Discussion :

[mido1951]

bonjour,
J'ai un fichier de type:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>id_seq01 description1ofSEQUENCE
GTCGTCCAATCGACTACGATCACGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACGACTCGCATCAGCATAAAAAAAAAAAAAA
>id_seq02 description2ofSEQUENCE
GGCTCTATTATATACATCATCTCTTTTTTTTTTTTTTACTACATAAAAAAAAAAAAAAACCCTACT
>id_seq03 description3ofSEQUENCE
TTTTTTTTTTCGATCAGCTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGCTACGACTCACGTGGGGGGGGGGGGG
>id_seq04 description4ofSEQUENCE
TTCGATCAGCTATAAAAAAAAAAAAATTTGAAAACACGCATCGTTTACA

Je veux récupérer juste la chaine "id_seq01" ou "id_seq02",... c'est à dire "id_seqX".
J'ai fait un problème qui ne marche pas avec l'idée de strtok().

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while(fgets(chaine,TAILLE_MAX, fichier1)!= NULL){
        delim=strtok(chaine," ");
            printf("%s\n",delim);
          fgets(chaine,TAILLE_MAX, fichier1); // pour sauter la longue séquence
}

est-ce que vous pouvez m'aider?

[Obsidian]

Bonjour,

« Ça ne marche pas » n'est pas une description valable d'un problème. Essaie d'être plus précis.
À part cela, pour faire ce genre de traitement (surtout en bioinformatique), on utilise plutôt les expressions régulières avec un langage de script, voire des outils en ligne de commande comme sed.

Si tu veux le faire en C avec la bibliothèque standard, en l'état, ça devrait fonctionner, à condition que ton programme reste bien synchronisé avec le contenu de ton fichier. Si pour une raison ou une autre il y a une ligne en plus ou en moins ailleurs dans ton fichier, ton programme essaiera ensuite d'analyser la mauvaise ligne jusqu'à la fin du fichier.

[mido1951]

Bonjour,

« Ça ne marche pas » n'est pas une description valable d'un problème. Essaie d'être plus précis.
À part cela, pour faire ce genre de traitement (surtout en bioinformatique), on utilise plutôt les expressions régulières avec un langage de script, voire des outils en ligne de commande comme sed.

Si tu veux le faire en C avec la bibliothèque standard, en l'état, ça devrait fonctionner, à condition que ton programme reste bien synchronisé avec le contenu de ton fichier. Si pour une raison ou une autre il y a une ligne en plus ou en moins ailleurs dans ton fichier, ton programme essaiera ensuite d'analyser la mauvaise ligne jusqu'à la fin du fichier.

moi je veux en C.
en plus je ne veux obtenir que l'entête de la séquence. Le problème c'est qu'il prend les séquences aussi!!
je ne sais pas pourquoi.

[Obsidian]

Comme je te l'ai dit, normalement, ça marche en l'état. Ça se confirme en essayant chez moi avec ton extrait de code et ton fichier de séquences :

$ ./programme < fichier.txt
>id_seq01
>id_seq02
>id_seq03
>id_seq04

Si tu n'obtiens pas de bons résultats, c'est que soit ton fichier n'a pas été correctement ouvert en amont, soit le contenu entier du fichier de séquences varie à un certain moment, ce qui désynchronise ta lecture.

[Matt_Houston]

Utilise plutôt sscanf avec le format %s pour récupérer le contenu d'une chaîne jusqu'au premier caractère « blanc ».

Cela dit, je rejoins totalement les conseils qui t'ont été donnés par Obsidian : il existe d'innombrables outils d'analyse de texte bien plus complets et fiables qu'un programme C écrit « from scratch » (tr, grep, sed, perl...).

[mido1951]

oui ça marche.
C'est un problème du fichier.
Merci