Bonjour à tous,

Je suis étudiante en dernière année de formation ingénieur agronome et je réalise un stage dans une boîte de semences. Je fais actuellement des études génétiques sur des lignées de maïs. Mon croisement de départ est un type 4 voies, et j'étudie la descendance de ce croisement, soit 275 individus. D'un point de vue génétique, j'aimerais pouvoir identifier les fragments d'ADN ou haplotypes, qui se sont transmis des parents à leur descendance.

Pour cela j'ai trouvé le package R/mpMap Il permet une analyse des haplotypes pour des croisements de type 4 ou 8 voies (ça colle avec mon cas). Voici mon problème :

J'ai réussi à créer l'objet de classe mpcross, avec mes fichiers de départ (founders, finals, pedigree, map et pheno). J'ai vérifié chaque fichier, ils semblent qu'ils ont bien la même forme/dimensions que les data données en exemple par la commande "sim.dat".

Cependant, lorsque je souhaite exporter cet objet de class mpcross, une erreur survient :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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> write.mpcross(mpc, filestem="mp", format="qtl")
Error in names(vec) <- colnames(ril) : 
  'names' attribute [625] must be the same length as the vector [2]
Idem, lorsque je souhaite calculer les haplotypes :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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> mppr<-mpprob(mpc,program="qtl")
[1] "No chromosomes specified, will default to all"
Error in names(vec) <- colnames(ril) : 
  'names' attribute [625] must be the same length as the vector [2]
Mes fichier map, founders et finals comportent 623 marqueurs, je pense donc que l'erreur vient des marqueurs. Pourtant ils sont identiques dans chacun de mes fichiers, et ils sont bien au nombre de 623 (et non 625).

Je ne comprends donc pas d'où vient cette erreur ? Qu'est-ce que le "vector[2]" ? Je n'arrive pas à l'identifier.

Est-ce que l'un d'entre vous a déjà pu utiliser ce package ?

Je trouve très peu de personnes sur le net l'ayant déjà utilisé, votre aide, même si elle ne concerne pas directement le package mais juste la compréhension de cette erreur, me serait très précieuse.

N'hésitez pas à me partager vos idées !

Merci beaucoup !

Julie