Discussion :

[Akre6]

Bonjour,
Je vais reviens encore vous pour une nouvelle question...

J'aimerai savoir comment vérifier l'existence ou non d'un chemin dans l'arborescence d'un fichier HDF-5...
Je m'explique un peu plus... Dans mon script, j'ai besoin de récupérer des informations si bien sûr elles existent ! Ca me permettra de débugger et avoir un suivi...

Je crois que pour un fichier normal c'est "os.path.exists" mais alors pour le chemin dans un fichier je n’en ai aucune idée... Je me demande même si c'est possible.

[Sve@r]

Je crois que pour un fichier normal c'est "os.path.exists" mais alors pour le chemin dans un fichier je n’en ai aucune idée... Je me demande même si c'est possible.

Bonjour

C'est quoi pour toi un fichier "normal" ??? Et un ".xls", il est "normal" ? Et un ".mp3" ? Et un ".hdf5" ???
Donc voilà. Le terme "normal" n'existe pas en informatique. Un fichier c'est un contenant enregistré sur disque. Et ces contenants contiennent de l'octet. Ces octets lus par tel ou tel logiciel produiront une jolie musique sur tes hauts-parleurs, ou bien de jolies images sur ton écran, ou bien t'afficheront une feuille de calcul, et t'auras même des fichiers tout aussi "normal" qui pourront contenir d'autres fichiers. On nomme ces fichiers des fichiers "normaux" de type "répertoire" (ou "dossier").
Ca c'était le premier point.

Le second c'est quoi le "chemin dans un fichier" ? Un fichier est identifié par un chemin. Ce chemin peut-être un simple nom (dans ce cas l'OS recherchera ce nom à partir de ton dossier courant) ou bien plus complet en démarrant par un" /" et dans ce cas l'OS recherchera ce fichier à partir de la racine. Donc en fait t'as toujours quoi qu'il arrive un "chemin dans un fichier".
Ainsi os.path.exists("/tmp") te renverra "True" ou "False" suivant que "/tmp" existe ou n'existe pas. Et la façon de voir "/tmp" est la même pour tout le monde...

[Clodion]

C'est quoi pour toi un fichier "normal" ??? Et un ".xls", il est "normal" ? Et un ".mp3" ? Et un ".hdf5" ???

Bonsoir,
Je pense qu'il y a méprise… Wiki
https://en.wikipedia.org/wiki/Hierarchical_Data_Format

This results in a truly hierarchical, filesystem-like data format. In fact, resources in an HDF5 file are even accessed using the POSIX-like syntax /path/to/resource. Metadata is stored in the form of user-defined, named attributes attached to groups and datasets. More complex storage APIs representing images and tables can then be built up using datasets, groups and attributes.

Pour en revenir à la question, je n'y connais rien, mais, de ce que j'ai pu lire, il y a au moins deux bibliothèques python qui manipulent ce type de fichier (mais c'est une recherche très très rapide!!): h5py et pytables. Sur StackOverflow il semble de même y avoir quelques trucs.

Clodion

[Sve@r]

Bonsoir,
Je pense qu'il y a méprise… Wiki
https://en.wikipedia.org/wiki/Hierarchical_Data_Format

Ben je connais bien le hdf5 (j'ai déjà travaillé avec) mais dans ce que j'ai lu, j'ai compris qu'il souhaitait juste tester l'existence d'un fichier. Dans ce cas, on regarde si le fichier existe et basta.

Si maintenant il veut trouver des hdf5 cachés derrière d'autres extensions, alors effectivement il faut utiliser une bibliothèque de manipulation de hdf5 pour examiner chaque fichier...

[Clodion]

Si maintenant il veut trouver des hdf5 cachés derrière d'autres extensions

Bonjour,
Je ne connais pas ce format, mais dans les wiki j'avais compris que ces fichiers pouvaient contenir plusieurs "objets" disposés dans un système de répertoires (d'où la citation de wiki). (Une arborescence de type archive?)
Et lorsque Akred écrit:

J'aimerai savoir comment vérifier l'existence ou non d'un chemin dans l'arborescence d'un fichier HDF-5...
…
Je crois que pour un fichier normal c'est "os.path.exists" mais alors pour le chemin dans un fichier je n’en ai aucune idée... Je me demande même si c'est possible.

je pense qu'il fait allusion à cette arborescence interne.
Mais je n'ai peut-être pas tout compris…

Clodion

[Akre6]

Alors Clodion tu as bien compris. C'est un type de fichier qui contient pleins d'objets, dans des répertoires...Dans mon cas ça contient des valeurs de différentes études en 3D.
Donc pour accéder à ces valeurs, je dois lui préciser le nom du fichier et le chemin à suivre...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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5
 
dRIC = h5py.File(fichier, "r")  ##Ouverture du fichier
##On etabli la chemin 
adresse = '/Plants/' + sigle + '/Cycles/' + str(cycle) + '/Maps/' + str(Maps)+ '/Reconstruction/'+ 'Power'
gRIC = dRIC[adresse]

Du coup, j'utilise bien "h5py", j'ai cherché sur:
http://docs.h5py.org/en/latest/high/...creating-files
Alors à moins que j'ai rien compris en anglais, je ne vois pas ce qu'il peut m'aider.

En soit, mon script marche bien, il récupère ce que je veux. Mais quand le chemin n'existe pas j'ai des messages d'erreur sur la console. J'aimerai ne pas en avoir pour des raisons de clarté.
Sve@r, peut-on avec une bibliothèque de manipulation vérifier l’existence ou non d’un chemin (désolé si ce n’est pas le bon mot) ?

Pour « fichier normaux » j’entendais un fichier qui a une adresse, qui est dans un répertoire. Là ce sont des objets dans un fichier… Désolé si je me suis mal exprimé.

[Clodion]

Du coup, j'utilise bien "h5py", j'ai cherché sur:
http://docs.h5py.org/en/latest/high/...creating-files
Alors à moins que j'ai rien compris en anglais, je ne vois pas ce qu'il peut m'aider.

Bonjour,
Peut-être faire "suivant"!!
Et ainsi voir les "groups": http://docs.h5py.org/en/latest/high/group.html, dans lequel il est précisé que chaque groupe est l'équivalent d'un dictionnaire en Python!
Et des fonctions fort intéressantes telles que visit, get…

Non??

Clodion

[Akre6]

Ok, je vais étudier ça. J’apprends un peu sur le tas (c’est mon deuxième script en python), donc je vais voir un peu plus sur ces fonctions.

[Sve@r]

Code :

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adresse = '/Plants/' + sigle + '/Cycles/' + str(cycle) + '/Maps/' + str(Maps)+ '/Reconstruction/'+ 'Power'

Plus simplement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

adresse="/Plants/%s/Cycles/%s/Maps/%s" % (sigle, str(cycle), str(Maps))

Sve@r, peut-on avec une bibliothèque de manipulation vérifier l’existence ou non d’un chemin

En vérifiant l'existence d'un fichier, ça vérifie implicitement tout le chemin qui mène à ce fichier. Si tu n'as pas de fichier à vérifier mais un simple dossier (répertoire) hé bien un dossier étant lui-même (à la base) toujours un fichier, c'est pareil.