Discussion :

[schmurf]

Bonjour,
Je suis nouveau dans le langage perl, j'ai quelques notions d’algorithmique que j'ai acquises avec scilab.
Mon but est de créer un programme qui peu extraire une séquence de nucléotides d'un fichier (ici nucleotide.txt) et sortir à la fin le nombre de bases A T C et G.

Voilà l'ébauche de programme que j'ai fait

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!C:\strawberry\perl\bin -W
open(hin,"<C:\Users\Maxime\Desktop\nucléotide.txt")
@t = <hin>
my $a = 0;
my $t = 0;
my $c = 0;
my $g = 0;
my $l = length(@t);
for {(my $i = 0; $i = $l; $i+=1)
	if (@t(1,$i) = a) {
	$a+=1}
	elsif (@t(1,$i) = t) {
	$t = $t+1}
	elsif (@t(1,$i) = c) {
	$c = $c+1}
	else {
	$g = $g+1}}
print ("$a\n","$t\n","$c\n","$g\n");

Bon sans surprise il ne fonctionne pas, je soupçonne l'incapacité du logiciel à lire mon fichier, et aussi beaucoup d'erreur de syntaxe. Je précise que le contenu du fichier nucleotide.txt est "ttcagttgtg"

Si vous pouvez m'aiguiller sur l'origine de l'incommensurable liste d'erreur que j'obtiens à l’exécution du .pl, je vous en serai reconnaissant!

[Gardyen]

ouh là de nombreux problèmes à signaler !

premier point commence tes scripts perl avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;

, ça te filtrera quelques erreurs.

ensuite, un tour dans la FAQ !

lecture du fichier: tu ouvres ton fichier correctement mais tu ne le lis pas comme tu le voudrais

boucle for

et enfin pour le décompte il y a plus simple !

voici une façon de faire (il y a toujours plus d'une façon de faire !) utilisant l'opérateur de remplacement tr///

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $str = "ttcagttgtg";
my $tcnt = $str =~ tr/t//;
my $acnt = $str =~ tr/a//;
my $gcnt = $str =~ tr/g//;
my $ccnt = $str =~ tr/c//;
 
print "$tcnt $acnt $gcnt $ccnt";

Cela affiche

5 1 3 1

bon courage !

[schmurf]

Merci pour l'aide et le courage, je sens qu'il va m'en falloir beaucoup,

J'ai lu la faq et ils y précisent que pour lire un fichier il faut utiliser "<" ce que j'avais déjà utilisé :s.
En revanche j'ai corrigé certaines erreurs notamment au niveau de la syntaxe du for et j'ai mis en majuscule "hin" :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
#!C:\strawberry\perl\bin
open HIN, "<C:\Users\Maxime\Desktop\nucléotide.txt"
my @t = <HIN>
my $a = 0;
my $t = 0;
my $c = 0;
my $g = 0;
my $l = length(@t);
for ($i=0; $i<$l; $i++){
	if (@t(1,$i) = a) {
	$a+=1}
	elsif (@t(1,$i) = t) {
	$t+=1}
	elsif (@t(1,$i) = c) {
	$c+=1}
	else {
	$g+=1}}
close(HIN)	
print ("$a\n","$t\n","$c\n","$g\n");

Il est vrai que votre méthode semble bien plus rapide, mais avant de l'étudier j'aimerai bien résoudre les problèmes que j'ai avec la mienne. Le message d'erreur qui m’embête le plus est celui-ci :

Unrecognized escape \M passed through at C:\Users\Maxime\Desktop\test1 fction.pl
line 2.
Unrecognized escape \D passed through at C:\Users\Maxime\Desktop\test1 fction.pl
line 2.

grrrrr

[Gardyen]

le back slash \ est le caractère d'échappement, indiquant que le caractère suivant est spécial cf FAQ

donc dans le chemin il interprète les \D \M comme un caractère spécial... qui n'a rien à faire là ou qui n'existe pas, d'où l'erreur.

Afin de corriger cela, tu devrais consulter ce point de la FAQ

au passage, tu peux voir ici comment débuter un script perl

ensuite tu n'accèdes pas correctement aux éléments de la liste, là encore, FAQ

[schmurf]

Bon alors j'ai fait beaucoup de modifications,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!C:\strawberry\perl\bin -W
use strict;
use warnings;
open HIN, "<C:\\Users\\Maxime\\Desktop\\nucleotide.txt";
my @t = <HIN>;
my $a = 0;
my $bt = 0;
my $c = 0;
my $g = 0;
my $i = 0
for ($i=0 ; $i<$#t ; $i++){
	if ($t[$i] = 'a') {
	$a+=1}
	elsif ($t[$i] = 't') {
	$bt+=1}
	elsif ($t[$i] = 'c') {
	$c+=1}
	else {
	$g+=1}}
close(HIN);
print ("$a\n","$bt\n","$c\n","$g\n");

mais c'est toujours pas ca, j'ai créer un autre bout de code pour y aller plus progressivement et traiter erreur par erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!C:\strawberry\perl\bin -W
use strict;
use warnings;
open HIN, "<C:\\Users\\Maxime\\Desktop\\nucleotide.txt" or die "Can't open 'nucleotide': $!";
my @t = <HIN>;
print "$t[1]\n";
print "@t\n";
close(HIN);

A l’exécution de ce .pl la ligne print "$t[1]\n"; qui doit normalement me retourner "t" me retourne le message d'erreur suivant :
[QUOTE] Use of unitialized value $t[1] in concatenation (.) or string at C/\Users\Maxime\Desktop\test1 fction.pl line 6, <HIN> line 1. [\QUOTE]
Donc je ne fais pas référence au "t" de nucleotide.txt correctement. Mais je ne vois pas vraiment comment faire après avoir lu plusieurs fois la FAQ

[Lolo78]

Euh, il y a combien de lignes dans ton fichier de nucléotides?

S'il n'y en a qu'une seule, c'est $t[0] que tu dois imprimer car l'indice du premier élément d'un tableau est 0, en Perl comme dans la majorité des langages de programmation.