Il est possible que phpMyAdmin ne retourne que le contenu du dernier fichier de logs, ou que les N dernières commandes.
Si tu as un serveur dédié, les fichiers de logs doivent être accessibles dans le datadir (usuellement /var/lib/mysql, à vérifier dans /etc/my.cnf ou via SHOW VARIABLES LIKE 'datadir'). Ils sont nommés selon le modèle <nom de la machine>-xxxx.bin et tournent régulièrement.
Tu peux les consulter via la commande
mysqlbinlog <nom de ton fichier>, en ajoutant éventuellement le --start-datetime
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