Discussion :

[Tuan LE]

Bonjour a tous,

Je suis LE Tuan, etudiant en 3e anne de these a LISBP, INSA Toulouse, France (http://www.lisbp.fr/en/index.html).

Actuellement j'utilise ImageJ pour analyser les particules observees par le microscope. Sur les image des bacteries observees sur microscope fluorescence, le Fit elipse marche bien, Minor, Major representent les longueur et largeur des mes cellules.
Pourtant, l'option Fit Elipse me parait pas du tout efficace sur les suspensions des fibres cellulosiques (photo ci-dessous). Les Major et Minor calcules par le logiciels me presentent aucune sens.
https://drive.google.com/file/d/0B7p...ew?usp=sharing
Comme le logiciel est capable de calculer l'angle de l'axe majeur (option Fit elipse), j'ai également essaye a faire une rotation de particules, angle de rotation = 90°-angle calculee par ImageJ puis appliquer un Bounding rectangle pour obtenir les longueurs des axes majeur + mineur de la particules. Les chiffres (Height et Width) sont correct mais je ne peux pas faire manuellement la rotation puis le calcul sur 10000+ particules. Je ne sais pas s'il existe d'autre option dans ImageJ pour calculer les vraies longueurs de l'axe majeur et mineur de mes particules.


Merci par avance

Tuan LE

[ToTo13]

Dans ce cas là, ce que tu souhaites serait plutôt le diamètre géodésique ainsi que la tortuosité.
Malheureusement, je ne pense pas que cela existe dans ImageJ.

[Kangourou]

salut,

tu peux chercher du côté des diamètres de Feret. Par défaut, ImageJ permet d'avoir le diamètre de Feret maximum, à voir si des plugins existent pour le diamètre minimum, voire la boite orientée englobante orientée.

Sinon c'est vrai que le diamètre géodésique peut être une bonne idée. J'avais écrit un plugin pour ça, il est dispo à cette adresse : http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?...istances:start, ou alors en téléchargeant la bibliothèque MorphoLibJ auquel il est maintenant intégré.

A+

[Tuan LE]

Bonjour a tous,

D'abord, merci bien pour vos réponses.

Ce que je veux: les longueur et largeur suite a cette définition (image dans le lien) https://drive.google.com/file/d/0B7p...ew?usp=sharing ,qui (je suppose) sont équivalent aux longueur du trajet de géodésique le plus long au sein d'une particule

J'ai essaye le plugin MorphoLibJ ce matin et voila ce que j'ai obtenu sur 1 particule https://drive.google.com/file/d/0B7p...ew?usp=sharing
Les coordonnes (X,Y) des 2 extrémités donnes par ce plugin me permet de calculer la Longueur géodésique. Le chiffre obtenu sont tout a fait cohérence avec la Longueur dans la définition en haut

Mes questions sont
1. Est ce qu'il est possible de lancer l'analyse de Geodesic Diameter sur seulement les particules dans mon ROI manager et comment je peux le faire?
2. Il me reste a calculer la largeur selon la définition, avez vous quelques idées ?

Bonne journée

[Tuan LE]

Et j'ai oublie de vous demander ou est ce que je peux trouver les explications sur les options Chessboard (1,1), City-Block (1,2), .... apparu dans Distances de Geodesic Diameter

Merci

[ToTo13]

Le trait rouge dans le deuxième image représente le diamètre euclidien, pas géodésique.
Ca c'est un chemin géodésique.
Et ça c'est un diamètre géodésique. La particularité c'est qu'il doit rester dans la forme.

Pour ta deuxième question, c'est en fait les différent types de distances:
- chessboard
- City block