Discussion :

[Zwiter]

Bonjour,
Je cherche à exécuter cette commande que j'ai trouvé sur les forums de stackoverflow. Mais je n'arrive pas a faire fonctionner les 2 tris qui servent d'entrée au join.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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time join  -t $'\t' <(sort -T . chr.19.dump) <(sort -T . chr.19.hg18.data) | sort -T . -n > chr.19.aaa
join: /dev/fd/63: No such file or directory

J'ai aussi essayé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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time join  -t $'\t' <$(sort -T . chr.19.dump) <$(sort -T . chr.19.hg18.data) | sort -T . -n > chr.19.aaa
-bash: $(sort -T . chr.19.dump): ambiguous redirect

Auriez vous une idée?
Merci
Z.

[N_BaH]

Bonjour,

le première forme est correcte.

quel est le contexte ?
on peut avoir les fichiers (en pièces jointes) ?

[Zwiter]

Bonjour,
Puisque tu me confirmes l'exactitude de ma syntaxe, je l'ai testé sur d'autres machines (ubuntu 12.04 et centos 5.8). Il s'avère que la jointure s'effectue sans erreur. Les fichiers et la syntaxes sont correctes.

J'ai observé le tri sous le centos 5.8, et les 'files descriptors' /dv/fd/xx des fichiers de tri se créent et restent présent pour la jointure :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  PID USER     PRI  NI  VIRT   RES   SHR S CPU% MEM%   TIME+  Command
27045 root      20   0 58992   604   524 R 100.  0.0  2:04.60 join -t ? /dev/fd/63 /dev/fd/62

Alors que avec le HPC, les /dev/fd ne sont pas accessible pour la jointure, d'ou l'erreur que j'ai.

Je pense m'embarquer sur des fichiers intermédiaire, a moins de trouver une solution a cette erreur.

[edit] Puisque mes fichiers sont déjà triés numériquement, je vais faire un programme en C. La solution ci-dessus n'est pas viable : 8 min pour ma plus petite paire (chromosome 19) de 900MO chacun. Ma plus grande paire (chromosome 1), chaque fichier font 7GO !

Merci de ton aide.
Z.

[Zwiter]

Programme fini :
outter join basé sur la 1ere colonne de 2 fichiers. Ces 2 colonnes doivent etre trier numériquenement. 8min avec join et sort (bash), 6 min avec perl, 53secondes en C
Merci a tout ceux qui ont pris le temps de lire mon message.
Z.