Salut!
Je débute sur les scripts R du coup je suis désolée d'avance si ma question paraît naive.
J'ai fait un script pour extraire des informations d'un objet de classe "ExpressionSet" (Cf GEOquery). Ligne à ligne dans ma fenêtre R aucun problème. Mais quand je lance le script, j'ai des erreurs que je ne comprends pas.
Voici le script avec la première erreur:
avec l'erreur:
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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18 sample_name<-NULL output<-NULL gse<-NULL color<-NULL series_matrix<-dir(getwd(),pattern="*series_matrix.txt") series_matrix<-unlist(strsplit(series_matrix,"_")[1]) for(i in 1:length(series_matrix)){ gse<-getGEO(series_matrix[i],GSEMatrix=TRUE) gse<-gse[[1]] if(length(gse$label_ch1[1])==0){ color<-"Non specified" } else { color<-"OK" #à traiter } }Et le script entier
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part Erreur dans file.exists(destfile) : objet 'destfile' introuvable
Qui me renvoie l'erreur suivante
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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33 sample_name<-NULL output<-NULL gse<-NULL color<-NULL series_matrix<-dir(getwd(),pattern="*series_matrix.txt") series_matrix<-unlist(strsplit(series_matrix,"_")[1]) for(i in 1:length(series_matrix)){ gse<-getGEO(series_matrix[i],GSEMatrix=TRUE) gse<-gse[[1]] if(length(gse$label_ch1[1])==0){ color<-"Non specified" } else { color<-"OK" #à traiter } sample_name<-cbind(as.character(gse$title),as.character(gse$geo_accession)) outputsample<-paste(getwd(),"sample.txt",sep="") write.table(paste("txt",color,sep=" "),output,row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t",quote=FALSE) write.table(sample_name,outputsample,row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t",quote=FALSE,append=TRUE) Feature_Num<-list(1:length(featureNames(gse))) Gene_Symbol<-pData(featureData(gse)[,11]) Probe_Name<-pData(featureData(gse)[,1]) Control_Type<-pData(featureData(gse)[,3]) liste<-as.character(sampleNames(gse)) for(i in 1:lenght(liste)){ values<-cbind(Feature_Num,Gene_Symbol,Probe_name,Control_Type,exprs(gse)[,i]) colnames(values)<-c("Feature_Num","Gene_Symbol","Probe_Name","Control_Type","gMedianSignal") write.table(values,paste(getwd(),"/Ech",liste[i],".txt",sep=""),row.names=FALSE,quote=FALSE,sep="\t") } }Voilà, je ne comprends vraiment pas d'où ça vient. Dans le premier cas, je n'ai pas créé (en tout cas volontairement et consciemment) d'objet destfile, et dans le second je ne comprends pas non plus ce que R me raconte et d'où il me sort ça.
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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2 Erreur dans if (file == "") file <- stdout() else if (is.character(file)) { : l'argument est de longueur nulle
Si quelqu'un peut m'aider à comprendre ^^
Merci d'avance!
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