m34.804s
     
    121,user    405m14.221s
    122,user    398m49.097s
    123,user    808m45.364s
    124,user    758m24.347s
    125,user    635m4.288s
    126,user    651m2.038s
     
    141,user    427m10.846s
    142,user    398m54.005s
     
    161,user    394m31.727s
    162,user    419m54.167s
    163,user    800m30.880s
    164,user    741m45.803s
    165,user    698m30.307s
    166,user    638m31.360s
    167,user    1112m40.051s
    168,user    1108m25.257s
    169,user    979m58.741s
    170,user    935m38.844s
    171,user    723m32.167s
    172,user    552m43.717s
    173,user    440m28.984s
    174,user    382m22.654s
    175,user    466m42.142s
    176,user    232m33.535s
    177,user    60m19.799s
    178,user    58m7.907s
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    180,user    2m42.144s
     
    181,user    457m23.835s
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    201,user    516m13.047s
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    221,user    440m5.894s
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    241,user    473m42.514s
    242,user    419m13.096s
    243,user    816m0.054s
    244,user    751m36.012s
    245,user    716m48.736s
    246,user    651m44.891s
    247,user    1267m54.298s
    248,user    914m3.733s
    249,user    1145m31.044s
    250,user    907m7.768s
    251,user    682m41.671s
    252,user    471m44.448s
    253,user    458m46.957s
    254,user    304m49.260s
     
    261,user    478m29.105s
    262,user    393m38.322s
     
    281,user    499m0.165s
    282,user    442m56.582s
    283,user    742m7.921s
    284,user    780m2.346s
    285,user    697m4.752s
    286,user    651m21.350s
     
    301,user    448m53.609s
    302,user    355m53.186s
     
    321,user    412m30.405s
    322,user    407m50.339s
    323,user    814m46.176s
    324,user    726m14.015s
    325,user    647m56.102s
    326,user    661m54.725s
    327,user    1255m31.822s
    328,user    993m31.424s
    329,user    859m34.905s
    330,user    766m52.151s
    331,user    772m49.869s
    332,user    488m17.461s
    333,user    408m22.829s
    334,user    265m7.666s
    335,user    459m6.180s
    336,user    230m46.553s
    337,user    170m39.047s
    338,user    82m56.983s
    339,user    45m37.606s
    340,user    3m25.669s
     
    341,user    455m13.810s
    342,user    395m42.572s
    à chaque fois j'ai le numéro du fichier, et la ligne où il y a user qui sont dans mes fichiers user_time.txt exactement.

    Tout cela fonctionne et j'ai ce qu'il faut, comme je veux, tout le monde est content.

    Maintenant je veux faire une moyenne et diviser les nombres et juste les nombres que j'ai trouvé avec le grep, mais avec le grep bah j'ai les caractères "user" etc ...

    Comment je peux faire pour n'avoir que les nombres derrière les "user" en utilisant grep ou autre chose ?

    Après j'aimerais bien faire des trucs du style :

    j pour le paquet suivant la dernière colonne :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    7
     
    281,user    499m0.165s    499m0.165s/499m0.165s
    282,user    442m56.582s  442m56.582s/499m0.165s
    283,user    742m7.921s   742m7.921s/499m0.165s
    284,user    780m2.346s
    285,user    697m4.752s
    286,user    651m21.350s
    Du coup là je prendrais que les minutes pour ne pas faire compliqué (si possible) parce qu'il reste toujours les caractères m et s ....

    Enfin faire vite fait un truc moyenné avec la valeur du premier paquet pour pouvoir voir la différence de temps sur TOUTE mes simulations.

    J'espère que vous pourrez mieux comprendre et du coup m'aider

  5. #5
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    comme cela a été dit, quand tu te dis : « je voudrais faire un grep ET après je voudrais faire autre chose avec ce qui a été récupéré »
    il faut passer à un vrai langage : awk, perl, python...

    gawk fonctionne bien avec les regex , peut opérer de nombreuses transformations et de nombreux calculs, et est facile à utiliser pourvu que ton algorithme soit clair.
    tu devrais pouvoir tout faire ± à la volée, sans nécessiter des fichiers temporaires.


    ps:
    J'ai des variables MTH et CHK qui sont des répertoires de mon .cshrc
    je ne compterais pas sur des variables exportées depuis mon .shellrc : tous mes scripts doivent pouvoir être exécutés de manière totalement indépendante, quel que soit le contexte d'exécution (autre utilisateur, cron, cgi...).
    N'oubliez pas de consulter les cours shell, la FAQ, et les pages man.

  6. #6
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    Bonjour,

    Pas sur d'avoir tout compris, mais voila un résultat selon le fichier exemple que tu as donné que j'appelerais aaa.txt:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    $ awk 'FNR < 7 || /^ *$/ {X=0;print;next};X == 0 { Y=$2 ;sub(/m.*/,"",Y) ; X=1}{sub(/m.*/,"",$2);print $1,$2"/"Y"=>"$2/Y}' aaa.txt
    ##########################################################################
    ##########################################################################
                                   file gg2mw24b/1
    ##########################################################################
    ##########################################################################
     
    1,user 476/476=>1
    2,user 365/476=>0.766807
    3,user 795/476=>1.67017
    4,user 744/476=>1.56303
    5,user 713/476=>1.4979
    6,user 648/476=>1.36134
    7,user 1336/476=>2.80672
    8,user 1153/476=>2.42227
    9,user 1120/476=>2.35294
    10,user 874/476=>1.83613
    11,user 672/476=>1.41176
    12,user 533/476=>1.11975
    13,user 402/476=>0.844538
    14,user 355/476=>0.745798
    15,user 433/476=>0.909664
    16,user 278/476=>0.584034
    17,user 229/476=>0.481092
    18,user 98/476=>0.205882
    19,user 24/476=>0.0504202
    20,user 29/476=>0.0609244
     
    21,user 473/473=>1
    22,user 426/473=>0.900634
     
    41,user 456/456=>1
    42,user 417/456=>0.914474
    44,user 764/456=>1.67544
    45,user 697/456=>1.52851
    46,user 667/456=>1.46272
     
    61,user 460/460=>1
    62,user 359/460=>0.780435
     
    81,user 440/440=>1
    82,user 431/440=>0.979545
    83,user 746/440=>1.69545
    84,user 693/440=>1.575
    85,user 572/440=>1.3
    86,user 652/440=>1.48182
    87,user 1241/440=>2.82045
    88,user 942/440=>2.14091
    89,user 813/440=>1.84773
    90,user 930/440=>2.11364
    91,user 612/440=>1.39091
    92,user 441/440=>1.00227
    93,user 399/440=>0.906818
    94,user 281/440=>0.638636
     
    101,user 436/436=>1
    102,user 417/436=>0.956422
     
    121,user 405/405=>1
    122,user 398/405=>0.982716
    123,user 808/405=>1.99506
    124,user 758/405=>1.8716
    125,user 635/405=>1.5679
    126,user 651/405=>1.60741
     
    141,user 427/427=>1
    142,user 398/427=>0.932084
     
    161,user 394/394=>1
    162,user 419/394=>1.06345
    163,user 800/394=>2.03046
    164,user 741/394=>1.88071
    165,user 698/394=>1.77157
    166,user 638/394=>1.61929
    167,user 1112/394=>2.82234
    168,user 1108/394=>2.81218
    169,user 979/394=>2.48477
    170,user 935/394=>2.3731
    171,user 723/394=>1.83503
    172,user 552/394=>1.40102
    173,user 440/394=>1.11675
    174,user 382/394=>0.969543
    175,user 466/394=>1.18274
    176,user 232/394=>0.588832
    177,user 60/394=>0.152284
    178,user 58/394=>0.147208
    179,user 49/394=>0.124365
    180,user 2/394=>0.00507614
     
    181,user 457/457=>1
    182,user 416/457=>0.910284
     
    201,user 516/516=>1
    202,user 430/516=>0.833333
    203,user 791/516=>1.53295
    204,user 734/516=>1.42248
    205,user 635/516=>1.23062
    206,user 556/516=>1.07752
     
    221,user 440/440=>1
    222,user 431/440=>0.979545
     
    241,user 473/473=>1
    242,user 419/473=>0.885835
    243,user 816/473=>1.72516
    244,user 751/473=>1.58774
    245,user 716/473=>1.51374
    246,user 651/473=>1.37632
    247,user 1267/473=>2.67865
    248,user 914/473=>1.93235
    249,user 1145/473=>2.42072
    250,user 907/473=>1.91755
    251,user 682/473=>1.44186
    252,user 471/473=>0.995772
    253,user 458/473=>0.968288
    254,user 304/473=>0.642706
     
    261,user 478/478=>1
    262,user 393/478=>0.822176
     
    281,user 499/499=>1
    282,user 442/499=>0.885772
    283,user 742/499=>1.48697
    284,user 780/499=>1.56313
    285,user 697/499=>1.39679
    286,user 651/499=>1.30461
     
    301,user 448/448=>1
    302,user 355/448=>0.792411
     
    321,user 412/412=>1
    322,user 407/412=>0.987864
    323,user 814/412=>1.97573
    324,user 726/412=>1.76214
    325,user 647/412=>1.57039
    326,user 661/412=>1.60437
    327,user 1255/412=>3.04612
    328,user 993/412=>2.41019
    329,user 859/412=>2.08495
    330,user 766/412=>1.85922
    331,user 772/412=>1.87379
    332,user 488/412=>1.18447
    333,user 408/412=>0.990291
    334,user 265/412=>0.643204
    335,user 459/412=>1.11408
    336,user 230/412=>0.558252
    337,user 170/412=>0.412621
    338,user 82/412=>0.199029
    339,user 45/412=>0.109223
    340,user 3/412=>0.00728155
     
    341,user 455/455=>1
    342,user 395/455=>0.868132

  7. #7
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    Par SsinedD dans le forum PHP & Base de données
    Réponses: 2
    Dernier message: 01/03/2006, 14h27

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