Discussion :

[they_are_numbers]

Bonjour à tous , cela fait un bon moment que je me démèle avec ce parseur j'ai essayé plusieurs approches , dictionnaires , etc ..j'avance à un rythme d'un escargot anémié je suis perdue avec les boucles for !aussi
mon fichier est en piece jointe et mon format de sortie aussi ,
voici le debut de mon code mais cela ne sort pas trop ce dont j'ai besoin... reelement !!! pouaahhh

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
fichier = open('sumo.txt', "r")
lignes = fichier.readlines ()
 
for uneLigne in lignes:
    champs=uneLigne.split()
    #print champs
    if len(champs)>0 and champs[0]== "guanidinium":
             Guan=champs[2]
    elif len(champs)>0 and champs[0]== "hyd_ali":
	     hyd=champs[2]
 
    elif len(champs)>0 and champs [0] == "hyd_ali ALA" :
	     hyd=champs [2]
 
    elif len (champs) > 0 and champs [0] =="hyd_ali VAL" :
	     hyd=champs [2]		
    elif len (champs) > 0 and champs [0] == "bb" :
	     Bb = champs [3]
 
 
    if uneLigne[0]=="-":
        print "guanidinium ARG:"+Guan
        print "hyd_ali ARG :"+hyd[ATTACH]141626[/ATTACH]
	print "hyd_ali ALA:" + hyd
        print "hyd_ali VAL:" + hyd
	print "backbone:" + Bb

[VinsS]

Salut,

Je pense que ceci sera plus proche de ce que tu attend

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
 
with open('sumo.txt', "r") as inf:
    for line in inf:
        # enlever le retour ligne
        line = line.strip()
        if not line:
            # ligne vide
            continue
        champs = line.split(' ')
        if not champs:
            # on ignore
            continue
        if champs[0] == "guanidinium":
            Guan = champs[2]
        elif champs[0] == "hyd_ali":
            # verifier les deux directement
            if champs[1] in ("ALA", "VAL"):
                hyd = champs[3]
            else:
                hyd = champs[2]
        elif champs[0] == "bb":
            Bb = champs[3]

La suite, je ne sais pas parce que ton code n'est pas indenté.


La balise code est le symbole dièse # dans la barre d'outils d'édition.

[they_are_numbers]

merci pour ton aide vinsS tu m'as aider a y voir plus clair ,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
 
 
fichier = open('sumo.txt', "r")
lignes = fichier.readlines ()
 
for uneLigne in lignes:
       champs=uneLigne.split()
 
    #print champs
    if len(champs)>0 and champs[0]== "guanidinium":
              Guan=champs[2]
    elif len(champs)>0 and champs[0]== "hyd_ali":
              hyd=champs[2]
 
    elif len(champs)>0 and champs [0] == "hyd_ali ALA" :
              hyd=champs [2]
 
    elif len (champs) > 0 and champs [0] =="hyd_ali VAL" :
             hyd=champs [2]
    elif len (champs) > 0 and champs [0] == "bb" :
             Bb = champs [3]
 
 
    if uneLigne[0]=="-":
 
          print "guanidinium ARG:"+Guan
          print "hyd_ali ARG :"+hydPièce jointe 141626
          print "hyd_ali ALA:" + hyd
          print "hyd_ali VAL:" + hyd
          print "backbone:" + Bb

le soucis avec mon code est qu'il me recupere des valeurs et qu'ils les repetent exemple de la sortie qui n'est pas tout a fait comme mon fichier de depart , et puis afin de stocker toutes ses valeurs dans mon tableau excel ,,,, je crois qu'il me reste du chemin a faire et j'ai l'impresion de tourner en rond sans trouver d'issus possible , a chaque fois que je tente une nouvelle approche soit ce n'est pas la bonne encore une fois !! ou alors je me perd encore plus qu'au debut et je reviens au point de depart !!!!!!


sortie de mon code :
guanidinium ARG:426
hyd_ali ARG :VAL
backbone:647
hyd_ali ALA:VAL
hyd_ali VAL:VAL
guanidinium ARG:426
hyd_ali ARG :650
backbone:647
hyd_ali ALA:650
hyd_ali VAL:650
guanidinium ARG:426
hyd_ali ARG :650
backbone:647
hyd_ali ALA:650
hyd_ali VAL:650
guanidinium ARG:426
hyd_ali ARG :650
backbone:647
hyd_ali ALA:650

[they_are_numbers]

j'ai tenter en effet en utilisant un dictionnaire , je ne suis pas du genre à me decourager facilement , cependant , c'est claire qu'il me faut une aide , ou plusieurs avis pour en sortire une idée coherente et qui fonctionnerait en fin , !!! pour ce tableau !!!!!
voici mon code en utilisant les dictionnaires

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
 
 
fichier = open('sumo.txt', "r")   
filin=fichier.readlines
 
for ligne in fichier.readlines():
 
 
	print(ligne.rstrip())
 
#les differents dictionnaires avec des cles similaires
 
dico1= {"1QMF guanidinium ARG" :(426)  ,"1QMF hydali ARG" :( 426) , "1QMF bb GLY " : (647)  , "1QMF hydali ALA" :( 650), "1QMF hydali VAL" :(662)},
 
dico2= {" 1X7Z guanidinium ARG" :(220) ,"1X7Z bb GLY" : (192 )  , " 1X7Z hydali ALA ":(195) }
 
dico3 ={ "2ZI6 guanidinium ARG" : (2192) , "2ZI6 bb ALA" :(2031)  ,"2ZI6 hydali ARG" :( 2188) }
 
dico4 ={"3A9E guanidinium ARG"  :(321) ,  "3A9E  bb ALA" : ( 332) , "3A9E" "hydali ALA" :(276) }
 
dico5 = {"2NT7 guanidinium ARG" : (254) , "2NT7 bb GLY" : (647) , "2NT7 hydali MET" :(258)  }
 
dico6={"3U2V guanidinium  ARG" :( 77),  "3U2V bb GLY" :(215) ,"3U2V hydali LEU" :(214) }
 
 
dico7 ={"2F6Z guanidinium ARG" : (254 ) , "2F6Z bb GLY" :( 259 ) ,"2F6Z hydali MET " : (650) }
 
 
mes_dicos = [dico1, dico2 , dico3 , dico4 , dico5 , dico6, dico7 ]
 
 
for dico in mes_dicos:
	for value in dico :
		print dico

la aussi çeci m'imprime 3 fois a chaque fois les lignes souhaitées !!! au lieu d'une seule fois seulement

[VinsS]

Je suppose même que le premier dico est printé cinq fois, non ?

ton code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
for dico in mes_dicos:    # pour chaque dico dans la liste
	for value in dico :   # pour chaque clé du dico
		print dico       # print le dico entier

Ce n'est pas plutôt ceci que tu veux faire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
for dico in mes_dicos:
    for key, value in dico.items():
        print value,
    print

Ca donne ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
 
647 650 426 662 426
192 195 220
2188 2192 2031
321 332 276
647 254 258
214 215 77
259 254 650

[they_are_numbers]

oui parfaitement je voudrai recuperer les valeurs aussi , seulement ça me met une erreur

AttributeError: 'tuple' object has no attribute 'items' quand j'utilise ce que vous m'avez conseillé je ne comprends pas pourquoi ???,