Discussion :

[assoumi]

bjr
j'ai un exercice de bioinformatique et j'arrive pas a trouver la solution

exercice:
A la suite de consommation de pastèques, l’analyse de séquences d’acides nucléiques de personnes atteintes de troubles digestifs permet d’isoler, à partir d’un même chromosome, les deux séquences A et B.
1. Analyser les séquences A et B en utilisant l’interface BLAST
2. Interpréter les résultats des analyses des séquences A et B
Séquence inconnue "A" obtenue

AGTCGTTTTGAAAATAACCTTTATCACCATGATTACATTAGTTTTTGCTAACCTTTAATA
ACATGGAGAATAAAGGTGGAAAAAAGTAACGAGAACGTACAGTTGCTAGTAAATGCTATT
CGGTTTCGTAAACCCTACACGGCTAATGATTTTCAAGTAACAGCATCTGAGCTGAAAGTG
AAAAAAGAGTAGTTATCACTTAAGTAAAATCAAGAGTATTGAACTGAAGCGTCTTGGCTTC
AAAGATAACGTGGTTAAAGTGACAACATACGCCATTTTACTGTCAGCAGCGACTTGGGCT
TTTGTACCTGAGTTTGGTTTTTTTGTCCTAATTGCTCTGATTTTGGCTTTGGTTTCG
ATGAGAAAGTATGAGTTGAAGTAGAGTTTAAAGGTACAGATGAAACGGGTGATTACTGG
GTATCAATAGC

Séquence inconnue "B" obtenue

GTGGGATGCCACACACCATTCAAAATCAATAAGTTATAGAAAATAGTCCCATCAACAAAGCAAAAAACTGCCCAACGCTGAGGCAAGGTCCTTGGCGGGCAAAAA

svp j'ai besoin de votre aide
merci

[stoyak]

Bonjour ?

Quel est ton problème ? Tu ne comprends pas l'exercice ? Tu ne sais pas comment t'y prendre ? Tu as analysé tes séquences et tu ne sais pas quoi conclure ?

[assoumi]

Bonjour ?

Quel est ton problème ? Tu ne comprends pas l'exercice ? Tu ne sais pas comment t'y prendre ? Tu as analysé tes séquences et tu ne sais pas quoi conclure ?

oui j'arrive pas a analyser les resultats

[stoyak]

oui j'arrive pas a analyser les resultats

Je devine donc que vous avez aligné les séquences avec BLAST. L'une contre l'autre ? Sur une base de données ? Laquelle ?
Quels résultats avez-vous obtenus ?

Est-il possible d'avoir l'intitulé exact de l'exercice ?

[assoumi]

Je devine donc que vous avez aligné les séquences avec BLAST. L'une contre l'autre ? Sur une base de données ? Laquelle ?
Quels résultats avez-vous obtenus ?

Est-il possible d'avoir l'intitulé exact de l'exercice ?

j'ai aligné les seq avec blast j'ai pas trouvé de résultat donc j'ai aligné chaque seq à tous les nucléotide j'ai trouvé plusieurs qui ont le même score et le m e-value donc j'arrive pas a choisir et faire l'analyse

[6ril23]

j'ai aligné les seq avec blast j'ai pas trouvé de résultat donc j'ai aligné chaque seq à tous les nucléotide j'ai trouvé plusieurs qui ont le même score et le m e-value donc j'arrive pas a choisir et faire l'analyse

Si tu regardes un peu les résultats, oui il y a pas mal de séquences avec des résultats identiques mais n'y a-t-il pas des points communs comme les noms des organismes, les chromosomes où ils sont présents...???

En fait le but en biologie n'est pas d'analyser les résultats bruts mais plutôt le contexte, le but recherché...

[6ril23]

je vais essayer de t'aider mais je te préviens la Bioinfo c'est un peu loin

l'interface Blast (qui est un outil d'alignement de séquences comme tu as dû le voir en cours) se trouve à l'adresse suivante:
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast....SPEC=blast2seq

Ensuite pour chaque séquence:
- tu copies/colles la séquence dans le cadre
- tu décoches la case "Align two or more sequences"
- tu choisis dans le nouveau cadre qui est apparu la database "Other" "nr/nt"
- tu lances ensuite le Blast

Tu va donc obtenir pour chacune, les séquences connues qui s'en "rapproche" le plus

je te laisse faire le point 2 seul(e) car une fois que tu vois les résultats je pense que tu y arriveras
sinon indique ce que tu ne comprends pas

Par contre je ne suis pas sûr que ce sujet soit à sa place car ce n'est pas du tout un problème de développement mais plutôt d'utilisation d'outils d'analyses en Biologie