Discussion :

[epistelle]

Bonjour à tous,

Je travaille sur des mesures répétées (variable quantitative continue mesurée à 10 instants) sous R.

J'aimerais construire une boucle permettant de calculer l'aire sous la courbe, de cette variable au cours du temps, pour chaque patient.

En utilisant le package Mess, voilà la formule que j'utilise pour le patient ("ID") 1 par ex:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

auc(data[which(data$ID=="1"),]$time,  data[which(data$ID=="1"),]$variable,type=c("spline")

Cette formule fonctionne pour un patient mais je n'ai pas réussi à créer une boucle qui calculerait l'AUC pour chaque patient.

Pouvez-vous me venir en aide?
Merci par avance.

[Guinue]

Bonjour Epistelle,

Si je comprends bien (sans exemple ou données c'est un peu plus difficile ), tu dois boucler sur l'identifiant. La fonction que tu appliques, auc(), prends toujours en paramètres les variables 1-time et 2-variable.

Sous réserve que la fonction auc ne renvoie qu'une valeur (mais j'imagine que oui ) :
Pourquoi ne pas lister dans un premier temps les différents individus de ton jeu de données puis pour chacun de ces individus calculer la zone sous la courbe ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
 
#Lister les différents individus
IDliste <- data.frame(ID = unique(data$ID))
 
#Une façon comme une autre de boucler, on rempli une deuxième colonne qui s'appellera "Auc"
for (i in 1:nrow(IDliste)){
IDliste[i,"Auc"] <- auc(data[which(data$ID==IDliste$ID[i]),]$time, data[which(data$ID==IDliste$ID[i]),]$variable,type=c("spline")
}

Comme le dit souvent A.D. "il y a sûrement moyen de faire plus propre". Espérons déjà que ça marche

A bientôt