Bonjour,

J'ai réalisé un programme me permettant d'ouvrir et de lire un fichier fasta de manière à séparer identifiant et séquence, cela marche, cependant je ne sais pas comment réutilise les variables de manière à les insérer dans un tableau qui comprendrait donc les séquences d'une part et les identifiant d'une autre.

Voici mon programme :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#include <iostream>
#include <fstream>
 
using namespace std;
 
 
int readfasta ( string  filename ) {
 
	//3 variables utilsées plus tard
	string line, identifiant, seq;
 
	// ouvre le fichier (et le converti en tableau de char, car ifstream ne prends par les strings)
	ifstream fichier(filename.c_str());
 
	// teste si fichier ok (bon chemin, etc...)
	if (!fichier) {
		cout<<"Probleme avec fichier";
	}
 
	// lit chaque ligne du fichier
	while( getline( fichier, line ) ){	
 
		// si on tombe sur une nouvelle proteine (=>nouvel identifiant) ou ligne vide
		if( line.empty() || line[0] == '>' ){
 
			if( !identifiant.empty() ){  // si identifiant déja mémorisé au moins une fois
 
				cout << identifiant << " \n " << seq << "\n\n";	//affiche l'id et la sequence précedement mémorisée
				identifiant.clear();		//efface ce qu'il y a dans identifiant
 
				}
 
			if( !line.empty() ){		
				//memorise l'identifiant (sauf premier caractere c.a.d. le ">")
				identifiant = line.substr(1);	
				//note : on peut couper au caratere "|" pour raccourcir l'id, en faisant :
				identifiant=identifiant.substr(0, identifiant.find("|")); 
			}
 
			seq.clear();	// efface la sequence precedente (si elle existait avant)
 
		}
 
		//si pas de ligne avec identifiant et variable identifiant vide => c'est une ligne avec la sequence
		else if( !identifiant.empty() ){	
 
			seq += line;
 
		}
	}
 
	// affichage pour la derniere sequence du fichier
	if( !identifiant.empty() ){ 
		cout << identifiant << " \n " << seq << "\n"<<endl<<endl;
	}
 
 
	return 0;
 
}
 
 
int main() {
 
	readfasta("seq_mimivirus.faa");
 
	system ("PAUSE");
	return 0;
 
}
J'ai passé énormément de temps à essayer de trouver un moyen pour le réaliser via différentes sources mais sans succès.
Merci d'avance.