Discussion :

[gisclace]

(re)Bonjour à tous,
J'ai un point bloquant sur un traitement d'une chaine de caractère que je dois faire, je m'explique, j'ai une chaine comme suit : UACACGCAUACGCGGCAUUUA, je souhaite qu'en appuyant sur un bouton, la chaine soit exportée en étant découpée et en rajoutant deux trois trucs vers une textview.

Pour résumer :
Input : UACACGCAUACGCGGCAUUUA

je presse le bouton

Output :
UAC T
ACG E
CAU F
ACG A
CGG B
CAU R
UUA H

En gros, on coupe la chaine tous les trois caractères, on regarde si la chine de trois existe dans un tableau, si oui on ajoute à côté la lettre correspondante, sinon on n'ajoute rien, on va à ligne, on prend les trois caractères suivants...

Je suis complètement perdu vers l'orientation de mes recherches pour réussir à faire ça.

Merci par avance.

[joel.drigo]

Salut,

La méthode substring(start, end) te permet d'extraire une sous-chaîne d'une chaîne, depuis le caractère de position start, jusqu'au caractère précédent le caractère de position end. Donc il te suffit de faire une boucle :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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String chaineADecouper = /*... */;
for(int i=0; i<chaineADecouper.length; i+=3 /* on avance de 3 en 3*/) {
 
    String mot = chaineADecouper.substring( i, Math.min( i+3 /* 3 caractères plus loin */, chaineADecouper.length) ); // j'ai pris la précaution de ne pas dépasser de la fin (si des fois le nombre de caractères n'était pas multiple de 3
 
    System.out.print(mot);
    if ( appartientATableau(mot) ) {
         System.out.print(" ");
         System.out.print(lettreAssocieeAMot(mot));
    }
    System.out.println();
 
}

Pour le test d'appartenance à un tableau, par contre, un tableau ce n'est pas très efficace pour ça : tu devrais t'orienter vers une Map (comme une HashMap par exemple) pour stocker les accociations entre trigrammes et lettre. Avec une map, appartientATableau(mot) s'écrira map.containsKey(mot) et lettreAssocieeAMot(mot), map.get(mot).

[gisclace]

Bonjour,
Merci joel.drigo pour ta réponse qui est exactement ce que je cherche.

J'ai donc suivi ton code en rajoutant en effet les données sous forme d'un HashMap, ce qui me donne comme code :

java :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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HashMap map = new HashMap();
 
        //Map
        map.put("AAA", "K");
        map.put("AAC", "N");
        map.put("AAG", "K");
 
        EditText input =(EditText)rootview.findViewById(R.id.input);
        String chaineADecouper = input.getText().toString();
 
        for(int i=0; i<chaineADecouper.length(); i+=3 /* on avance de 3 en 3*/) {
 
            String mot = chaineADecouper.substring( i, Math.min( i+3 /* 3 caractères plus loin */, chaineADecouper.length()) );
 
            System.out.print(mot);
            if ( map.containsKey(mot) ) {
                System.out.print(" ");
                System.out.print(map.get(mot));
            }
            System.out.println();
 
        }
}

(à noter que j'ai modifié les chaineADecouper.length en chaineADecouper.length(), sinon ça ne passait pas )

Du coup, là j'ai bien dans le logcat la sortie suivante :
AAA K
AAC N
AAG K

Par contre, je n'arrive pas à l'envoyer dans mon EditText, j'ai essayé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

EditText output = (EditText)rootview.findViewById(R.id.output); //EditText de sortie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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            System.out.print(mot);
            if ( map.containsKey(mot) ) {
                output.setText(mot);
                output.setText(map.get(mot));
            }
            System.out.println();

Mais cela ne marche pas, la partie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

output.setText(map.get(mot));

est en Cannot resolve method 'setText'(java.lang.Object)', et si je commente cette partie, la partie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

output.setText(mot);

me ressort seulement le dernier groupe de trois (dans la chaine : AAAAACAAG, je n'ai que AAG en sortie)

[joel.drigo]

(à noter que j'ai modifié les chaineADecouper.length en chaineADecouper.length(), sinon ça ne passait pas )

Faute de frappe de ma part. Désolé.

Par contre, je n'arrive pas à l'envoyer dans mon EditText, j'ai essayé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

EditText output = (EditText)rootview.findViewById(R.id.output); //EditText de sortie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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            System.out.print(mot);
            if ( map.containsKey(mot) ) {
                output.setText(mot);
                output.setText(map.get(mot));
            }
            System.out.println();

Mais cela ne marche pas, la partie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

output.setText(map.get(mot));

est en Cannot resolve method 'setText'(java.lang.Object)', et si je commente cette partie, la partie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

output.setText(mot);

me ressort seulement le dernier groupe de trois (dans la chaine : AAAAACAAG, je n'ai que AAG en sortie)

Une Map stocke tout typé en Object, donc il faudrait caster pour récupérer les mots typés en String.

Mais, tu peux tout simplement, paramètrer la HashMap :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

HashMap<String, String> map = new HashMap<>();

Ainsi, map.get(mot) n'a plus besoin d'être casté en String.

[gisclace]

Arf, en plus je l'utilise dans une autre activité...
Un grand merci à toi !!!

Autre question au passage (mais toujours sur le même sujet). Le traitement de la chaine doit commencer à partir du groupe "ATG", problème, la chaine commence rarement par ce groupe, comment faire donc pour commencer uniquement à partir du moment on on trouve ATG ?

Exemple :
chaine : AAAACGAGCATGAAAACGAGC
Chaine à traiter : ATGAAAACGAGC
ATG M
AAA K
ACG N
GAC K

Encore merci.

[joel.drigo]

string.indexOf("ATG") te donnera la position du premier "ATG" dans la chaîne string.

[grunk]

Pour ça il faut utiliser indexof()

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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string chaine = "0123Test89";
string test = "Test";
chaine.indexOf(test); // retourne 4