telechargement selectif ds la PDB avec biopython ou en python

**Mydriaze** · 07/05/2015, 16h07

Bonjour à tous,

Je cherche à télécharger avec biopython ou en python, sur le ftp de la pdb (ftp://ftp.wwpdb.org/) toutes les structures complexes donc, qui ont au moins 2 chaines.
Est-ce possible ou doit-on tout télécharger et trier après?

Merci d'avance

**tyrtamos** · 07/05/2015, 18h07

Bonjour,

Peut-être y a-t-il des solutions que je connais pas, mais je ne vois pas comment on peut tester l'intérieur d'un fichier sans le télécharger.

Si le test pouvait être fait sur le nom de fichier, ce serait facile puisqu'on peut demander en ftp les fichiers d'un répertoire.

Si le test pouvait être fait au début des fichiers, il suffirait d'en charger suffisamment (un ou quelques bloc(s)) pour le faire au lieu de tout télécharger.

C'est tout ce que je vois (dans la mesure où j'ai compris le problème).

Maintenant, tout dépend de la taille des fichiers en question et du temps de téléchargement (donc du débit de la ligne)!

**Mydriaze** · 08/05/2015, 21h11

Merci tyrtamos pour ta réponse,
En fait, il faut tomber sur qqn qui utilise ça régulièrement.
Est-ce qu'on peut le voir sur le nom de fichier, c'est aussi une question que je me posais...
Est ce qu'il y a un dossier qui les contient et qui porte un nom non explicite*?
Mais ça ce n'est pas du python . Je postais ici parce que je rame avec la doc de biopython en anglais et je me demandais s'il n'y a pas moyen de formuler une contrainte dans biopython pour ramener toutes les molécules avec au moins 2 chaînes ...