Boucle for appelant plusieurs variables

**charleslaidi** · 05/05/2015, 10h47

Bonjour Flodelarab,

Désolé vraiment si tu as eu l'impression que je ne tenais pas compte de vos remarques. Je ne voulais pas vos ennuyer en repostant à chaque fois des commentaires.
J'ai compris grâce à vos remarques qu'il ne fallait pas faire de boucle en plus et finalement ça marche bien de cette manière.

Code :

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echo ==== EXTRACTION DE ${var1} pour ${filename}
fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var2} -thr ${var2} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}
fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}.nii.gz -div ${var2} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}_div
mri_convert ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}_div.nii.gz ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}_div_conv.nii
 
echo ==== TRANSFERT DE LA ROI ${var1} pour ${filename}*DANS LE DOSSIER DU LOGICIEL 
cp ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}_div_conv.nii /$SPTH2/${filename}/mask_charles
AimsFileConvert /$SPTH2/${filename}/mask_charles/${filename}_${var1}_div_conv.nii /$SPTH2/${filename}/mask_charles/${var1}.ima
 
echo ${var1} pour ${filename}*TERMINE 
 
}
 
# créer un fichier list.txt avec la liste des noms du sujet
# créer un fichier variables tel que : HIPPOCAMPE_DROIT hippo_d 17 (ou 17 = numéro de la LUT de FreeSufer)
 
while read var1 var2; do
	while read filename; do
		function1
	done < list.txt
done < variables.txt

Ceci dit, j'aurai bien envie de comprendre ce que tu voulais dire par

"le "cat fichier" pour alimenter un for n'est pas bon si tes lignes ont des espaces; le "read var1 var2" met dans var2 tout le reste de la ligne, donc s'il y a un commentaire ou var3, ton script ne marchera pas"

et ça m'intéresserai beaucoup de comprendre.

Pour les entrées et les sorties attendues, en gros les entrées sont des images du cerveau et les sorties sont les mêmes images du cerveau mais modifiées.
Le résultat est qualitatif ; en fait à la fin je regarde les modifications sur les images du cerveau pour être sur que le script à bien marché.

Merci beaucoup pour votre aide à tous,

Charles

**disedorgue** · 05/05/2015, 11h45

Par curiosité, ton script tourne en combien de temps sur un cas complet ?

**Flodelarab** · 05/05/2015, 12h07

Ceci dit, j'aurai bien envie de comprendre ce que tu voulais dire par

"le "cat fichier" pour alimenter un for n'est pas bon si tes lignes ont des espaces; le "read var1 var2" met dans var2 tout le reste de la ligne, donc s'il y a un commentaire ou var3, ton script ne marchera pas"

Pour le read, si la ligne contient "ma_var1 ma_var2 #ceci est un commentaire", dans ton script, var2 vaudra "ma_var2 #ceci est un commentaire".

Pour le for, cette commande utilise l'espace comme séparateur. Si le fichier s'appelle "coupe du cerveau.jpg", la boucle for va chercher l'image "coupe", l'image "du", et l'image "cerveau.jpg". Et ton script sera dans les choux.