Discussion :

[salma1990]

bonjour,

je suis en train de traduire l'algorithme d'alignement local "smith_waterman" en un programme c++ mais je suis vraiment coincée là!
l'algorithme ne doit pas rester tel qu'il est! il y a des modifications à faire.
en effet:
-le score d'alignement est égal à: 100/(nombre de caractères de la promière séquence) dans le cas d'un match
-le score d'alignement est égal à: -(100/(nombre de caractères de la promière séquence)) dans le cas d'un mismatch.
d'une manière à ce que le score maximal existant dans la matrice ne dépasse pas 100.

Mon problème c'est que je trouve des valeurs supérieures à 100 dans la matrice ce qui n'est pas admissible.

qui parmi vous aura l'amabilité de m'aider s'il vous plait?

merci,

[GeantVert13]

l'erreur est là: suis la direction de mon doigt...

Plus sérieusement, ça va être dur de t'aider sans voir ce que tu as fait.

[salma1990]

vous voulez que je vous copie tout le programme?

[GeantVert13]

vous voulez que je vous copie tout le programme?

ben au moins la partie qui alimente la matrice

[GeantVert13]

juste une tentative dans le vide... es-tu sure que "nombre de caractères de la première séquence" est toujours > 0 ?

[salma1990]

oui oui! en fait c'est l'utilisateur qui tape les deux séquences comme entrées à chaque fois que je fais un essai je tape deux séquences qui ne sont pas vides

[salma1990]

maintenant j'ai modifié le programme mais la matrice ne contient que des 0

voilà le code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <iostream>
#include <cstdlib>
#include <string>
#include <cmath>
#include <sys/time.h>
using namespace std;
 
double similarity_score(char a,char b);
double find_array_max(double array[],int length);
int N_a,N_b;
string seq_a, seq_b;
int main(){
    cout<<" tapez la premiere sequence"<<endl; cin>> seq_a;
    cout<<" tapez la deuxieme sequence"<<endl; cin>> seq_b;
    N_a = seq_a.length()+1;                     // get the actual lengths of the sequences
    N_b = seq_b.length()+1;
 
    double H[N_a+1][N_b+1];
     for(int i=0;i<=N_a+1;i++){
        H[i][0]=0;
      }
     for(int j=0;j<=N_b+1;j++){
      H[0][j]=0;
      }
 
    double temp[3];
    int I_i[N_a+1][N_b+1],I_j[N_a+1][N_b+1];
 
    for(int i=1;i<=N_a;i++){
    for(int j=1;j<=N_b;j++){
     if(seq_a[i]==seq_b[j])
 
     H[i][j] = H[i-1][j-1]+similarity_score(seq_a[i],seq_b[j]);
      else
 
 
      temp[0] = H[i-1][j]-similarity_score(seq_a[i],seq_b[j]);
      temp[1] = H[i][j-1]-similarity_score(seq_a[i],seq_b[j]);
      temp[2] = 0.;
      H[i][j] = find_array_max(temp,3);
    }
    }
 
  cout<<"**********************************************"<<endl;
  cout<<" la matrice de scores est: "<<endl<<endl;
  for(int i=0;i<=N_a-1;i++){
    for(int j=0;j<=N_b-1;j++){
      cout<<H[i][j]<<"   ";
    }
    cout<<endl;
    }
  double H_max = 0.;
  int i_max=0,j_max=0;
  for(int i=0;i<=N_a-1;i++){
    for(int j=0;j<=N_b-1;j++){
      if(H[i][j]>H_max){
	H_max = H[i][j];
	i_max = i;
	j_max = j;
      }
    }
  }
 
  double similarity_score(char a,char b){
 
  double result;
 
      result=100/(N_a-1);
 
  return result;
}
 
double find_array_max(double array[],int length){
 
  double max = array[0];            // start with max = first element
  ind = 0;
 
  for(int i = 1; i<length; i++){
      if(array[i] > max){
	max = array[i];
	ind = i;
      }
  }
  return max;                    // return highest value in array
}
 
 
 
}

[GeantVert13]

c'est la totalité du code ? Je demande parce que ça ne compile pas, pour plusieurs raisons.
Les tableaux style C avec [] doivent être déclarés avec des valeurs constantes entre les crochets (c'est le cas pour H, I_i et I_j) alors que dans le code ils sont alloués dynamiquement avec la longueur des chaines entrées. Pourquoi ne pas utiliser des vector ?

dans la fonction find_array_max, ind n'est pas déclarée et ne sert pas à grand chose d'après ce que j'ai pu voir.

[Médinoc]

Code C++ :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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double similarity_score(char a,char b){
 
  double result;
 
      result=100/(N_a-1);
 
  return result;
}

Tu fais une division entière, mais tu retournes le résultat en double, je pense donc que ton intention était de faire une division à virgule flottante:

Code C++ :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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7
8
double similarity_score(char a,char b){
 
  double result;
 
      result=100.0/(N_a-1.0);
 
  return result;
}

[GeantVert13]

attention également à tes boucles, par exemple

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(int i=0;i<=N_a+1;i++){
        H[i][0]=0;
    }

alors que la première dimension de H va de 0 à N_a, ta boucle va 1 "cran" trop loin...

[salma1990]

merci