Ah... oui en effet ! 
C'est de l'effet de bord pur et dur ça aussi.
Mais je suis convaincu que le strcmp va aussi te régler un problème (essaye de printer le contenu, et tu verras que les "." et ".." ne sont pas filtrés il me semble)
Peut être devrais-tu essayer :
if ((strcmp(ent->d_name,courant) != 0) && (strcmp(ent->d_name,parent) != 0))
(je vais t'avouer que je n'ai jamais osé laisser des "!" seuls, car j'ai toujours peur de me tromper dans le vrai/faux
)
Enfin dans tous les cas : affiche ce qui est filtré pour voir !
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