Discussion :

[Mesmeraf]

Bonjour, je bloque sur un message d'erreur concernant awk et le parcourt d'un tableau.

J'ai un fichier qui contient les lignes suivantes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>AFG01-PJ0
TGTACAAGACCCAACAACAACACAAGAAAAAGTATACATATAGGACCAGGAAGAGCA
TTTTCTGCAACAGGACAAATAATAGGAAAGATAAGAGAAGCACACTGT
>AFG02-M93
TGTACAAGACCCAACAACAACACAAGAAAAAGTATACATATAGGACCAGGAAGAGCA
TTTTATGCAACAGGAGAAATAATAGGAAACGTAAGAGAAGCACATTGT

Le séparateur de champs du fichier est -

voici mon script awk :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#! /bin/bash
 
nbStades=3
tabStade=('PJ0' 'M93' 'M156')
 
awk -F"-" -v nbStades="$nbStades" -v tab="${tabStade[*]}" '{ 
if($1 ~ /^>/) {
		print nbStades
		print tab
		for (x in tab)  {print "Valeur tab : " x}
		}
}' $1

Lorsque j'exécute ce code avec mon fichier en argument, j'obtiens l'erreur suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk: line 5: illegal reference to variable tab

Et dans le cas où je supprime la ligne 10 (boucle for), mon script s'exécute correctement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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PJ0 M93 M156
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PJ0 M93 M156

Mon tableau tabStade est donc bien déclaré dans la variable tab.
Quelqu'un voit il mon erreur, merci?

[Invité]

Je crois que tu confonds 2 méthode d'utilisation des tableaux.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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echo "Methode 1"
tabStade=('PJ0' 'M93' 'M156')
for ((i=0; i <${#tabStade[*]}; i++))
do
echo "Valeur tab: " ${tabStade[$i]}
done
 
echo "Methode 2"
tabStade="PJ0 M93 M156"
for i in $tabStade
do
echo "Valeur tab: " $i
done

Je regarde comment corriger ton awk

[disedorgue]

Bonjour,

C'est surtout que tab n'est pas un tableau:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ tabStade=('PJ0' 'M93' 'M156')
$ echo toto | awk -v  tab="${tabStade[*]}" '{print tab[1]}'
awk: {print tab[1]}
awk:             ^ use of non-array as array

[N_BaH]

Bonjour,

Mon tableau tabStade est donc bien déclaré dans la variable tab.

ecatomb:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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echo "méthode #3"
tableau=('PJ0' 'M93' 'M156')
for i in "${tableau[@]}"; do echo "$i"; done

[Invité]

N_BaH: Tricheur :p

Et pourquoi pas:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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echo "méthode #4"
for i in "PJ0' 'M93' 'M156'"; do echo "$i"; done

Bon sinon j'ai du mal avec son awk...
Pas trouvé comment passer un tableau dans le awk ou l'initialiser en une seule fois ... pas taper svp ...

Voici ce que je propose :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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awk -F"-" -v nbStades="$nbStades" '{ 
BEGIN {
print nbStades
tab[0]="PJ0"
tab[1]="M93"
tab[2]="M156"
}
 
if($1 ~ /^>/) {
		for (x in tab)  {print "Valeur tab : " tab[x]}
		}
}' $1

[Mesmeraf]

Merci à tous les 3 pour la rapidité de vos réponses

Je ne connaissais pas la fonction split() de awk, du coup j'ai pu l'utiliser avec succès à défaut de pouvoir intégrer un tableau comme variable externe dans awk.

Mon code donne ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#! /bin/bash
 
nbStades=3
tabStade=('PJ0' 'M93' 'M156')
 
awk -F"-" -v nbStades="$nbStades" -v vtmp="${tabStade[*]}" '{ 
split(vtmp,tab," ")
if($1 ~ /^>/) {
		print nbStades
		for (x in tab)  {print "Valeur tab : " tab[x]}
		}
}' $1

et j'obtiens bien :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Valeur tab : PJ0
Valeur tab : M93
Valeur tab : M156
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Valeur tab : PJ0
Valeur tab : M93
Valeur tab : M156

ça m'a permis également de remettre les choses au clair sur les tableaux en Shell que je ne maîtrisais pas vraiment

[disedorgue]

Euh, on m'a interrompu sur ma lancé, donc si tu veux traiter sous un tableau, voici un exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ echo toto | awk -v  vtmp="${tabStade[*]}" '{split(vtmp,tab) ; print tab[3]}'
M156

ou (avec le séparateur du split):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ echo toto | awk -v  vtmp="${tabStade[*]}" '{split(vtmp,tab," ") ; print tab[3]}'
M156