Bonjour,

Étant novice pour l'utilisation du logiciel R, je poste cette discussion pour trouver de l'aide pour l'analyse de mon dispositif en split-plot.
Je vous détaille un peu ce dispositif :

Deux facteurs :
- Fertilisation : 3 modalités --> Facteur 1 'sacrifié'
- Variété : 9 modalités --> Facteur 2

Le dispositif est composé de deux blocs :
- 54 plants par bloc : 2 plants de chaque variété à chaque niveau de fertilisation.


Je dois analyser l'effet de ces deux facteurs sur plusieurs variables quantitatives.

Après quelques recherches, j'ai réussi à réaliser une ANOVA pour mon dispositif :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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> aov1=aov(log(Flav)~Variete*Ferti+Error(Ferti))
> summary(aov1)
 
Error: Ferti
               Df Sum Sq Mean Sq
VarietePloidie  2 0.0974  0.0487
 
Error: Within
                     Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)    
Variete           8 21.680  2.7100  53.181 <2e-16 ***
Variete:Ferti  16  1.483  0.0927   1.819 0.0304 *  
Residuals           211 10.752  0.0510                   
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

J'obtiens donc un effet significatif de l'interaction entre mes deux facteurs étudiés sur ma variable Flav. Or, lorsque j'ai voulu faire une analyse posthoc avec le test TukeyHSD, cela n'a pas fonctionné. Idem pour le test de Scheffe... Donc voici mes questions :


1/ Tout d'abord, j'aimerais qu'on me renseigne sur le terme 'Error(facteur)' que l'on renseigne dans le code de l'ANOVA. On m'a conseillée de mettre le facteur de 1er ordre mais je ne sais pas pourquoi... Quelqu'un pourrait il m'expliquer à quoi correspond ce terme et comment choisir ce que l'on doit y renseigner ?

2/ Après avoir réalisé mon analyse de variances, est-il possible de faire un test posthoc comparant les modalités 2 à 2 et calculant les p-values y étant associées ? Si oui, pouvez vous m'expliquer comment procéder ?

3/ Enfin, dans le cas où je n'arrive pas à normaliser mes individus ou dans le cas où je n'ai pas d'homoscédasticité des variances, comment procéder à l'analyse d'un dispositif en split-plot avec du non-paramétrique ?


Merci