Discussion :

[AntoineUCSD]

Bonjour a toutes et tous,
Je cherche a remplacer dans de tres nombreux fichiers toutes les lettres "X" par un autre caractere (ou un "-")... Ce ne devrais pas etre tres complique.
Tous les fichiers ont ce format d'intitule:
"blablabla-GAG-AA.fasta" ou bien "blablabla-RT-AA.fasta"

Leur contenu est de ce type:

>aaaaaaa_BP_10-27-2010
STKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGXKKXKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKY
TAFTIPSTNNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQCSMXKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDL
YVGSDLEIEQHRXK
>aaaaaaa_BP_11-02-2010
STKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKXKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKY
TAFTIPSTNNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQCSMXKILEPFRKQNPDI
>bbbbbbb_BP_11-02-2010
STKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKXKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKY
TAFTIPSTNNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQCSMTKILEPFRKQNPDI

Je suppose que ce n'est pas d'une grande complexite mais je debute (ca doit se voir...)

Par avance merci!!!

[VinsS]

Salut,

les strings ont une méthode replace(old, new[, numb]).

Comme les strings sont immutables, tu dois en construire une nouvelle.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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s = 'STKWRKLVDFRELNKXTQDFWEVQLGIPHPAGXKKXKSVTVLDVGDXYFSVPLDEDFRKY'
s = s.replace('X', '_')
>>> 'STKWRKLVDFRELNK_TQDFWEVQLGIPHPAG_KK_KSVTVLDVGD_YFSVPLDEDFRKY'
 
s = 'STKWRKLVDFRELNKXTQDFWEVQLGIPHPAGXKKXKSVTVLDVGDXYFSVPLDEDFRKY'
s = s.replace('X', '_', 1)
>>> 'STKWRKLVDFRELNK_TQDFWEVQLGIPHPAGXKKXKSVTVLDVGDXYFSVPLDEDFRKY'

[AntoineUCSD]

Merci pour votre reponse et votre reactivite.
Est-il possible d'avoir un script permettant d'executer automatiquement cette commande "replace" dans de multiples fichiers (nommés comme decrits ci-dessus) ranges dans un meme folder?
Merci

[grim7reaper]

Salut,

Bon, je vois que tu bosses sur du FASTA donc je suppose que tu veux faire ta substitution de caractères uniquement dans les séquences (ne pas modifier les ID des séquences).
Dans ce cas, il faudra en tenir compte lors de la lecture de ton fichier. Le plus simple serait de passer par BioPython (très utile si tu dois faire de la bioinfo avec Python, mais tu connais sûrement déjà), sinon tu te fais un code pour lire correctement un fichier FASTA (ce n’est pas non plus très compliqué, ça se fait bien en une vingtaine de lignes)
Après, une fois que tu peux lire correctement tes fichiers FASTA et extraire les séquences sous forme de chaîne de caractère, il te suffit d’utiliser la méthode replace (comme te l’a indiqué VinsS).

Pour appliquer un traitement sur un groupe de fichier dans un répertoire, tu peux utiliser la fonction glob pour récupérer la liste des fichiers qui t’intéresse.
Exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ ls
blablabla-GAG-AA.fasta  blablabla-RT-AA.fasta
$ bpython 
>>> from glob import glob
>>> for fasta in glob('*.fasta'):
...     print(fasta)
... 
blablabla-GAG-AA.fasta
blablabla-RT-AA.fasta
>>>

[AntoineUCSD]

Merci encore. Petit a petit, ca commence a prendre sens...meme si je realise que j'ai encore bcp de chemin a faire.
Je vais essayer de me debrouiller a partir de ces precieux conseils. C'est deja un bon point de depart.

[Sve@r]

Merci pour votre reponse et votre reactivite.
Est-il possible d'avoir un script permettant d'executer automatiquement cette commande "replace" dans de multiples fichiers (nommés comme decrits ci-dessus) ranges dans un meme folder?
Merci

Bonjour
Traiter n fichiers revient à traiter n fois un fichier. Ecris donc une fonction permettant de faire ce remplacement dans un fichier quelconque (nom du fichier passé en paramètre) puis appelle cette fonction pour tous les fichiers de ton folder

Par exemple un truc comme ceci

Code python :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import os
def replace(fic):
   ...
   ... tout le travail ...
   ...
# replace()
 
# Et ensuite le traitement de chaque fichier du folder
for f in os.listdir("folder"):
    replace("folder/%s" % f)
 
# Ou alors traiter le folder en utilisant la méthode de grim7reaper

C'est ça la "modularité"...

[AntoineUCSD]

Merci a toutes et tous pour votre aide.
Je progresse pas a pas.