Tout me semble correct. La seule explication que je vois c'est que ton serveur se trouve derrière un reverse proxy qui ne transmet pas l'en-tête Host: envoyé par le navigateur mais un autre en-tête qui fait qu'Apache ne passe jamais par tes VH. Pour le vérifier, fais la modification suivante à la ligne 498 et redémarre Apache (tu reviendras en arrière après le test) :
LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %b \"%{Referer}i\" \"%{User-Agent}i\" \"%{Host}i\"" combined
Quand tu as redémarré Apache, fais un test d'accès à chaque site et regarde le fichier access_log : le dernier élément de la ligne de log sera la valeur de l'en-tête Host: reçu par Apache. Compare alors cette valeur aux directives ServerName et ServerAlias de tes VH.
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