Discussion :

[mido1951]

Bonjour,
J'ai un ensemble d'entêtes avec leurs séquences:
Voici un exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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8
9
10
>channel_109_read_10_twodirections_Corr
CTAATTAATGAAAACGTCCTTGGCAAATGCT-TTC-GCAGTAGTTAGTCTTCAATAAATCCAAGAATTTCACCTCTGACAAT
>channel_109_read_10_template
TACTTTAATGAAAACGTCCTTGGCAAATGCT-TTCGCAGTAGTTAGTCTTCAATAAATCCAAGAATTTCACCTCTGACAATTGAATACTGATGCCCCCGACCGTCC
>channel_42_read_11_twodirections
TCCTACCGCACCCTGCATTCGAACCGACTTCTAATGTTCGACCGCAAACC
>channel_396_read_70_complement_CC
ATATCGGAGCCAATGTATATCGAGAAAATCCGTGAAGATATCAGACAGGTAGAGAACCTTTTAAATAAAGAAAATGTAAAGATTACGGT
>channel_113_read_8_twodirections
CTAAGGTTTAGTCATGGAGAAGACAAGTTCGAAAAGAGTTTGGAAACGAATTCGAGTAGGCTTGTCGTTCGTTATGTTTTTGTAAATGGCCTCGTCAAAC

Comme vous voyez il y a des séquences qui contiennent "template" et compelement et moi je veux éliminer ces séquences avec leurs entêtes.
Est-ce que vous pouvez m'aider sur ce problème?
Merci

[Matt_Houston]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed '/channel_[0-9]\+_read_[0-9]\+_template/{N;d;}' fichier.txt

[mido1951]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed '/channel_[0-9]\+_read_[0-9]\+_template/{N;d;}' fichier.txt

excusez-moi est-ce que vous pouvez m'expliquer comment faire?
MErci

[BufferBob]

salut,

je propose, avec le souci de me faire comprendre par ceux qui me liront qui s'inscrira dans la continuité de la discussion :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ sed -e '/template\|complement/,/^[^>]/d' fichier

[mido1951]

salut,

je propose, avec le souci de me faire comprendre par ceux qui me liront qui s'inscrira dans la continuité de la discussion :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ sed -e '/template\|complement/,/^[^>]/d' fichier

elle ne permet pas de supprimer la séquence et son entête où il y a le mot "template" ou complement".

[BufferBob]

elle ne permet pas de supprimer la séquence et son entête où il y a le mot "template" ou complement".

si

[ternel]

sinon, plus direct, grep -v -A1 -e "_template" -e "_complement_" fichier.txt > outputEt si tu tiens à le faire en C, il "suffit" de découper le travail en:
lecture ligne a ligne d'un fichier (fgets?).
reconnaitre les lignes en-têtes (ils commencent par '>')
détecter si un en-tête correspond à une ligne acceptable
utiliser une variable pour savoir si la prochaine ligne de données doit être acceptée ou non.
écrire une ligne dans un fichier.
écrire les morceaux dans une boucle.

[Matt_Houston]

Comme vous voyez il y a des séquences qui contiennent "template" et compelement et moi je veux éliminer ces séquences avec leurs entêtes.

Woké j'avais lu « complètement », je voyais pas où vous vouliez en venir tous avec vos complement.. Donc :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed '/channel_[0-9]\+_read_[0-9]\+_\(template\|complement\)/{N;d;}' fichier.txt

Jolie commande de BufferBob également, moins stricte mais plus concise.

sinon, plus direct, grep -v -A1 -e "_template" -e "_complement_" fichier.txt > output

Ça ne passe pas avec GNU grep 2.22. Je ne suis d'ailleurs pas certain qu'il soit possible de le faire avec grep uniquement sans utiliser les extensions perl.

[BufferBob]

Jolie commande de BufferBob également, moins stricte mais plus concise.

disons la différence avec la tienne c'est que tu effaces uniquement la ligne qui suit et moi je postule que dans le cas où il y a plus d'une séquence (donc plus d'une ligne, mais rien ne nous dit que ça peut être le cas pour autant ) elles commencent toutes par un >, mais je serais prêt à parier qu'on peut faire encore plus concis, y'a de vrais pro du sed dans les parages (je n'en suis pas un )

Ça ne passe pas avec GNU grep 2.22. Je ne suis d'ailleurs pas certain qu'il soit possible de le faire avec grep uniquement

je confirme et j'ai les mêmes doutes, @leternel, c'est testé/avéré ta commande ? (si oui, quelle version de grep)

Et si tu tiens à le faire en C (...)

à mon avis le PO s'est juste planté de forum...

[ternel]

non, mon grep n'est pas avéré.
En fait, comme il s'agit de filtrer (et non de selectionner), ca ne marche pas.