Discussion :

[Jasmine80]

Est-ce que DB_File est important ?
Avez-vous déjà eu ce problème ?


Merci beaucoup.

[dmganges]

Visiblement il réclame DB_File.
As-tu essayé de l'installer avant ?

C'est une partie de ma réponse précédente, sur Bribes, il faut se peler les dépendances à la mimine
En fait il demande le DB_File_1 donc le deuxième sur l'image et qui utilise DB_File.ppd

[djibril]

Voilà ! Cadeau de bienrevenue , j'ai rédigé en quelques heures un tutoriel pour installer BioPerl.

[Jasmine80]

Super cadeaux merci, t'es très sympa, merci du temps que tu y as consacré
il faudra que je parte et revienne plus souvent

[Jasmine80]

Bonjour à tous,


J'ai 1 question en rapport avec le tutoriel : la prochaine fois que je voudrais installer un module complexe, comment faire afin d'avoir la liste des prérequis tel que tu la montres dans ce tutoriel ?

Remarque : j'ai bien suivi la procédure et je n'ai eu pas l'erreur décrite dans ce tutoriel 'could not find ParserDetails.ini in C:/Perl/site/lib/XML/SAX'
voici ce que j'ai eu directement : [img=http://s27.postimg.org/62ydlic9b/cmd_perl_install.jpg]

Puis, j'ai lancé Build test et les tests ont tous été réussis. Mais, j'avais installé précédemment ce bioperl via la commande 'cpan> install BioPerl'. Ce qui doit expliquer tout cela.

Pourquoi n'ai-je pas eu l'erreur disant que BioPerl était déjà installé ?

Remarque : mon script 'test' avec Swissprot, ne fonctionne toujours pas :( j'ai la même erreur

>perl -w SwissProt_test.pl
Use of uninitialized value $location in lc at C:/Perl/site/lib/Bio/DB/SwissProt.pm line 380.

------------- EXCEPTION -------------
MSG: WebDBSeqI Error - check query sequences!

STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_seq_stream C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:508
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Stream_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:314
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:186
STACK toplevel SwissProt_test.pl:13
-------------------------------------

>Exit code: 255

Cela vaut-il la peine de désinstaller BioPerl et de recommencer son installation depuis le début du tutoriel ou cela reviendra-t-il exactement au même ?


D'avance merci.

[djibril]

Bonjour à tous,


J'ai 1 question en rapport avec le tutoriel : la prochaine fois que je voudrais installer un module complexe, comment faire afin d'avoir la liste des prérequis tel que tu la montres dans ce tutoriel ?

Tu vois les prérequis car le module te le montre, les auteurs du module ont juste bien fait les choses, c'est tout :-) !

Remarque : j'ai bien suivi la procédure et je n'ai eu pas l'erreur décrite dans ce tutoriel 'could not find ParserDetails.ini in C:/Perl/site/lib/XML/SAX'
voici ce que j'ai eu directement : [img=http://s27.postimg.org/62ydlic9b/cmd_perl_install.jpg]

C'est à l'étape d'après que tu as ce message.

Puis, j'ai lancé Build test et les tests ont tous été réussis. Mais, j'avais installé précédemment ce bioperl via la commande 'cpan> install BioPerl'. Ce qui doit expliquer tout cela.

Pourquoi n'ai-je pas eu l'erreur disant que BioPerl était déjà installé ?

Tu n'avais surement pas la dernière version de BioPerl

Remarque : mon script 'test' avec Swissprot, ne fonctionne toujours pas j'ai la même erreur


Cela vaut-il la peine de désinstaller BioPerl et de recommencer son installation depuis le début du tutoriel ou cela reviendra-t-il exactement au même ?


D'avance merci.

As-tu testé le script de test du tutoriel ?

[Jasmine80]

Visiblement il réclame DB_File.
As-tu essayé de l'installer avant ?

Quand j'ai été voir dans mon ppm, après l'installation de BioPerl, DB_File était correctement installé.