Discussion :

[Fnouch]

Bonjour !

Je tente ma première ANOVA ! et j'ai déjà des ennuis

Code :

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data <- read.table("BDD\\BDD_2007-2012v2.txt", sep="\t", dec=".", header=T,row.names=1, na.strings="NA")
data$lnEF1a_F<-log(data$EF1a_F)
facqPCR<-as.factor(data$lnEF1a_F)
facprec<-as.factor(data$V16)
facqPCR
facprec
r<-aov(facqPCR~facprec, data=data)
anova(r)

à la dernière ligne de code, R me renvoi un message d'erreur : "Erreur dans if (ssr < 1e-10 * mss) warning("ANOVA F-tests on an essentially perfect fit are unreliable") :
valeur manquante là où TRUE / FALSE est requis
De plus : Message d'avis :
In Ops.factor(object$residuals, 2) : ^ not meaningful for factors"

Et je ne comprends pas pourquoi il n'est pas content ! Est ce que c'est parce que ma variable V16 est une variable qualitative ? si quelqu'un peut m'aider je suis preneuse de toutes hypothèses de solutions

Merci

[arm3366]

Bonjour,
A premiere vu, votre problème ressemble plus à un problème d'analyse qu'à un problème avec R.
C'est quoi l'objectif de votre teste ANOVA ?
Je pense qu'il faudrait d'abord jetter un oeil sur la théorie des test ANOVA.
Si c'est pour tester l'existence de liaisons significatives entre tes deux variables, tu devra plutôt effectuer un teste du KHI-2.

BC

[Fnouch]

En effet un khi 2 serait plus judicieux ...
je veux voir si il y a un effet de ma variable V16 sur ma variable lnEF1a_F..
J'ai réécris le même script en remplaçant aov par chisq.test et j'ai un message d'erreur "Erreur dans chisq.test(facqPCR ~ facprec, data = data) :
argument(s) inutilisé(s) (data = data)"

Je ne comprends pas ...

Mais il semblerait que j'oublie une étape : il faudrait d'abord que je teste la normalité ... je ne sais pas encore comment je vais faire mais je vous tiens au courant..

Merci

[Fnouch]

le souci c'est que l'une de mes variables V16 est qualitative

[collosus]

Tu as testé ça ?

Code :

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chisq.test(data$facqPCR,data$facprec)

[Fnouch]

Oui, on me met "Erreur dans chisq.test(data$facqPCR, data$facprec) :
au moins une valeur de 'x' doit être positive" ... normal, mon x est une valeur qualitative