Discussion :

[Julie Malecot]

Bonjour à tous,

Je suis étudiante en dernière année de formation ingénieur agronome et je réalise un stage dans une boîte de semences. Je fais actuellement des études génétiques sur des lignées de maïs. Mon croisement de départ est un type 4 voies, et j'étudie la descendance de ce croisement, soit 275 individus. D'un point de vue génétique, j'aimerais pouvoir identifier les fragments d'ADN ou haplotypes, qui se sont transmis des parents à leur descendance.

Pour cela j'ai trouvé le package R/mpMap Il permet une analyse des haplotypes pour des croisements de type 4 ou 8 voies (ça colle avec mon cas). Voici mon problème :

J'ai réussi à créer l'objet de classe mpcross, avec mes fichiers de départ (founders, finals, pedigree, map et pheno). J'ai vérifié chaque fichier, ils semblent qu'ils ont bien la même forme/dimensions que les data données en exemple par la commande "sim.dat".

Cependant, lorsque je souhaite exporter cet objet de class mpcross, une erreur survient :

Code :

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> write.mpcross(mpc, filestem="mp", format="qtl")
Error in names(vec) <- colnames(ril) : 
  'names' attribute [625] must be the same length as the vector [2]

Idem, lorsque je souhaite calculer les haplotypes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> mppr<-mpprob(mpc,program="qtl")
[1] "No chromosomes specified, will default to all"
Error in names(vec) <- colnames(ril) : 
  'names' attribute [625] must be the same length as the vector [2]

Mes fichier map, founders et finals comportent 623 marqueurs, je pense donc que l'erreur vient des marqueurs. Pourtant ils sont identiques dans chacun de mes fichiers, et ils sont bien au nombre de 623 (et non 625).

Je ne comprends donc pas d'où vient cette erreur ? Qu'est-ce que le "vector[2]" ? Je n'arrive pas à l'identifier.

Est-ce que l'un d'entre vous a déjà pu utiliser ce package ?

Je trouve très peu de personnes sur le net l'ayant déjà utilisé, votre aide, même si elle ne concerne pas directement le package mais juste la compréhension de cette erreur, me serait très précieuse.

N'hésitez pas à me partager vos idées !

Merci beaucoup !

Julie

[A. D.]

Bonjour,

Je n'ai jamais utilisé le package dont vous parlez.

Cependant, peut-être pourriez-vous poster un extrait de ce à quoi ressemble les éléments posant problème (mpc ?).

Ensuite, le problème semble venir des noms de colonnes/éléments de l'objet utilisé. Avez-vous moyen d'y jeter un oeil (via la fonction "names") ?

Je ne sais pas si ça va permettre de faire avancer les choses mais bon...

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[Julie Malecot]

Bonjour A.D.,

Merci pour votre rappel sur les "balises codes", j'avais complétement oublié !

Pour le détail de mon objet mpcross :

1) J'ai un fichier avec les marqueurs snp de mes 4 parents - Je l'appelle "founders" (parents fondateurs) Les noms sont en lignes, les marqueurs en colonne :

Code :

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fou <- read.table('Numeric_Founders.csv', sep=";", h=T, row.names=1)
#Transpose
founders <- t(fou)
> founders[1:4,1:4]
  D1M1 D1M2 D1M3 D1M4
A    0    0    1    0
B    1    1    0    1
C    0    1    0    0
D    0    0    1    0

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> dim(founders)
[1]   4 623

2) Un fichier avec les marqueurs snp de mes 275 descendants - Je l'appelle "finals". Les noms des individus sont en lignes, les marqueurs en colonne :

Code :

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fin <- read.table('Numeric_Finals.csv', sep=";", h=T, row.names=1)
#Transpose
finals <- t(fin)
> finals[1:5,1:5]
   D1M2 D1M3 D1M4 D1M5 D1M6
L1    1    0    0    1    0
L2    1    0    0    1    0
L3    0    0    0    0    0
L4    1    0    0    1    0
L6    0    0    0    0    1

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> dim(finals)
[1] 275 623

3) La carte génétique, cad la position de chacun de mes marqueurs sur leur chromosomes respectifs :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#Map 
map <- read.table("MAP.csv", sep=";", h=T)
map[1:5,1:3]
#Restructuration
map1 <- list()
for (i in unique(map[,2]))  {  
  map1[[i]] <- map[which(map[,2]==i), 3]
  names(map1[[i]]) <- map[which(map[,2]==i), 1]
} 
class(map1) <- "map"
map1
> length(map1)
[1] 10

4) Un fichier pedigree, qui indique le plan de croisement (qui on a croisé avec qui et combien d'autofécondation). Comme mon schéma de croisement est dit classique, j'indique que mon pedigree est le même que celui simulé par les données pour un croisement 4 parents :

Code :

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ped<-sim.mpped(4,1,275,6,1)
> dim(ped)
[1] 1931    4

Maintenant j'ai les bases pour créer mon object de classe mpcross, qui va me regrouper ou concaténer toutes ces données (c'est bien celà qu'il fait ?) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

mpc <- mpcross(finals=finals, founders=founders, pedigree=ped, fid=fid, id=id)

Note : "Fid" est juste la liste des quatre noms pour les founders (soit A, B, C et D) et "id" la liste des noms des 275 lignées (L1, L2, L3...)

Je rajoute à cet objet :

==> Un fichier phéno, qui correspond à la notation d'un caractère en champ, par exemple "hauteur de la plante". Une mesure est donnée à chaque lignée descendante :

Code :

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#Add Pheno
        phein=read.table('pheno.csv', sep=";", header=TRUE)
	  head(phein)
        rownames(phein)=phein$names
        phein$names=NULL
        head(phein)
        m <- match(rownames(mpc$finals), rownames(phein))
        if (sum(is.na(m)) > 0) 
            cat("Lines in finals data which are not in phenotypes")
        if (length(m) < nrow(phein)) 
            cat("Lines in phenotypes which are not in finals data")
        m <- m[!is.na(m)]
        pheno <- phein[m, ]
	  mpc$pheno <- as.data.frame(pheno)
        rownames(mpc$pheno) <- rownames(phein)

Code :

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> head(mpc$pheno)
   pheno
L1     4
L2    -2
L3     0
L4    -4
L6    -4
L7    -2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> dim(mpc$pheno)
[1] 275   1

==> et je rajoute la carte génétique :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#Add map
mpc$map <- map1
mpc

Ce qui est étrange c'est que sur certaines fonctions, comme summary(mpc), que j'appelle par la suite pour vérifier mes données, il lit très bien l'objet. Mais lorsque je souhaite l'exporter ou aller plus loin, notamment avec le calcul des probabilités par mpprob() il me sort l'erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> mppr<-mpprob(mpc,program="qtl")
[1] "No chromosomes specified, will default to all"
Error in names(vec) <- colnames(ril) : 
  'names' attribute [625] must be the same length as the vector [2]

Je soupçonne le choix du programme "qtl" d'y être pour quelque chose, car en utilisant l'argument "happy" pour l'exportation des données, cela semble marcher :

Code :

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> #Test
> write.mpcross(mpc, filestem="mp", format="qtl")
Error in names(vec) <- colnames(ril) : 
  'names' attribute [625] must be the same length as the vector [2]
> write.mpcross(mpc, filestem="mp", format="happy")

Cependant, je n'ai pas le choix, il me faut utiliser l'argument "qtl" qui est beaucoup plus adapté que "happy" (de plus pour aller plus loin avec happy, j'ai un probème de version avec le package happy.hbrem qui n'est pas à jour)

Le but ultime de mon analyse est vraiment d'utiliser la fonction "mpprob()", il semble que je sois proche d'y arriver, mais un petit truc coince. Si vous avez la moindre idée n'hésitez pas.

J'espère avoir été claire dans le détail de l'objet et du code, si ce n'est pas le cas faites le moi savoir

Merci pour vos réponses !